全基因组转座子筛选
鉴定调节肿瘤浸润T细胞的新型候选基因
使用Sleeping Beauty转座子系统在Brca1Co;WAP-Cre;SB;T2Onc3小鼠乳腺肿瘤中进行插入突变筛选,根据CD3+ T细胞浸润水平分为低和高组,比较候选驱动基因的插入频率。
DUSP22 dephosphorylates LGALS1 to enhance T cell-driven antitumor immunity
研究包含体外细胞实验(4T1、EMT6等)、体内小鼠模型(BALB/c等)、患者样本(90例乳腺癌组织芯片)及组学数据(bulk/scRNA-seq),并有功能验证(T细胞迁移、肿瘤生长)和机制验证(磷酸化位点突变)。
4T1小鼠乳腺癌细胞 EMT6小鼠乳腺癌细胞 BALB/c小鼠原位乳腺癌模型 90例人乳腺癌组织芯片
DUSP22在4T1和EMT6细胞中过表达 LGALS1 Ser8/Thr58位点磷酸化突变体 OTX008(LGALS1抑制剂)给药剂量5 mg/kg 抗PD-1抗体给药剂量0.2 mg/次 抗CD3抗体T细胞清除实验
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
鉴定调节肿瘤浸润T细胞的新型候选基因
使用Sleeping Beauty转座子系统在Brca1Co;WAP-Cre;SB;T2Onc3小鼠乳腺肿瘤中进行插入突变筛选,根据CD3+ T细胞浸润水平分为低和高组,比较候选驱动基因的插入频率。
验证DUSP22对肿瘤生长和T细胞依赖性
在4T1和EMT6细胞中过表达Dusp22,通过原位植入免疫缺陷和免疫健全小鼠观察肿瘤生长,并通过抗CD3抗体清除T细胞实验验证T细胞依赖性。
评估DUSP22过表达对CD8+ T细胞浸润和功能的影响
通过流式细胞术、IHC、bulk和scRNA-seq分析肿瘤中CD8+ T细胞比例及功能状态,并利用体外跨内皮迁移实验直接验证T细胞迁移能力。
验证DUSP22与LGALS1的物理相互作用及其对LGALS1表达的负调控
通过IP-LC/MS鉴定DUSP22相互作用蛋白,并用co-IP验证;通过western blot和ELISA检测LGALS1表达和分泌。
证明LGALS1在DUSP22介导的免疫调节中的关键作用
通过向DUSP22过表达细胞中添加重组LGALS1或用中和抗体和OTX008抑制LGALS1,检测T细胞迁移;通过共过表达LGALS1进行功能拯救实验。
确定DUSP22使LGALS1去磷酸化的关键位点
构建LGALS1磷酸化模拟突变体(S8D等),与DUSP22共转染检测蛋白稳定性,并通过T细胞迁移和体内实验确认功能相关位点。
探索LGALS1靶向与抗PD-1联合治疗的抗肿瘤效果
在4T1原位肿瘤模型中,单独或联合使用LGALS1抑制剂(OTX008)或抗体(anti-Gal1、anti-pGal1)与抗PD-1抗体,评估肿瘤生长和免疫细胞浸润。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 细胞培养 | DMEM培养基 | Gibco | -- |
| RPMI 1640培养基 | Gibco | -- | |
| 胎牛血清 | Gibco | -- | |
| 青霉素/链霉素 | -- | -- | |
| 质粒构建与转染 | 聚乙烯亚胺 | Polysciences | 23966 |
| 病毒包装 | Lenti-X 293T细胞 | Takara | #632180 |
| 细胞增殖检测 | Alamar Blue试剂 | Sigma | R7017 |
| 免疫组织化学 | 抗CD3E抗体 | Zenbio | R10037 |
| 抗CD4抗体 | Abcam | ab183685 | |
| 抗CD8a抗体 | Cell Signaling Technology | 98941S | |
| 抗裂解caspase 3抗体 | Proteintech | 25128-1-AP | |
| 抗GZMB抗体 | Cell Signaling Technology | 17215S | |
| HRP山羊抗兔IgG | Vector Laboratories | MP-7451-15 | |
| HRP山羊抗小鼠IgG | Vector Laboratories | MP-7452-15 | |
| 滨松数字切片扫描仪NanoZoomer S60 | Hamamatsu Photonics K.K. | -- | |
| 免疫组织化学分析 | Visiopharm整合系统 | Visiopharm A/S | -- |
| 多重免疫组织化学 | TSA七色试剂盒 | Absin Bioscience | abs50037-100T |
| 抗CD3抗体 | Abcam | ab135372 | |
| 抗CD8α抗体 | Cell Signaling Technology | 85336S | |
| 抗DUSP22抗体 | Novus Biologicals | NBP1-83078 | |
| 抗LGALS1抗体 | GenScript | -- | |
| 抗广谱细胞角蛋白抗体 | Abcam | ab7753 | |
| PhenoImager Fusion系统 | Akoya Biosciences | -- | |
| 多重免疫组织化学分析 | inForm V.3.0软件 | Akoya Biosciences | -- |
| ELISA | 小鼠Galectin-1 ELISA试剂盒 | Multi Science Biotech | EK2382 |
| 人Galectin-1 ELISA试剂盒 | Solarbio | SEKH-0526-48T | |
| 蛋白质印迹 | RIPA裂解缓冲液 | -- | -- |
| 蛋白酶和磷酸酶抑制剂 | Roche Diagnostics | 4693159001 | |
