基于单链DNA建库的DNA:RNA杂合链免疫共沉淀及高通量测序技术(简称ssDRIP-seq, single-strand DNA ligation-based library construction of DNA:RNA hybrid immunoprecipitation and sequencing)表现出易操作、精准、高效、高度灵敏、可重复性好等优点,并且可获得DNA链特异性信息。
主题:The R-loop is a common chromatin feature of the Arabidopsis genome
期刊:Nature Plants 发表日期:2017.8.28 影响因子:18
该研究以模式植物拟南芥为材料,在传统R-loop全基因组检测技术基础上开发出一种全新的检测方法:基于单链DNA建库的DNA:RNA杂合链免疫共沉淀及高通量测序技术(简称ssDRIP-seq, single-strand DNA ligation-based library construction of DNA:RNA hybrid immunoprecipitation and sequencing)。与已报道的全基因组R-loop检测方法相比,ssDRIP-seq表现出易操作、精准、高效、高度灵敏、可重复性好等优点,并且可获得DNA链特异性信息。基于ssDRIP-seq,该研究获得了拟南芥全基因组水平R-loop的精准分布特征,如R-loop在拟南芥基因组中分布广泛且相对稳定,与基因表达、DNA甲基化、染色质修饰、GC/AT skew等存在着紧密关系。不同于哺乳动物基因组,拟南芥中广泛存在一类反义长非编码RNA在正义链转录起始位点形成的R-loop,推测这类特别的R-loop在调节基因转录起始或控制基因转录过程中发挥重要作用。