临床样本中netrin-1表达检测
评估netrin-1在B-ALL患者中的表达水平及其与风险分层的关系。
收集50例B-ALL患儿和27例非肿瘤性疾病患儿的外周血,使用ELISA试剂盒检测血清netrin-1浓度,并比较不同风险分层组间的差异。
Netrin-1 induces the anti-apoptotic and pro-survival effects of B-ALL cells through the Unc5b-MAPK axis.
包含临床样本ELISA检测、细胞增殖凋亡实验、受体鉴定co-IP、UNC5B干扰功能验证及FAK/ERK抑制剂通路验证,证据层级丰富。
人B-ALL细胞系REH 人B-ALL细胞系SUP-B15 B-ALL患儿外周血样本
重组netrin-1处理浓度0,25,50,100 ng/ml,处理时间24小时 UNC5B shRNA慢病毒转染效率及敲低效果(通过Western blot验证) FAK抑制剂PF-573228浓度20nM,ERK抑制剂Magnolin浓度87nM 细胞增殖检测时间点0,24,48,72小时,每孔8000细胞
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
评估netrin-1在B-ALL患者中的表达水平及其与风险分层的关系。
收集50例B-ALL患儿和27例非肿瘤性疾病患儿的外周血,使用ELISA试剂盒检测血清netrin-1浓度,并比较不同风险分层组间的差异。
验证外源性netrin-1对B-ALL细胞存活和凋亡的作用。
用不同浓度重组netrin-1处理REH和SUP-B15细胞,通过CCK-8检测细胞活力,流式细胞术检测凋亡,Western blot检测增殖和凋亡相关蛋白。
确定netrin-1在B-ALL细胞中的主要受体。
用RT-PCR检测netrin-1潜在受体表达,通过co-IP检测外源性His-tagged netrin-1与候选受体的相互作用。
验证Unc5b是否为netrin-1诱导抗凋亡效应所必需。
用UNC5B shRNA慢病毒转染REH和SUP-B15细胞,筛选稳定敲低细胞后,检测netrin-1处理后细胞增殖、凋亡和蛋白表达变化。
探究netrin-1/Unc5b下游激活的信号通路。
检测netrin-1处理后细胞中FAK、c-Raf、Mek、Erk、Akt、p85、p65、P50的磷酸化水平;UNC5B干扰后检测FAK-MAPK通路磷酸化变化;使用FAK抑制剂PF-573228和ERK抑制剂Magnolin处理观察对细胞增殖、凋亡和蛋白表达的影响。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 细胞培养 | RPMI 1640培养基 | GIBCO | -- |
| 胎牛血清 | GIBCO | 10100147 | |
| 细胞增殖检测 | CCK-8试剂盒 | MCE | -- |
| 细胞凋亡检测 | Annexin V-7AAD/APC凋亡检测试剂盒 | KeyGEN Biotech | -- |
| RNA提取 | TRIzol试剂 | Invitrogen | -- |
| RNA浓度检测 | NanoDrop 2000紫外-可见分光光度计 | ThermoFisher | -- |
| 反转录 | TaKaRa RNA PCR试剂盒 | TaKaRa | -- |
| RT-qPCR | SYBR Green实时定量PCR试剂盒 | TaKaRa | -- |
| 蛋白质提取 | 细胞裂解试剂盒 | ThermoFisher | -- |
| 蛋白质定量 | BCA蛋白定量试剂盒 | Beyotime | -- |
| Western blotting | PVDF膜 | Millipore | -- |
| ECL化学发光试剂盒 | Bio-Rad | -- | |
| 免疫共沉淀 | 抗His标签抗体 | Cell Signaling Technology | #12698 |
| 正常IgG | ZENBIO | A00002 | |
| Western blotting | 抗Neogenin抗体 | Abcam | ab183511 |
| 整合素β1抗体 | Wanleibio | WL01615 | |
| 整合素α3抗体 | Abcam | ab190731 | |
| 抗整合素β4抗体 | Abcam | ab182120 | |
| 抗Unc5b抗体 | Cell Signaling Technology | 13851 | |
| 抗Unc5a抗体 | Proteintech | 22068-1-AP | |
| 抗PCNA抗体 | Cell Signaling Technology | 13110 | |
| 抗CDK4抗体 | Cell Signaling Technology | 12790 | |
| 抗细胞周期蛋白E2抗体 | Cell Signaling Technology | 4132 | |
| 抗Bcl-2抗体 | Proteintech | 60178-1-Ig | |
