临床样本中ASPA表达分析
检测ASPA在前列腺癌组织与正常组织中的表达差异及其与临床病理特征和预后的关联。
利用RNA-seq、RT-qPCR、Western blotting和IHC检测49例PCa和43例癌旁正常组织中的ASPA表达,分析其与T分期、N分期、Gleason评分及生化复发的关系。
Aspartoacylase suppresses prostate cancer progression by blocking LYN activation
包含临床样本分析、体外细胞功能实验、体内异种移植模型及分子机制验证,符合高完整度标准。
PC-3人前列腺癌细胞系 DU145人前列腺癌细胞系 BALB/c裸鼠皮下异种移植模型 BALB/c裸鼠原位异种移植模型
PC-3和DU145细胞系,培养于DMEM或RPMI-1640培养基,添加10% FBS和1%青霉素-链霉素 ASPA过表达和敲低通过慢病毒转导实现,使用8 μg/mL polybrene和2 μg/mL puromycin筛选 JNK抑制剂JNK-IN-8处理浓度为1和2 μmol/L,LYN抑制剂bafetinib处理浓度为5 μmol/L 体内实验使用5-6周龄雄性BALB/c裸鼠,皮下接种5×10^6个细胞,原位注射1×10^6个细胞 统计分析使用Student's t检验和单因素方差分析,P<0.05为显著性阈值
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
检测ASPA在前列腺癌组织与正常组织中的表达差异及其与临床病理特征和预后的关联。
利用RNA-seq、RT-qPCR、Western blotting和IHC检测49例PCa和43例癌旁正常组织中的ASPA表达,分析其与T分期、N分期、Gleason评分及生化复发的关系。
确定ASPA在前列腺癌细胞中的功能作用。
通过慢病毒转染在PC-3和DU145细胞中过表达或敲低ASPA,使用CCK-8、EdU、集落形成和Transwell实验检测细胞增殖、迁移和侵袭能力,并检测相关基因和蛋白表达。
在体内验证ASPA对前列腺癌肿瘤生长的抑制作用。
建立皮下和原位异种移植模型,注射PC-3细胞(ASPA过表达或敲低),测量肿瘤体积和重量,并通过IHC、RT-qPCR和Western blotting分析肿瘤组织中的增殖和EMT标志物。
阐明ASPA抑制前列腺癌进展的分子机制。
通过荧光素酶报告基因、GSEA、Western blotting检测ASPA过表达或敲低对AP-1转录活性和JNK1/2、C-Jun磷酸化的影响,并使用JNK抑制剂JNK-IN-8和C-Jun过表达进行功能回复实验。
验证ASPA与LYN的直接结合及其对LYN活性的影响。
通过质谱鉴定ASPA相互作用蛋白,Co-IP、GST pull-down和免疫荧光验证ASPA与LYN的结合,并检测ASPA对LYN磷酸化的影响。
验证LYN介导ASPA的功能,并确定ASPA的保护作用是否依赖于LYN抑制。
在ASPA过表达或敲低的细胞中,通过LYN过表达或bafetinib处理,检测LYN、JNK和C-Jun的磷酸化水平及细胞增殖、迁移能力,并在体内验证bafetinib的效果。
确定ASPA抑制前列腺癌的机制是否依赖于其经典酶活性。
构建ASPA E178D突变体(破坏酶活性),检测其与LYN的相互作用、对LYN/JNK/C-Jun磷酸化的影响以及对细胞增殖、迁移的影响。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 细胞培养 | DMEM培养基 | Gibco | SH30022.01 |
| RPMI-1640培养基 | Gibco | C11875500BT | |
| 胎牛血清 | Gibco | A3160802 | |
| 青霉素-链霉素 | Gibco | 15140-122 | |
| 转染 | 聚乙烯亚胺 | Polysciences | 23966-1 |
| 药物处理 | JNK抑制剂JNK-IN-8 | MCE | HY-13319 |
| 巴非替尼 | MCE | HY-50868 | |
| 细胞增殖检测 | CCK-8试剂 | Bimake | B34304 |
| 96孔板 | Thermo Fisher Scientific | 167008 | |
| 集落形成实验 | 结晶紫 | -- | 548-62-9 |
| EdU实验 | Hoechst 33342染料 | -- | -- |
| Operetta CLS高内涵成像系统 | PerkinElmer | -- | |
| Transwell实验 | Corning Transwell渗透支持物 | Corning | REF 3421 |
| 基质胶 | Corning | 354248 | |
| RT-qPCR | TRIzol试剂 | Invitrogen | -- |
| SYBR Green PCR预混液 | Roche | 04887352001 | |
| LightCycler 480系统 | Roche | -- | |
| Western blotting | RIPA裂解液 | -- | 04693132001 |
| 蛋白酶抑制剂混合物 | Roche | 04693132001 | |
| 磷酸酶抑制剂 | Roche | 4906837001 | |
| Qsonica超声破碎系统 | -- | -- | |
| BCA蛋白检测试剂盒 | Thermo Fisher Scientific | -- | |
| PVDF膜 | Millipore | -- | |
| ECL Western blotting底物试剂盒 | Thermo Fisher Scientific | -- | |
| ChemiDoc MP成像系统 | Bio-Rad | -- | |
| 免疫沉淀 | 蛋白G琼脂糖珠 | -- | -- |
| GST pull-down | 谷胱甘肽-琼脂糖4B珠 | -- | -- |
| 双荧光素酶报告基因实验 | 双荧光素酶报告基因检测试剂盒 | Promega | E1910 |
| Lipofectamine 2000转染试剂 | Thermo Fisher Scientific | 11668030 | |
| GloMax 20/20发光检测仪 | Promega | -- | |
| 质谱分析 | Acclaim PepMap100捕集柱 | Thermo Fisher Scientific | -- |
| C18反相分析柱 | Thermo Fisher Scientific | -- | |
