生物信息学分析CPT2表达和预后
评估CPT2在CCA中的表达水平及其与患者预后的关系
利用GEO和TCGA数据分析CPT2表达,进行Cox回归分析、列线图构建、Kaplan-Meier曲线和时间依赖性ROC分析。
Downregulation of CPT2 promotes proliferation and migration through the TNFα/NF-κB pathway in cholangiocarcinoma.
包含生物信息学分析(TCGA、GEO、GSEA)、临床样本验证(外周血、组织)、细胞功能实验(增殖、周期、凋亡、迁移侵袭)及机制验证(Western blot)。
人胆管癌细胞系HCCC9810 人胆管癌细胞系RBE 人胆管癌细胞系HUCCT1 人正常胆管上皮细胞HIBEpiC
CPT2在人胆管癌细胞系中的低表达验证 CPT2过表达和敲低的效率验证(qRT-PCR和Western blot) 功能实验中的细胞系选择(RBE和HCCC9810) TNFα/NF-κB通路关键蛋白TNFα和p-p65的表达变化
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
评估CPT2在CCA中的表达水平及其与患者预后的关系
利用GEO和TCGA数据分析CPT2表达,进行Cox回归分析、列线图构建、Kaplan-Meier曲线和时间依赖性ROC分析。
验证CPT2在CCA患者中的表达差异
收集CCA组织和外周血样本,通过qRT-PCR和Western blot检测CPT2 mRNA和蛋白表达。
评估CPT2对CCA细胞增殖、凋亡、迁移和侵袭的影响
在HCCC9810和RBE细胞中过表达或敲低CPT2,进行CCK-8、细胞周期、凋亡和Transwell实验。
验证CPT2对TNFα/NF-κB信号通路的调控
通过Western blot检测TNFα和p-p65(Ser536)的表达。
评估CPT2的预后价值
使用Cox回归、列线图、Kaplan-Meier曲线和ROC曲线分析。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 细胞培养 | RPMI 1640培养基 | Gibco | -- |
| DMEM培养基 | Gibco | -- | |
| 胎牛血清 | Gibco | -- | |
| 嘌呤霉素 | -- | -- | |
| 转染 | CPT2过表达慢病毒 | Genechem | -- |
| CPT2敲低慢病毒 | Genechem | -- | |
| RNA提取 | Trizol试剂 | TaKaRa | -- |
| 逆转录 | HiScript III一步法逆转录qPCR预混液 | Vazyme | -- |
| qPCR | ChamQ Universal SYBR qPCR预混液 | Vazyme | Q711-02Univer 03 |
| 蛋白质提取 | RIPA裂解液 | Beyotime | -- |
| 蛋白酶和磷酸酶抑制剂 | Beyotime | -- | |
| 蛋白质定量 | BCA蛋白定量试剂盒 | Beyotime | -- |
| Western blot | PVDF膜 | Millipore | -- |
| 封闭液 | Beyotime | -- | |
| BeyoECL Moon显影液 | Beyotime | -- | |
| CPT2抗体 | Proteintech | 26555-1-AP | |
| GAPDH抗体 | BOSTER | A00227-1 | |
| β-actin抗体 | Servicebio | GB11001 | |
| E-cadherin抗体 | Proteintech | 60335-1-Ig | |
| N-cadherin抗体 | Abclonal | A19083 | |
| SNAI1抗体 | Proteintech | 13099-1-AP | |
| Vimentin抗体 | Proteintech | 10366-1-AP | |
| CDK4抗体 | Cell Signaling Technology | 12790 | |
| CDK6抗体 | Cell Signaling Technology | 13331 | |
| Bcl2抗体 | Cell Signaling Technology | 4223 | |
| Bax抗体 | Cell Signaling Technology | 5023 | |
| caspase-3抗体 | Cell Signaling Technology | 14220 | |
| cleaved caspase-3抗体 | Cell Signaling Technology | 9664 | |
| p65抗体 | Cell Signaling Technology | 8242 | |
| p-p65 (Ser536)抗体 | Cell Signaling Technology | 3033 | |
| 山羊抗兔二抗 | BOSTER | BA1055 | |
| 山羊抗小鼠二抗 | BOSTER | BA1051 | |
| 细胞增殖 | CCK-8试剂盒 | Meilune | -- |
| 迁移和侵袭 | 8 µm小室 | Corning | -- |
| 基质胶 | BD Biosciences | -- | |
| 细胞周期 | 细胞周期分析试剂盒 | Beyotime | -- |
| 凋亡 | Annexin V/PE | BD Biosciences | -- |
| 7-AAD染色液 | BD Biosciences | -- | |
| 统计分析 | GraphPad Prism 7.0 | -- | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 细胞培养 | 细胞系来源和培养基:HCCC9810和RBE使用RPMI 1640,HIBEpiC和HUCCT1使用高糖DMEM,均含10% FBS 阅读提示:Methods: Cell culture |
| 细胞转染 | 慢病毒转染、嘌呤霉素筛选浓度(2 µg/mL)和筛选时间(48小时) 阅读提示:Methods: Cell transfection |
| qRT-PCR | 引物序列(CPT2和GAPDH)和2^-ΔΔCt计算方法 阅读提示:Methods: RNA extraction and qRT-PCR |
| Western blot | 抗体列表(包括CPT2、GAPDH、beta-actin等)及其稀释度、孵育条件(4℃过夜) 阅读提示:Methods: Western blot |
| 细胞增殖 | 细胞接种密度(过表达5000细胞/孔,敲低3000细胞/孔)和检测时间点(0、24、48、72、96小时) 阅读提示:Methods: Cell proliferation assays |
| 迁移和侵袭 | Transwell小室孔径(8 µm)、细胞数(5×10^4)、培养时间(24小时)、基质胶体积(60 µL) 阅读提示:Methods: Transwell migration and invasion assays |
| 细胞周期和凋亡 | 细胞固定条件(75%乙醇4℃过夜)、染色液(Annexin V/PE、7-AAD)及孵育时间 阅读提示:Methods: Cell cycle and apoptosis |
| 统计分析 | 统计方法(t检验、Cox回归)、重复次数(至少三次,每次至少三个生物学重复) 阅读提示:Methods: Statistical analysis |