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- 2026年01月14日
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普通单细胞转录测序（scRNA-seq）分析主要依赖于编码基因表达进行细胞分型等分析，而研究表明相比蛋白编码基因，lncRNA具有更强的细胞特异性。在传统Bulk-seq检测中，在细胞亚群或单个细胞中的高表达lncRNA往往在组织水平表现为低表达。而单细胞lncRNA测序则可显著提升对细胞亚群特异性lncRNA的检测能力。
实验流程
研究案例
通过单细胞RNA测序评估心脏非编码转录组发现一种保守的促纤维化长非编码RNA FIXER（Circulation，IF: 37.8 Q1）.
心脏成纤维细胞在心脏中起着至关重要的作用。尤其是，成纤维细胞在受损的心肌中分化为肌成纤维细胞，促成瘢痕形成和间质纤维化。纤维化与心脏功能障碍和衰竭有关。由于缺乏肌成纤维细胞特异性标记物，因此无法开发靶向疗法。与蛋白编码基因相比，lncRNAs具有更广泛的细胞特异性，这表明它们决定细胞特性方面具有关键作用。研究人员通过单细胞深度测序分析了心肌梗死后心脏非肌细胞中的lncRNA转录组，并探究了成纤维细胞和肌成纤维细胞群体的异质性。作者分析了在相关的肌成纤维细胞亚群中富集的lncRNA, 并筛选到候选lncRNA FIXER(纤维化lox位点增强子RNA)。研究人员发现沉默FIXER限制了纤维化并改善了梗死后的心脏功能。
研究总共捕获可以在8,413个来自假手术或梗死心脏组织的细胞，平均每个细胞得到20M reads数据。在所有细胞中检测到21,929个编码基因和29,107个长非编码基因。基于lncRNA表达的UMAP分析得到7个细胞clusters（图1），并筛选到肌成纤维细胞中特异表达的lncRNA Fixer（图2）。在小鼠心梗模型中，体内干扰Fixer表达显著减少心脏纤维化和重塑（图3）。
图1 基于lncRNA表达的UMAP图及相关分析
图2 lncRNA筛选流程及Fixer在基因组位置示意图
图3 Fixer沉默抑制心梗模型心脏纤维化及重塑
本公司单细胞测序分析内容：
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分析结果可视化结果
图1 PCA聚类分析 图2 UMAP细胞聚类
图3 鉴定到marker基因 图4 注释细胞类群
图5 细胞间通讯分析 图6 拟时序分析
图7 RNA速率分析 图8 转录因子活性分析
scRNA-seq送样要求：
新鲜组织、血液样本、单细胞悬液寄送：
| 组织样品 | 血液 | 单细胞悬液 | |
| 样品量 | 组织>0.2g | 人4mL，鼠1-2mL | 细胞量>10^6 |
| 保存 | 组织保存液 保证浸没组织样品 |
抗凝管 | 自选缓冲液 |
| 运输 | 冰袋运输4℃左右 36 小时内送达 |
冰袋运输4℃左右 4小时内送达 |
冰袋运输4℃左右 2小时内送达 |
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- 作者
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文献和实验Aghagolzadeh P, Plaisance I, Bernasconi R, et al. Assessment of the Cardiac Noncoding Transcriptome by Single-Cell RNA Sequencing Identifies FIXER, a Conserved Profibrogenic Long Noncoding RNA [published online ahead of print, 2023 Jul 10]. Circulation. 2023;10.1161/CIRCULATIONAHA.122.062601. IF: 37.8 Q1
单细胞测序技术（scRNA-Seq）之 NCB 高分文章解析前列腺癌相关研究
腺癌淋巴结转移样本（batch2）进行单细胞测序，同样地发现所有肿瘤样本的 T 细胞普遍高表达 KLK3。有趣的是，其中一例前列腺癌患者的 MRI 影像及术后病理均提示左右两侧髂外淋巴结为阴性，而 scRNA-Seq 细胞亚群统计显示右侧淋巴结组织中存在高表达 KLK3 的 T 细胞，提示这可能已经形成了“转移前癌巢”结构；而左侧淋巴结组织中不仅存在高表达 KLK3 的 T 细胞，还存在恶性上皮细胞，即左侧淋巴结已发生了临床无法识别的微转移灶。 除了这一发现，我们还注意到 batch2 样本采用 BD
其序列和结构影响转录的延伸、暂停和停顿，以及发挥染色体修饰结合和增强子的作用。nascent RNA- seq方法旨在区分新近转录的RNA和其它RNAs，这些方法可以分为4类：溴尿苷(BrU)免疫共沉淀深度测序分析（ BRIC-seq ），4sU-seq，瞬时转录组测序（ TT-seq），代谢标记法（SLAM-seq）(图2)。
细胞比以前认为的更不同。单细胞RNA测序(scRNA-seq)现在通常被用来显示细胞间的异质性程度，并且有可能识别出之前被大量RNA-seq分析所隐藏的细胞亚群。我们正在学习更多关于单个细胞对系统的贡献，以及所有这些细胞作为个体如何相互作用来调节组织或器官的功能。一次研究一个细胞在这个问题中，我们强调了scRNA-seq被用来发现新的细胞群和细胞间差异的方法。亚当·米德和他的同事们通过对单个巨核细胞-红细胞祖细胞的分析表明，这个被定义的细胞群实际上由三个不同的亚群组成，它们沿着不同的谱系分化
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