虚拟筛选与体外抑制验证
从天然产物库中筛选ACLY抑制剂并验证其体外抑制活性。
对3200种天然产物进行分子对接筛选,通过ADP-Glo试剂盒检测候选化合物的ACLY酶活性抑制,并评估细胞毒性。
A natural small molecule isoginkgetin alleviates hypercholesterolemia and atherosclerosis by targeting ACLY.
研究包含体外酶活性抑制、细胞脂质合成、分子对接、SPR、CETSA、基因敲除细胞,以及Apoe-/-小鼠、Ldlr-/-仓鼠等多层级验证,功能与机制验证齐全。
Apoe-/-小鼠高胆固醇饮食诱导动脉粥样硬化模型 叙利亚金黄地鼠高胆固醇饮食诱导高脂血症模型 Ldlr-/-仓鼠高胆固醇饮食诱导动脉粥样硬化模型 原代小鼠肝细胞及HepG2、AML12等细胞系
ISOGK剂量与给药途径(腹腔注射,小鼠20 mg/kg/天,仓鼠2或5 mg/kg/天) 高胆固醇饮食诱导时间(小鼠7周,仓鼠2周)及处理持续时间(小鼠8周,仓鼠4或6周) ACLY活性检测方法(ADP-Glo试剂盒和MDH偶联试剂盒) ACLY敲低策略(病毒Cre感染及GalNAc-siAcly给药3 mg/kg/月) 主要检测终点(主动脉斑块面积、血脂水平、肝脏脂质含量)
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
从天然产物库中筛选ACLY抑制剂并验证其体外抑制活性。
对3200种天然产物进行分子对接筛选,通过ADP-Glo试剂盒检测候选化合物的ACLY酶活性抑制,并评估细胞毒性。
验证ISOGK是否抑制肝细胞脂质从头合成。
在原代小鼠肝细胞中用[1,2-14C]-乙酸标记,检测脂肪酸和胆固醇合成,并用Nile Red染色观察脂质积累。
验证ISOGK在高胆固醇饮食动物模型中的降脂和抗动脉粥样硬化作用及其安全性。
在Apoe-/-小鼠和Ldlr-/-仓鼠中通过腹腔注射ISOGK,检测血脂、肝脏脂质、主动脉斑块面积,并评估肝肾功能、组织病理及hERG通道影响。
确证ISOGK直接结合并抑制ACLY,且其效应依赖ACLY。
通过SPR和CETSA验证直接结合,通过ACLY敲除或敲低的细胞及GalNAc-siAcly处理的小鼠观察效应是否消失。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 动物实验 | 银杏双黄酮 | MedChemExpress | HY-N2117 |
| 动物模型 | C57BL/6J小鼠 | Gempharmatech | N000013 |
| Apoe-/-小鼠 | Gempharmatech | T001458 | |
| Aclyflox/flox小鼠 | 上海模式动物中心 | NM-CKO-200076 | |
| 动物饮食 | 1.25%高胆固醇饲料 | Research Diets | D12108C |
| 高脂饲料 | Research Diets | D12492 | |
| 肝脏脂质检测 | 甘油三酯检测试剂盒 | Wako | 290-63701 |
| 总胆固醇检测试剂盒 | Wako | 294-65801 | |
| 甘油三酯检测试剂盒 | Elabscience | E-BC-K261-M | |
| 总胆固醇检测试剂盒 | Elabscience | E-BC-K109-M | |
| 氧化应激检测 | GSH检测试剂盒 | Beyotime | S0059S |
| MDA检测试剂盒 | Beyotime | S0131S | |
| SOD检测试剂盒 | Beyotime | S0101S | |
| ox-LDL ELISA试剂盒 | CUSABIO | CSB-E07933m | |
| 主动脉油红O染色 | 油红O染色液 | Solarbio | G1260 |
| 原代肝细胞分离 | 肝脏灌流液 | Thermo Fisher Scientific | 17701-038 |
| 肝脏消化液 | Thermo Fisher Scientific | 17701-034 | |
| 细胞培养 | DMEM培养基 | -- | -- |
| 胎牛血清 | Bio-One Biotechnology | F05-001-B160216 | |
| 青霉素-链霉素 | Gibco | 15140-122 | |
