表达与临床相关性分析
分析SAT2在胰腺癌组织中的表达水平及其与临床病理参数和预后的相关性。
利用TCGA、GTEx、GEO、CPTAC和HPA数据库,比较SAT2在PC与正常组织中的mRNA和蛋白表达,并通过Kaplan-Meier曲线和Cox回归分析其预后价值,构建列线图。
The Tumor-Suppressive Role of SAT2 in Pancreatic Cancer: Involvement in PI3K/Akt-MAPK Pathways and Immune Modulation.
包含数据库分析与临床样本验证、体外细胞功能实验、机制蛋白检测、免疫共培养和体内异种移植瘤模型,多层次验证SAT2功能与机制。
胰腺癌细胞系PANC-1和BxPC-3 人胰腺导管上皮细胞HPDE6-C7 BALB/c裸鼠异种移植瘤模型
PC组织和非癌样本中SAT2的表达差异(TCGA、GEO、CPTAC、HPA数据库) SAT2过表达质粒(pcDNA3-SAT2)转染PANC-1和BxPC-3细胞后验证mRNA和蛋白水平 CCK-8和EdU实验检测细胞增殖,划痕和Transwell实验检测迁移与侵袭 Western blot检测PI3K/Akt、MAPK通路蛋白及PD-L1表达变化 裸鼠皮下异种移植瘤模型中Lv-SAT2感染PANC-1细胞后肿瘤体积和重量的变化
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
分析SAT2在胰腺癌组织中的表达水平及其与临床病理参数和预后的相关性。
利用TCGA、GTEx、GEO、CPTAC和HPA数据库,比较SAT2在PC与正常组织中的mRNA和蛋白表达,并通过Kaplan-Meier曲线和Cox回归分析其预后价值,构建列线图。
探索SAT2相关的生物学通路及与肿瘤免疫微环境的关系。
通过共表达分析、GO和KEGG富集,预测SAT2涉及的通路;利用CIBERSORT分析免疫细胞浸润,并分析SAT2与免疫检查点分子的相关性。
验证SAT2过表达对胰腺癌细胞增殖、迁移和侵袭的影响。
在PANC-1和BxPC-3细胞中转染pcDNA3-SAT2,通过CCK-8、EdU、划痕和Transwell实验检测细胞功能变化。
验证SAT2过表达是否通过影响PI3K/Akt和MAPK通路及PD-L1表达而发挥功能。
通过Western blot检测转染后PC细胞中PI3K/Akt、MAPK通路相关蛋白及PD-L1的表达水平。
评估SAT2过表达对PBMC杀伤效应及免疫抑制因子分泌的影响。
将SAT2过表达的PC细胞与活化PBMC共培养,检测LDH释放反映细胞毒性,并用ELISA检测IL-10和TGF-β1水平。
验证SAT2过表达对胰腺癌异种移植瘤生长的影响。
用Lv-SAT2或Lv-NC感染的PANC-1稳定转染细胞皮下接种裸鼠,监测肿瘤生长,并通过HE、TUNEL和IHC检测组织病理变化。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 细胞培养 | RPMI-1640培养基 | -- | -- |
| DMEM培养基 | -- | -- | |
| 胎牛血清 | Gibco | A5256701FBS | |
| 细胞转染 | Lipofectamine 2000转染试剂 | Thermo Fisher Scientific | 11668019 |
| qRT-PCR | TRIzol试剂 | TianGen | DP424 |
| MightyScript第一链cDNA合成预混液 | Sangon Biotech | B639251 | |
| SYBR Green实时荧光定量PCR预混液 | Thermo Fisher Scientific | A46109 | |
| 细胞增殖检测 | CCK-8试剂盒 | Elabscience | E-CK-A362 |
| EdU试剂盒 | Thermo Fisher Scientific | C10338 | |
| 细胞侵袭检测 | Matrigel基质胶 | Corning | -- |
| Transwell小室 | Corning | -- | |
| Western blot | RIPA裂解液 | Solarbio | -- |
| BCA蛋白定量试剂盒 | Beyotime | -- | |
| 抗SAT2抗体 | Novus Biologicals | NBP1-80722 | |
| 抗Cyclin D1抗体 | Abcam | ab16663 | |
| 抗AKT抗体 | CST | #9272 | |
| 抗磷酸化Akt (Ser473)抗体 | CST | #4060 | |
| 抗Bad抗体 | CST | #9292 | |
| 抗Vimentin抗体 | CST | #5741 | |
| 抗E-cadherin抗体 | CST | #3195 | |
| 抗p38 MAPK抗体 | CST | #9212 | |
| 抗Erk1/2抗体 | CST | #4696 | |
| 抗磷酸化p38 MAPK (Thr180/Tyr182)抗体 | CST | #9211 | |
| 抗PD-L1抗体 | CST | #13684 | |
| 抗GAPDH抗体 | CST | #2118 | |
| 抗磷酸化STAT3 (Tyr705)抗体 | CST | #9145 | |
| 抗STAT3抗体 | CST | #9139 | |
| 抗磷酸化Erk1/2 (Thr202/Tyr204)抗体 | CST | #4370 | |
| ECL化学发光检测试剂盒 | Solarbio | PE0010 | |
| 共培养实验 | 人外周血单核细胞 | Wuhan Pricella Biotechnology | CP-H182 |
| 细胞毒性检测 | LDH细胞毒性检测试剂盒 | Beyotime | C0018S |
| ELISA | 人IL-10 ELISA试剂盒 | Elabscience | E-EL-H6154 |
| TGF-β1 ELISA试剂盒 | Elabscience | E-EL-0162 | |
| 动物实验 | SAT2过表达慢病毒 | Hanbio Biotechnology | -- |
| 阴性对照慢病毒 | Hanbio Biotechnology | -- | |
| 嘌呤霉素 | -- | -- | |
| IHC | 抗SAT2抗体 | Proteintech | 16246-1-AP |
| 抗PD-L1抗体 | CST | #13684 | |
| 抗Ki-67抗体 | Novus Biologicals | NBP2-22112 | |
| TUNEL | TUNEL染色试剂盒 | Beyotime | C1088 |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 表达与临床相关性分析 | 数据库版本和数据获取日期、样本分组依据(SAT2高/低表达分组标准)、TCGA PAAD样本的T分期等临床信息 阅读提示:Methods 2.1节,Results 3.1节,Table 1和Table 2 |
| 体外细胞实验 | 细胞系来源和验证(STR、支原体)、培养条件(培养基、血清浓度)、转染试剂和质粒、转染时间(48h)、CCK-8检测时间点(12、24、48、72h)、EdU浓度(50μM)、划痕实验无血清培养时间(24h)、Transwell侵袭实验细胞密度和培养时间(24h) 阅读提示:Methods 2.4, 2.6, 2.7, 2.8, 2.9节 |
| 机制验证 | Western blot实验条件和抗体信息(抗体品牌、货号、稀释比例)、蛋白上样量、内参(GAPDH)是否一致 阅读提示:Methods 2.10节,Results 3.7节,Figure 7 |
| 免疫共培养实验 | PBMC来源和活化方法(CD3/CD28抗体)、效应细胞与靶细胞比例(E:T=10:1)、共培养时间(24h)、LDH和ELISA检测步骤 阅读提示:Methods 2.11, 2.12, 2.13节 |
| 体内动物实验 | 慢病毒感染效率(MOI=100)、嘌呤霉素筛选浓度(2μg/mL)和时间(72h)、裸鼠品系和年龄、细胞接种数量和体积、肿瘤测量时间点(第5、9、13、17、21天) 阅读提示:Methods 2.14节,Results 3.8节 |