| 抗Bax抗体 | Proteintech | 60267-1-Ig | |
| 抗GAPDH抗体 | ZENBIO | 390035 | |
| 抗FAK抗体 | Cell Signaling Technology | 71433 | |
| 抗磷酸化FAK抗体 | Cell Signaling Technology | 8556 | |
| 抗c-Raf抗体 | Cell Signaling Technology | 53745 | |
| 抗磷酸化c-Raf抗体 | Cell Signaling Technology | 9421 | |
| 抗MEK1/2抗体 | Cell Signaling Technology | 9126 | |
| 抗磷酸化MEK1/2抗体 | Cell Signaling Technology | 9154 | |
| 抗ERK1/2抗体 | Cell Signaling Technology | 4695 | |
| 抗磷酸化ERK1/2抗体 | Cell Signaling Technology | 4370 | |
| 抗AKT抗体 | Cell Signaling Technology | 4691 | |
| 抗磷酸化AKT抗体 | Cell Signaling Technology | 4060 | |
| 抗P85抗体 | Cell Signaling Technology | 4257 | |
| 抗磷酸化P85抗体 | Cell Signaling Technology | 4228 | |
| 抗P50抗体 | Cell Signaling Technology | 3035 | |
| 抗磷酸化P50抗体 | Cell Signaling Technology | 4806 | |
| 抗P65抗体 | Cell Signaling Technology | 8242 | |
| 抗磷酸化P65抗体 | Cell Signaling Technology | 3303 | |
| 辣根过氧化物酶标记的山羊抗兔IgG | ZENBIO | 511203 | |
| 辣根过氧化物酶标记的兔抗小鼠IgG | ZENBIO | 511103 | |
| 药物处理 | PF-573228 | MCE | HY-10461 |
| 木兰脂素 | MCE | HY-N1314 | |
| 细胞处理 | 重组netrin-1蛋白 | R&D Systems | -- |
| 细胞培养 | SUP-B15细胞系 | ATCC | CRL-1929 |
| REH细胞系 | ATCC | CRL-8286 | |
| 迁移实验 | 基质胶包被的Transwell小室 | Corning Costar | -- |
| 尼康TE2000-U倒置荧光显微镜 | Nikon | -- | |
| 流式分析 | 流式细胞仪 | BD Biosciences | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| ELISA检测 | 样本量: B-ALL组n=50,对照组n=27; 血清netrin-1浓度; 检测波长450nm; 每个样本重复2次 阅读提示:Materials and methods: Enzyme-linked immunosorbent assay (ELISA) |
| 细胞处理 | 重组netrin-1浓度: 0,25,50,100 ng/ml; 处理时间: 24h(蛋白检测)或3天(增殖) 阅读提示:Materials and methods: CCK-8 cell growth detection, Western blotting; Figure legends Fig2 |
| 凋亡检测 | Annexin V-7AAD/APC染色; 流式细胞仪; 每个实验重复3次 阅读提示:Materials and methods: Detection of apoptosis by flow cytometry |
| 受体鉴定 | co-IP使用anti-His-tag抗体; 候选受体检测; 蛋白量500-1000ng 阅读提示:Materials and methods: Co-immunoprecipitation; Figure legends Fig3B |
| UNC5B敲低 | shRNA序列; 转染时间48h; 嘌呤霉素筛选; 敲低效率验证(Western blot) 阅读提示:Materials and methods: RNA interference to the UNC5B; Figure legends Fig3C |
| 信号通路验证 | FAK抑制剂PF-573228浓度20nM; ERK抑制剂Magnolin浓度87nM; 检测磷酸化蛋白;p-FAK,p-c-Raf,p-MEK,p-ERK 阅读提示:Materials and methods: Western blotting; Figure legends Fig4, Fig5 |