生信分析揭示SGPP2表达与预后
筛选LUAD与正常组织差异表达基因,明确SGPP2表达模式及其与预后的关联。
基于GEO数据集(GSE75037、GSE116959、GSE118370)进行差异表达分析、PPI网络构建、GSEA通路富集;利用TCGA-LUAD数据及KM-plotter、GEPIA2等数据库分析SGPP2表达与患者生存的关系。
TFAP2A regulates SGPP2 transcription to promote lipid accumulation and activate the Wnt/β-catenin signaling pathway to promote malignant progression in lung adenocarcinoma.
包含临床样本IHC、细胞功能实验、体内裸鼠异种移植、ChIP和双荧光素酶等机制验证,证据层级完整。
LUAD细胞系(A549、H1299、PC9) 人支气管上皮细胞系BEAS-2B 人胚胎肾细胞系293T BALB/c裸鼠皮下异种移植瘤模型
SGPP2在LUAD组织和细胞系中表达上调,且与淋巴结转移相关(p=0.001) SGPP2敲低或过表达对LUAD细胞增殖、迁移、侵袭及EMT的影响 外源性S1P对SGPP2敲低后细胞增殖、迁移和Wnt/β-catenin通路的影响 TFAP2A与SGPP2启动子结合并通过ChIP和双荧光素酶实验验证 SGPP2过表达在裸鼠皮下移植瘤模型中的促肿瘤生长作用
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
筛选LUAD与正常组织差异表达基因,明确SGPP2表达模式及其与预后的关联。
基于GEO数据集(GSE75037、GSE116959、GSE118370)进行差异表达分析、PPI网络构建、GSEA通路富集;利用TCGA-LUAD数据及KM-plotter、GEPIA2等数据库分析SGPP2表达与患者生存的关系。
验证SGPP2在LUAD组织中的蛋白表达水平并分析其临床病理意义。
对135对石蜡包埋的LUAD组织及6对新鲜组织进行IHC和WB检测,结合临床资料分析SGPP2表达与各临床特征及预后的相关性。
评估SGPP2对LUAD细胞增殖、周期、迁移、侵袭和EMT的影响。
通过慢病毒在A549、H1299和PC9细胞中敲低或过表达SGPP2,进行CCK-8、EdU、集落形成、流式细胞周期、transwell、伤口愈合等实验,并用WB检测EMT相关蛋白。
验证SGPP2是否通过调控Wnt/β-catenin信号通路影响LUAD恶性表型。
WB检测β-catenin、p-GSK3β(Ser9)、CyclinD1等蛋白表达;使用XAV939抑制剂处理SGPP2过表达细胞,观察增殖、迁移和侵袭的改变。
检测SGPP2对LUAD细胞内脂质积累及脂质合成相关蛋白的影响。
油红O和尼罗红染色观察脂滴;检测TG、TC水平;ELISA检测S1P水平;WB检测SKI1、SREBP1、FASN、SCD1等蛋白。
探究外源性S1P是否能逆转SGPP2敲低对细胞表型及Wnt/β-catenin通路的影响。
在SGPP2敲低细胞中加入外源性S1P,检测增殖、迁移、侵袭及通路蛋白变化。
确认TFAP2A是否直接结合SGPP2启动子并转录激活SGPP2。
用siRNA敲低TFAP2A、慢病毒过表达TFAP2A,检测SGPP2表达;通过ChIP和双荧光素酶报告基因实验验证TFAP2A与SGPP2启动子的结合。
验证TFAP2A通过调节SGPP2影响LUAD细胞恶性表型及通路。
敲低TFAP2A并同时过表达SGPP2,观察细胞增殖、迁移、脂质积累和Wnt/β-catenin通路变化,验证TFAP2A的作用部分依赖SGPP2。
评估SGPP2过表达在体内对肿瘤生长的影响。
将oe-NC或oe-SGPP2的PC9细胞皮下接种到BALB/c裸鼠,测量肿瘤体积和重量,并通过WB、IHC和尼罗红染色检测相关蛋白和脂质积累。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 免疫组织化学 | SGPP2抗体 | Raybiotech | 102-23119 |
| β-catenin抗体 | Immunoway | T0300R | |
| Ki67抗体 | Abclonal | A2094 | |
| 细胞培养 | 胎牛血清 | Excell Bio | 900−108 |
| 嘌呤霉素 | Solarbio | P8230 | |
| 细胞转染 | TurboFect转染试剂 | Thermo Fisher Scientific | R0531 |
| RNA提取 | AxyPrep总RNA小提试剂盒 | Axygen | AP-MN-MS-RNA-250 |
| cDNA合成 | HiScript II Q RT SuperMix反转录试剂盒 | Vazyme | R223-01 |
| qRT-PCR | ChamQ SYBR qPCR预混液 | Vazyme | Q341-02 |
| 蛋白提取 | RIPA裂解液 | Solarbio | R0020 |
| 蛋白磷酸酶抑制剂混合物 | Solarbio | P1260 | |
| 蛋白定量 | BCA蛋白定量试剂盒 | Vazyme | E112-02 |
| 蛋白变性 | SDS-PAGE上样缓冲液 | Solarbio | P1016 |
| 蛋白质印迹 | PVDF膜 | Millipore | ISEQ00010 |
| GAPDH抗体 | Proteintech | 60004-1-Ig | |
| β-actin抗体 | Proteintech | 66009-1-Ig | |
| SGPP2抗体 | Raybiotech | 102-23119 | |
| TFAP2A抗体 | Proteintech | 13019-3-AP | |
| PCNA抗体 | Proteintech | 10205-2-AP | |
| CyclinD1抗体 | Proteintech | 26939-1-AP | |
| CyclinB1抗体 | Proteintech | 55004-1-AP | |
| MMP9抗体 | Affinity | AF5228 | |
| E-cadherin抗体 | Proteintech | 20874-1-AP | |
| N-cadherin抗体 | Proteintech | 22018-1-AP | |
