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单细胞全长转录测序

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           单细胞测序只能从 cDNA 模板的一端产生短读长数据,从而限制了序列完整性的重建。单细胞全长转录组测序利用Nanopore长读长实时测序技术结合10X单细胞测序技术可以直接读取带有细胞标签的全长cDNA序列。此方法获取单个细胞中所有ployA+ RNA分子的全长序列,从而识别各种细胞亚型中可变剪切转录本(isoform)类型及丰度。

    实验流程

    产品细节图片1

    研究案例
    High throughput error corrected Nanopore single cell transcriptome sequencing (Nat CommunIF: 16.6  Q1)
           基于液滴的高通量单细胞分离技术极大地提高了单细胞转录组分析实验的通量。然而,但基于短读测序只能分析转录本的一个末端序列。本研究介绍了一种结合牛津纳米孔测序和独特的分子标识符的方法,通过10xGenomics单细胞分离系统获得纠错的全长序列信息。此方法可以在单细胞水平上检查不同的RNA剪切和RNA编辑。

     
    产品细节图片2
    图1 基于Illumina基因表达和Nanopore可变剪切转录本表达量的t-SNE图
    产品细节图片3
    图2 神经元成熟过程中Clta可变剪切转录本t-SNE图

    本公司单细胞测序分析内容:
    • 测序数据及细胞质控过滤
    • 细胞注释(mRNA/lncRNA)
    • UMAP可视化
    • 基因可视化
    • 可变剪切分析
    • 差异分析
    • 基因GO/KEGG分析
    • GSVA/GSEA分析
    • 转录因子活性分析
    • 伪时序分析
    • RNA速率分析
    • 细胞通讯分析
    • 浸润分析

    分析结果可视化结果
     
    产品细节图片4 产品细节图片5
    图1 PCA聚类分析                图2 UMAP细胞聚类

    产品细节图片6   产品细节图片7
    图3 鉴定到marker基因               4 注释细胞类群

    产品细节图片8 产品细节图片9
    图5 细胞间通讯分析                 图6 拟时序分析
    产品细节图片10   产品细节图片11
     图7 R
    NA速率分析          8 转录因子活性分析
    产品细节图片12
    图9 各细胞亚型中差异表达基因及可变剪切转录本

    送样要求:
           新鲜组织、血液样本、单细胞悬液寄送:
      组织样品 血液 单细胞悬液
    样品量 组织>0.2g 人4mL,鼠1-2mL 细胞量>10^6
    保存 组织保存液
    保证浸没组织样品
    抗凝管 自选缓冲液
    运输 冰袋运输4℃左右
    36 小时内送达
    冰袋运输4℃左右
    4小时内送达
    冰袋运输4℃左右
    2小时内送达


     

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    该产品被引用文献
    参考文献
    Lebrigand K, Magnone V, Barbry P, Waldmann R. High throughput error corrected Nanopore single cell transcriptome sequencing. Nat Commun. 2020;11(1):4025. Published 2020 Aug 12. doi:10.1038/s41467-020-17800-6 
    IF: 16.6  Q1
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