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- 染色质免疫共沉淀测序(ChIP-seq)是将染色质免疫共沉淀与高通量测序相结合的技术
- 深圳市光明区
- 2026年02月24日
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深圳市艾斯基因科技有限公司
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染色质免疫共沉淀测序(ChIP-seq)
染色质免疫共沉淀测序(Chromatin Immunoprecipitation Sequencing, ChIP-Seq)，
是将染色质免疫共沉淀与高通量测序相结合的技术，
是研究蛋白质与DNA相互作用的经典手段;
通过将测序获得的数百万条序列标签精确定位到基因组上，
从而获得全基因组范围内与组蛋白修饰、转录因子等互作的DNA区段信息。
用心服务每一个项目
较早开发动植物ChIP技术团队之一，
已完成人、小鼠等多种物种进行染色质免疫共沉淀测序分析，
助力客户在Genomics、PLoS One、Gigascience、BMC Genomics等杂志发表多篇论文。
科学方案设计
从项目方案、样本处理、建库测序，到数据分析;
每个项目需要专业、有价值的建议;及时高效的沟通，以保障高质量研究成果。
样本类型和要求
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样本类型 |
样本要求 |
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ChIP富集DNA |
总量≥ 1ng; 浓度≥ 0.1ng/ul; 基于Qubit定量；主峰范围在100-750bp; |
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细胞沉淀 |
组蛋白修饰1x10*7细胞；转录因子5x10*7细胞 |
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动植物组织 |
按照送样要求准备 |
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备注：用封口膜密封样品; 干冰运输 | |
信息分析
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ChIP-Seq |
分析内容 |
备注 |
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标准化分析 |
1、测序数据质量评估 |
去除低质量数据及接头序列 |
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2、与参考基因组比对 |
测序reads 在基因组上的分布 | |
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3、Peak峰Calling |
寻找组蛋白修饰或者转录因子结合位点 | |
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4、Motif分析 |
寻找修饰或者结合序列的偏好性 | |
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5、Peak图谱分析 |
Peak 在基因组，染色体，功能元件上的分布 | |
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6、Peak相关基因注释 |
寻找修饰或者转录因子结合基因 | |
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7、组间差异Peak分析 |
寻找差异修饰或者转录因子结合区域 | |
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8、差异Peak基因分析 |
相关基因GO，KEGG富集分析 | |
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高级分析 |
9、多组学整合关联分析 |
例如,与转录组等数据关联分析 |
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10、其它定制化分析 |
结合课题背景亮点挖掘 |
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文献和实验干货 | CUT and Tag 让 ChIP-Seq更简单高效！
文库峰型图 结果显示：对于不同细胞投入量（ 100 个或 10,000 个细胞），均可构建出与文献中类似的呈现 Ladder 状的文库，说明该体系能够兼容低细胞起始量的实验。 B、Peak 富集 将构建好的文库使用 Hiseq X10 PE150 进行文库测序，将下机数据过滤后进行 peak calling。 图 4. 使用 TD901 构建不同细胞投入量 Peak 富集情况 （第一列为 ChIP-Seq 数据，第二列为 100 cells 数据，第三列为 10,000
ChIP & ChIP-Seq实验原理与成功要素及NGS测序数据分析解读
染色质免疫沉淀(Chromatin Immunoprecipitation, ChIP)是用于检测细胞核天然染色质结构内的蛋白质与DNA之间相互作用的通用经典技术。近些年来NGS测序技术快速发展，基于NGS测序技术的ChIP-Seq测序分析为用户提供了蛋白质/DNA相互作用的高分辨率基因组范围视图，这是使用实时PCR分析无法实现的。ChIP-seq测序分析因此成为一种适合研究正常发育过程中或病理状态下发生的表观遗传变化的强大技术。 本次研讨会主要内容包括： 1.ChIP和ChIP seq的区别
ChIP测序小编分享对于ChIP-seq的测序小问题如下： 1、ChIP-Seq 有什么样品要求？ 1） 请供给浓度≥10 ng/ul、总量≥20 ng、OD260/280 为1.8~2.2 的DNA 样品；若单次ChIP 后DNA 量不够，主张将2~3 次ChIP 的DNA 兼并在一起。 2）请供给DNA 打断时检测胶图，要求打断后DNA 电泳主带在100-500bp 规模内；请对于ChIP 获得 DNA 规划引物进行QPCR 验证和定量，能够供给检测位点的检测
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