药物靶点预测与网络药理学分析
预测Erianin治疗胰腺癌的潜在靶点和通路。
通过PubChem获取Erianin的SMILES结构,利用Swiss Target Prediction预测Erianin靶点,从GeneCards等数据库获取胰腺癌靶点,构建PPI网络并进行富集分析。
Erianin inhibits the progression of pancreatic cancer by directly targeting AKT and ASK1.
包含体外细胞实验(增殖、迁移、凋亡、细胞周期、机制通路验证)、体内裸鼠移植瘤模型(肿瘤生长、凋亡检测)及分子结合验证(分子对接和CETSA),并采用RNA-seq和网络药理学等多层级验证。
SW1990人胰腺癌细胞系 L3.7人胰腺癌细胞系 BALB/c裸鼠皮下移植瘤模型
Erianin处理浓度:针对SW1990和L3.7细胞分别采用近IC50浓度(SW1990为472.8 nM,L3.7为101.0 nM)进行后续实验 细胞活力检测时间点:Erianin处理24、48、72、96小时,其中48小时用于IC50计算 体内实验:SW1990细胞皮下接种4-6周龄雌性BALB/c裸鼠,Erianin处理14天 关键通路验证:AKT/FOXO1和ASK1/JNK/p38 MAPK信号通路的蛋白磷酸化水平变化 分子结合验证:CETSA实验中,Erianin使ASK1和AKT的熔解曲线右移
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
预测Erianin治疗胰腺癌的潜在靶点和通路。
通过PubChem获取Erianin的SMILES结构,利用Swiss Target Prediction预测Erianin靶点,从GeneCards等数据库获取胰腺癌靶点,构建PPI网络并进行富集分析。
评估Erianin对胰腺癌细胞增殖的影响。
使用CCK8、克隆形成和EdU实验检测Erianin处理后的细胞活力、克隆形成能力和DNA合成。
检测Erianin对细胞迁移能力和细胞周期分布的影响。
采用划痕愈合和Transwell实验评估迁移能力,流式细胞术分析细胞周期,Western blot检测周期相关蛋白。
验证Erianin诱导胰腺癌细胞凋亡的作用。
使用Annexin V-FITC/PI染色检测凋亡率,JC-1染色检测线粒体膜电位,DCFH-DA检测ROS水平,Western blot检测凋亡相关蛋白。
验证Erianin对AKT/FOXO1和MAPK信号通路的影响。
通过Western blot检测AKT、FOXO1、ASK1、JNK、p38及其磷酸化水平的变化,并通过RNA-seq和GO/KEGG富集分析支持通路机制。
验证Erianin是否直接结合靶蛋白AKT和ASK1。
使用AutoDock Vina进行分子对接,预测结合能;通过CETSA检测Erianin对靶蛋白热稳定性的影响。
评估Erianin在体内对胰腺癌肿瘤生长的抑制作用。
建立SW1990细胞皮下移植瘤裸鼠模型,给予Erianin处理,检测肿瘤体积、重量,并通过HE、TUNEL和IHC分析肿瘤组织凋亡和信号通路变化。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 细胞培养 | DMEM培养基 | -- | -- |
| RPMI 1640培养基 | -- | -- | |
| 胎牛血清 | -- | -- | |
| 青霉素/链霉素 | -- | -- | |
| 药物处理 | Erianin | Yuanye Biotechnology | -- |
| 细胞活力检测 | CCK8试剂盒 | Beyotime Biotechnology | C0039 |
| 细胞增殖检测 | EdU细胞增殖试剂盒 | Beyotime Biotechnology | C0078S |
| 细胞凋亡检测 | Annexin V-FITC/PI凋亡检测试剂盒 | Zeta life | An0050 |
| 细胞周期检测 | 细胞周期检测试剂盒 | Elabscience Biotechnology | E-CK-A351 |
| 线粒体膜电位检测 | JC-1荧光探针 | Beyotime Biotechnology | C2006 |
| ROS检测 | DCFH-DA探针 | Beyotime Biotechnology | S0033S |
| Western blotting | RIPA裂解液 | -- | -- |
| BCA蛋白定量试剂盒 | Solarbio | PC0020 | |
| PVDF膜 | -- | -- | |
| N-钙黏蛋白抗体 | Proteintech | 22018-1-AP | |
| E-钙黏蛋白抗体 | Proteintech | 20874-1-AP | |
| β-连环蛋白抗体 | Proteintech | 51067-2-AP | |
| 波形蛋白抗体 | Proteintech | 10366-1-AP | |
| β-肌动蛋白抗体 | Proteintech | 81115-1-RR | |
| BCL2抗体 | Proteintech | 68103-1-Ig | |
| BAX抗体 | Proteintech | 50599-2-Ig | |
| ASK1抗体 | Proteintech | 28201-1-AP | |
| p-ASK1抗体 | Proteintech | 28846-1-AP | |
| P38抗体 | Proteintech | 14064-1-AP | |
| p-P38抗体 | Proteintech | 28796-1-AP | |
| Cleaved-Caspase3抗体 | Cell Signaling Technology | 9664 | |
| AKT抗体 | Cell Signaling Technology | 9272 | |
| p-AKT抗体 | Cell Signaling Technology | 4060 | |
| Foxo1抗体 | Cell Signaling Technology | 2880 | |
| p-Foxo1抗体 | Cell Signaling Technology | 84192 | |
| p-Rb抗体 | Cell Signaling Technology | 8516 | |
| CyclinB1抗体 | Cell Signaling Technology | 4138 | |
| P21抗体 | Cell Signaling Technology | 2947 | |
| Cleaved-PARP抗体 | Cell Signaling Technology | 9541 | |
| JNK抗体 | Cell Signaling Technology | 9252 | |
| p-JNK抗体 | Cell Signaling Technology | 4668 | |
| RNA-seq | TRIzol试剂 | Invitrogen | 15596026 |
| Illumina NovaseqTM 6000测序平台 | Illumina | -- | |
| CETSA | T100热循环仪 | BioRad | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 细胞增殖实验 | 细胞系(SW1990和L3.7)、细胞培养条件(DMEM/RPMI 1640+10%FBS)、Erianin浓度梯度(0-50 nM)、处理时间(24-96小时)、CCK8检测时间点 阅读提示:Materials and methods: Cell viability analysis; Figure 2图注 |
| 细胞迁移实验 | 划痕愈合实验:细胞融合度约90%时划痕;Transwell实验:细胞密度1×10^4/上室,下室20% FBS;处理时间48小时 阅读提示:Materials and methods: Tumor cell migration assays; Figure 3图注 |
| 细胞凋亡和线粒体功能检测 | 凋亡检测使用的试剂盒和细胞数(1×10^6);JC-1染色细胞密度(2×10^4/孔);ROS检测探针(DCFH-DA) 阅读提示:Materials and methods: Flow cytometry analysis of apoptosis and cell cycle; JC-1 staining; ROS detection |
| 机制通路验证 | Western blot使用的抗体及稀释比例(原文未明确说明);RNA-seq处理浓度(100 nM)和处理时间(48小时) 阅读提示:Materials and methods: Western blotting; RNA-seq and pathway enrichment analysis; Figure 5图注 |
| 体内实验 | 动物品系和性别(雌性BALB/c裸鼠,4-6周龄)、细胞接种数量和部位(SW1990细胞,皮下)、Erianin给药剂量、给药方式和频率(原文未明确说明)、治疗时间(14天) 阅读提示:Materials and methods: Animal experiments; Figure 7图注 |