ATAC-seq（mini ATAC-seq）

研究开放染色质的高通量测序技术

ATAC-seq（Assay forTransposase-Accessible Chromatin with high throughput sequencing）：结合高通量测序对Tn5转座酶易接近性核染色质区域进行测序分析，是研究染色质开放性/可及性的测序技术。通过转座酶对某种特定时空下开放的核染色质区域进行切割，即可获得在该时空下全基因组上所有的开放染色质区域信息。
mini ATAC-seq技术是在常规ATAC-seq技术基础上进行升级优化，从而实现5000个细胞/5mg组织即可进行建库的微量ATAC-seq技术。

 

应用方向

1、探究整个基因组上的开放染色质情况；

2、研究不同类型细胞分化的机制；

3、比较生物体发育不同阶段/肿瘤相对正常组织等染色质开放性变化；

4、疾病/癌症形成的机制；

5、探究特定环境下，作物的成熟、抗病、抗旱过程中，开放染色质图谱的变化；

6、探究转录因子结合，基因表达调控等生物学过程；

 

诺禾优势

1．起始量低

常规ATAC-seq 5万个细胞即可完成建库；mini ATAC-seq（微量ATAC-seq）5千个细胞即可完成染色质开放性研究，最低下探至500个细胞。

2．周期短

实现周期20天快速稳定交付。

3．新鲜样本

针对于新鲜样本的ATAC-seq/mini ATAC-seq研究，推出针对短途、中途、长途不同距离的运输方案，以保证样本到达实验室的活性。

4.分析内容丰富

除ATAC-seq/mini ATAC-seq标准分析内容外，诺禾致源还可提供ATAC-seq/mini ATAC-seq&转录组关联分析、Footprint分析、增强子/超级增强子分析等多项高级分析内容。

5．项目经验丰富

诺禾致源ATAC-seq/mini ATAC-seq项目经验丰富，涵盖人、大小鼠、猪、鹅、马鹿、鸟类、昆虫类（如果蝇、飞蝗等）、水产/海产类（如扇贝、黄鳝、中华绒螯等）及植物（如油菜、水稻、杨树、拟南芥、苹果、葡萄等）等几十种物种；尤其针对植物果肉、果皮、胚轴等特殊组织部位积累了更丰富的样本处理经验；助力客户在Immunity、Nature Communications、Nucleic Acids Research、Cancer Research等权威杂志发表多篇高水平文章。

6．周期快、质量好、稳定性高

诺禾致源基于全面的物种实验库以及优质的测序平台，实现快速、稳定的测序数据分析及交付。

 

信息分析

诺禾致源 ATAC-seq 项目通过转座酶对特定时空开放的核染色质区域进行切割，获得该时空下全基因组中所有活跃转录的调控序列信息，分析转录因子结合信息、核小体区域信息、转录调控元件分布等。

分析内容	解决问题
测序数据质量评估	过滤掉低质量数据，保证数据质量
参考序列比对分析	唯一比对的 reads 分布统计
peak calling	定位开放区域、核小体及转录因子结合位点
peak注释	探究染色质开放程度，鉴定转录因子或其他 调控因子可能调控的靶基因
差异 peak 分析	分析不同样本间差异 peak，探究特定状态 下特异性染色质开放区域
相关基因功能分析	Peak/差异 peak 相关基因 GO、KEGG 富集分析
motif 分析	探究染色质开放区可能结合的转录因子

 

关联分析

诺禾致源提供ATAC-seq与RNA-seq关联分析的完整分析流程，用于分析基因表达量和ATAC-seq信号强度的关系。

ATAC-seq与RNA-seq关联分析	1. 整体层面关联
	1.1 整体信号分布统计
	1.2 不同表达水平基因上下游ATAC信号统计
	1.3 整体RNA-seq/ATAC-seq信号关系
	2. 差异表达与染色质可及性
	2.1 差异基因TSS附近可及性
	2.2 差异基因相关ATAC-seq信号统计
	3. 差异表达与差异染色质可及性
	3.1 差异基因与差异peak统计
	3.2 差异基因与差异peak相关基因韦恩图
	3.3 差异基因与差异Peak的差异倍数关系
	3.4 GO富集分析
	3.5 KEGG富集分析

送样建议

	样本类型	送样建议
ATAC-seq	动物组织	≥50 mg
	植物组织	≥300 mg
	冻存细胞样本	≥5×105个
	新鲜细胞样本	≥1×105个
mini ATAC-seq	动物组织	≥5 mg
	冻存细胞样本	≥1×104个
	新鲜细胞样本	≥5×103个

 

常见问题

1. ATAC-seq 技术通常与哪些技术结合起来研究？

ATAC-seq 获得的是全基因组处于开放状态的序列，这些序列包含了潜在的调控元件，属于表观遗传学的范畴，它通常与 RNA-seq、CUT&Tag/ChIP-seq、Hi-C 等技术相结合，可以深入研究基因表达的调控机制。

2. ATAC能分析转录因子吗？

可以通过ATAC分析寻找潜在可能结合的转录因子信息。ATAC-seq研究开放染色质的区域，这些区域中存在大量转录因子可以结合的区段，根据peak区域的序列进行motif分析，并与数据库进行匹配，提供可能结合的已知转录因子，也可结合footprint分析潜在可能结合的转录因子，从而为下游实验设计或验证提供切入点。