| RNA提取与RT-qPCR | RNeasy RNA提取试剂盒 | YiShan | RN001-50Rxns |
| Takara逆转录试剂盒 | Takara | RR037B | |
| ChamQ SYBR qPCR预混液 | Vazyme | Q311-02 | |
| Western blot | ACLY抗体 | Proteintech | 67166-1-Ig |
| LDLR抗体 | Proteintech | 10785-1-AP | |
| β-Actin抗体 | Proteintech | 66009-1-Ig | |
| AMPK抗体 | Proteintech | 10929-2-AP | |
| p-AMPK(T172)抗体 | Cell Signaling Technology | 2535 | |
| ELISA | CRP ELISA试剂盒 | ABclonal | RK04303 |
| IL-1β ELISA试剂盒 | ABclonal | RK00006 | |
| IL-6 ELISA试剂盒 | ABclonal | RK00008 | |
| 细胞染色 | 尼罗红 | Invitrogen | N1142 |
| ACLY活性检测 | ADP-Glo检测试剂盒 | Promega | V9102 |
| MDH偶联检测试剂盒 | Solarbio | BC4240 | |
| SPR检测 | OpenSPR仪器 | Nicaya | -- |
| 羧基传感器芯片 | Nicaya | SEN-AU-100-3-COOH | |
| LDL摄取实验 | DiI标记低密度脂蛋白 | YEASEN | 20614ES76 |
| LDL氧化 | LDL溶液 | Yiyuan Biotechnologies | YB-001 |
| 硫酸铜 | Jinshanting New Chemical Reagent Factory | -- | |
| CCK8检测 | CCK8试剂盒 | Solarbio | CA1210 |
| 免疫荧光 | CD68抗体 | Bio-Rad | MCA1957 |
| α-SMA抗体 | Proteintech | 14395-1-AP | |
| CD31抗体 | Proteintech | 28083-1-AP | |
| Alexa Fluor 488标记山羊抗小鼠IgG | Thermo Fisher Scientific | A-11006 | |
| Alexa Fluor 546标记山羊抗兔IgG | Thermo Fisher Scientific | A-11035 |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 动物实验 | 动物品系、性别、年龄、饮食诱导时间、ISOGK给药剂量(小鼠20 mg/kg/天,仓鼠2或5 mg/kg/天)和给药途径(腹腔注射) 阅读提示:详见Materials and Methods中的Animals部分及Figure 2A、5A、7A图注 |
| 原代肝细胞分离与培养 | 小鼠品系、高脂饮食喂养时长(16周)、灌流液和消化液的使用、离心条件(50xg, 1分钟)、培养条件(DMEM+10%FBS+1%青霉素/链霉素) 阅读提示:详见Materials and Methods中的Primary hepatocytes isolation部分 |
| 体外ACLY活性检测 | 底物浓度(5 mM ATP、30 mM柠檬酸、15 mM CoA)、重组ACLY浓度(20 nM)、反应时间(30分钟)、温度(37℃)以及抑制剂浓度范围 阅读提示:详见Materials and Methods中的ACLY activity assays in vitro部分 |
| 体内ACLY活性检测 | 肝组织提取物制备方法、MDH偶联反应缓冲液成分、NADH消耗检测及ATP添加与否 阅读提示:详见Materials and Methods中的Measurement of ACLY activity in vivo部分 |
| 基因敲低实验 | GalNAc-siAcly剂量(3 mg/kg/月)、给药途径、ACLY敲除验证(Western blot)及处理周期 阅读提示:详见Materials and Methods中Animals部分及结果末尾和Figure 7A图注 |