| Vimentin抗体 | Proteintech | 10366-1-AP | |
| β-catenin抗体 | Immunoway | PT0300R | |
| GSK3β抗体 | Immunoway | YM1273 | |
| p-GSK3β (Ser9)抗体 | Immunoway | PT0078R | |
| Histone H3抗体 | Proteintech | 17168-1-AP | |
| SREBP1抗体 | Proteintech | 14088-1-AP | |
| FASN抗体 | Immunoway | PT0554R | |
| SCD1抗体 | Immunoway | YN2991 | |
| SGPP1抗体 | Immunoway | YN4019 | |
| SKI1抗体 | Immunoway | YT4309 | |
| 山羊抗兔/小鼠IgG二抗 | Bioworld | BS13278/BS12478 | |
| 细胞增殖检测 | CCK-8试剂 | Bioss | BA00208 |
| 集落形成实验 | 结晶紫草酸铵溶液 | Solarbio | G1062 |
| EdU实验 | Cell-Light EdU Apollo488体外试剂盒 | RIBOBIO | C10310-3 |
| Transwell实验 | Transwell小室 | BD | 353097 |
| BD Matrigel基底膜基质胶 | Corning | 356234 | |
| 细胞周期检测 | 胰蛋白酶 | Solarbio | T1350 |
| 细胞周期检测试剂盒 | Dojindo | C543 | |
| 脂质染色 | 油红O染色试剂盒 | Solarbio | G1262 |
| 脂质荧光染色试剂盒 | Solarbio | G1264 | |
| 脂质检测 | Triton X-100 | Solarbio | 9002-93-1 |
| 总胆固醇检测试剂盒 | Njjcbio | A111-1-1 | |
| 甘油三酯检测试剂盒 | Njjcbio | A110-1-1 | |
| ELISA | S1P ELISA试剂盒 | Fine Test Biotech | EH2564 |
| ChIP实验 | ChIP-IT® Express酶法试剂盒 | Active Motif | 53009 |
| 双荧光素酶报告基因实验 | 双荧光素酶报告基因检测试剂盒 | Yeasen | 11402ES60 |
| 免疫共沉淀 | 蛋白A/G磁珠 | MCE | HY-K0202 |
| 抗GFP抗体 | Proteintech | 50430-2-AP/66002-1-Ig | |
| 抗HA抗体 | Proteintech | 51064-2-AP/66006-2-Ig | |
| 动物实验 | BALB/c裸鼠 | -- | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 临床样本分析 | 样本来源:135对石蜡包埋LUAD组织及6对新鲜组织;IHC评分标准及最佳截断值的确定。 阅读提示:见Methods中的“Clinical specimens”和“Immunohistochemistry”部分以及Figure 1 legend。 |
| 细胞培养和处理 | 细胞系来源(A549、H1299、PC9、BEAS-2B、293T);慢病毒载体构建(shSGPP2、SGPP2过表达、TFAP2A过表达);puromycin筛选浓度2 μg/mL;siRNA转染浓度和转染试剂用量。 阅读提示:见Methods中的“Cell culture and transfection”部分。 |
| 细胞增殖和周期实验 | CCK-8检测时间点(0、1、2、3天);EdU细胞密度(5.0×10^3 cells/well);集落形成细胞密度(1.5×10^3 cells/well)和培养时间(10-14天);细胞周期检测细胞密度(2.0×10^5 cells/well)。 阅读提示:见Methods中的“CCK-8 assay”、“EdU assay”、“Colony formation assay”、“Cell cycle assays”部分。 |
| 迁移和侵袭实验 | transwell细胞浓度(3.5×10^5 cells/mL);上室是否包被Matrigel;下室FBS浓度(20%);孵育时间(36-48h);划痕实验观察时间点(0和24h)。 阅读提示:见Methods中的“Transwell assay”和“Wound healing assay”部分。 |
| 脂质代谢检测 | TG和TC检测试剂盒(Njjcbio)及样品处理;油红O和尼罗红染色的具体流程;细胞裂解液中S1P ELISA检测(EH2564)。 阅读提示:见Methods中的“Lipid staining”和“Detection of intracellular triglyceride (TG) and total cholesterol (TC) levels”和“ELISA”部分。 |
| Wnt/β-catenin通路检测 | XAV939的浓度和处理时间(文中未明确);β-catenin核转位的检测方法(WB分离核浆)。 阅读提示:见Results中的“High SGPP2 expression activates the Wnt/β-catenin signaling pathway”及Figure 4 legend。 |
| 转录调控机制 | ChIP实验中酶切片段大小(200-1000bp);TFAP2A抗体(13019-3-AP);双荧光素酶实验使用pGL3载体,293T细胞,共转染oe-TFAP2A和SGPP2-WT/MUT。 阅读提示:见Methods中的“Chromatin immunoprecipitation (ChIP) assay”和“Dual-luciferase reporter assay”部分。 |
| 体内动物实验 | BALB/c裸鼠周龄(4周);细胞接种数量和方式(oe-NC或oe-SGPP2 PC9细胞皮下注射);肿瘤体积测量频率(每3天);终止标准(平均直径15mm)。 阅读提示:见Methods中的“Subcutaneous tumor xenograft model in nude mice”部分。 |