| Q-Exactive质谱仪 | Thermo Fisher Scientific | -- | |
| Easy nLC系统 | Proxeon Biosystems | -- | |
| 动物实验 | 巴非替尼 | Topscience | CAS859212-16-1 |
| 玉米油 | -- | -- | |
| 免疫组织化学 | PV-9001检测试剂盒 | ZSGB-Bio | -- |
| 牛血清白蛋白 | Bomei | NA8692 | |
| 抗Ki67抗体 | Servicebio | GB13030-M-2 | |
| DAB显色液 | ZSGB-Bio | ZLI-9018 | |
| 苏木素 | Servicebio | G1004 | |
| ECLIPSE 80i光学显微镜 | Nikon | -- | |
| 抗ASPA抗体 | Proteintech | 13244-1-AP | |
| Western blotting | 抗ASPA抗体 | Proteintech | 13244-1-AP |
| 抗PCNA抗体 | Proteintech | 10205-2-AP | |
| 抗Cyclin D1抗体 | GeneTex | GTX16663 | |
| 抗N-钙粘蛋白抗体 | ABclonal | A3045 | |
| 抗E-钙粘蛋白抗体 | ABclonal | A11492 | |
| 抗MMP9抗体 | ABclonal | A0289 | |
| 抗Ki67抗体 | Santa Cruz Biotechnology | sc-7846 | |
| 抗p-C-Jun (Ser73)抗体 | Cell Signaling Technology | 3270 | |
| 抗C-Jun抗体 | Cell Signaling Technology | 9165 | |
| 抗p-C-Fos (Ser32)抗体 | Cell Signaling Technology | 5348 | |
| 抗C-Fos抗体 | Cell Signaling Technology | 2250 | |
| 抗p-JNK (Thr183/Tyr185)抗体 | Cell Signaling Technology | 4668 | |
| 抗JNK抗体 | Cell Signaling Technology | 9252 | |
| 抗p-P38 (Thr180/Tyr182)抗体 | Cell Signaling Technology | 4511 | |
| 抗P38抗体 | ABclonal | A14401 | |
| 抗p-ERK1/2 (Thr202/Tyr204)抗体 | Cell Signaling Technology | 4370 | |
| 抗ERK1/2抗体 | Cell Signaling Technology | 4695 | |
| 抗p-LYN (Y396)抗体 | ABclonal | AP1050 | |
| 抗LYN抗体 | ABclonal | A2093 | |
| 抗β-肌动蛋白抗体 | ABclonal | AC026 | |
| 免疫沉淀 | 抗HA抗体 | MBL International | M180-3 |
| 抗Flag抗体 | MBL International | M185-3LL |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 临床样本分析 | 前列腺癌组织和癌旁正常组织的样本量、配对状态、收集时间;RNA-seq、Western blotting、IHC分别的样本量;患者临床病理特征(分期、Gleason评分) 阅读提示:Methods ‘Human tissue specimens’ 和 Results ‘ASPA is down-regulated in PCa’ |
| 细胞培养与处理 | 细胞系(PC-3、DU145、HEK293T)的来源;培养基类型和添加物(FBS浓度、青霉素-链霉素浓度);培养条件(37°C、5% CO2);转染试剂和方法;药物处理浓度(JNK-IN-8: 1和2 μmol/L;bafetinib: 5 μmol/L) 阅读提示:Methods ‘Cell cultures and treatments’ |
| 基因操作 | 过表达和敲低载体(pcDNA5、pLKO.1);转染用的包装质粒(pMD2.G, psPAX2);转导条件(polybrene浓度、puromycin浓度);敲低序列(shASPA-1, -2, -3) 阅读提示:Methods ‘Plasmid constructs and lentivirus transduction’ |
| 体外功能实验 | CCK-8实验的细胞密度(3000/孔)和检测时间点(1-5天);EdU实验的细胞数(1×10^5)和图像采集字段数(7个);集落形成实验的细胞密度(2000/孔)、培养时间(14天)和染色方法(0.1%结晶紫);Transwell实验的细胞数(5×10^4)、孔径(8.0 μm)、迁移/侵袭时间(24小时)和计数视野数(8个) 阅读提示:Methods ‘Cell counting kit 8 (CCK-8) assays’, ‘Colony formation assays’, ‘5-Ethynyl-2’-deoxyuridine (EdU) incorporation assays’, ‘Transwell assays’ |
| 分子互作与检测 | 免疫沉淀实验的抗体(anti-Flag, anti-HA)、细胞裂解条件;GST pull-down的GST融合蛋白和谷胱甘肽-琼脂糖珠;Western blotting的抗体稀释度、封闭和显影条件;RT-qPCR的引物序列和参考基因(ACTB) 阅读提示:Methods ‘Western blotting’, ‘Immunoprecipitation (IP) assay’, ‘Glutathione S-transferase (GST) pull-down assays’, ‘Quantitative reverse transcription PCR (RT-qPCR)’ |
| 动物实验 | 小鼠品系(BALB/c nude)、年龄(5-6周)、性别(雄性)、每组数量(n=8);皮下接种细胞数(5×10^6)和体积(200 μL);原位注射细胞数(1×10^6)和体积(30 μL);肿瘤生长观察时间(皮下32天,原位30天);bafetinib剂量(20 mg/kg)、给药方式(口服灌胃)、给药时长(13天) 阅读提示:Methods ‘Animal models’ |