| BCA蛋白定量试剂盒 | Thermo Fisher Scientific | -- | |
| PVDF膜 | Millipore | -- | |
| 抗DUSP22抗体 | Invitrogen | PA5-118836 | |
| 抗LGALS1抗体 | Zenbio | R26784 | |
| 抗磷酸化苏氨酸抗体 | Cell Signaling Technology | 9386 | |
| 抗磷酸化酪氨酸抗体 | Cell Signaling Technology | 9411 | |
| 抗磷酸化丝氨酸抗体 | Elabscience | E0AB-21334 | |
| 抗HA标签抗体 | AlpaLifeBio | KMTSM1315 | |
| 抗Flag标签抗体 | AlpaLifeBio | KMTSM1318 | |
| 抗α-微管蛋白抗体 | Proteintech | 11224-1-AP | |
| 抗β-肌动蛋白抗体 | Sigma | A5316 | |
| HRP山羊抗兔二抗 | Cell Signaling Technology | 7074 | |
| HRP山羊抗小鼠二抗 | Cell Signaling Technology | 7076 | |
| 免疫共沉淀 | 抗HA磁珠 | MCE | HY-K0201A |
| 抗Flag磁珠 | Sigma | M8823 | |
| 质谱 | LTQ线性离子阱质谱仪 | Thermo Finnigan | -- |
| RT-qPCR | TRIzol试剂 | Thermo | -- |
| Qiagen一步法RT-PCR试剂盒 | Qiagen | -- | |
| FastStart SYBR Green预混液 | Roche | -- | |
| T细胞分离 | EasySep小鼠CD8+ T细胞分离试剂盒 | STEMCELL | 19853 |
| EasySep人CD8+ T细胞分离试剂盒 | STEMCELL | 17953 | |
| T细胞激活 | 抗小鼠CD3抗体 | Invitrogen | 16-0032-85 |
| 抗小鼠CD28抗体 | Invitrogen | 16-0281-85 | |
| 重组小鼠白细胞介素-2 | Novoprotein | CK24 | |
| 抗人CD3抗体 | BioLegend | 317302 | |
| 抗人CD28抗体 | BioLegend | 302902 | |
| 重组人白细胞介素-2 | Novoprotein | C013 | |
| 流式细胞术 | Cytofix/Cytoperm试剂盒 | BioLegend | 426803 |
| 含布雷菲德菌素A的PMA/离子霉素混合物 | BioLegend | 423303 | |
| CD45-PerCP抗体 | BioLegend | 103130 | |
| CD3-APC抗体 | BioLegend | 100236 | |
| CD3-BV510抗体 | BioLegend | 100234 | |
| CD4-Alexa Fluor 700抗体 | BioLegend | 100430 | |
| CD8a-PE-Cyanine7抗体 | BioLegend | 100722 | |
| CD8a-BV605抗体 | BioLegend | 100744 | |
| GZMB-PE抗体 | BioLegend | 372208 | |
| Ki67-PE抗体 | BioLegend | 350504 | |
| IFN-γ-PE抗体 | BioLegend | 505808 | |
| 可固定活力染料A780 | Invitrogen | 65-0865-14 | |
| 单细胞RNA测序 | Chromium Next GEM单细胞3'试剂盒V.3.1 | 10x Genomics | -- |
| Illumina NextSeq测序仪 | Illumina | -- | |
| 体内治疗 | OTX008 | MCE | HY-19756 |
| 抗小鼠PD-1抗体 | Bio X Cell | BE0273 | |
| 同型对照 | Bio X Cell | BE0089 | |
| 抗LGALS1抗体 | GenScript | -- | |
| 抗磷酸化LGALS1抗体(T58) | GenScript | -- | |
| 体内T细胞清除 | Ultra-LEAF纯化的抗小鼠CD3ε抗体 | BioLegend | 100340 |
| Ultra-LEAF纯化的叙利亚仓鼠IgG同型对照 | BioLegend | 400940 | |
| 细胞培养 | HEK293T细胞系 | ATCC | CRL-3216 |
| MDA-MB-231细胞系 | ATCC | HTB-26 | |
| HUVEC细胞系 | ATCC | CRL-1730 | |
| SVEC4-10细胞系 | ATCC | CRL-2181 | |
| 4T1细胞系 | ATCC | CRL-2539 | |
| EMT6细胞系 | ATCC | CRL-2755 | |
| HCC1143细胞系 | ATCC | CRL-2321 | |
| AT-3细胞系 | Cellverse | iCell-m107 |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 原位肿瘤模型建立 | 细胞系(4T1/EMT6/AT-3)、细胞接种数量(5,000或1x10^6等)、注射体积、小鼠品系和性别 阅读提示:Methods - Animal models |
| DUSP22过表达验证 | Dusp22过表达质粒、转染或感染效率、筛选抗体 阅读提示:Methods - Plasmid construction, transfection and infection |
| T细胞迁移实验 | 内皮细胞类型、肿瘤细胞数量、T细胞激活条件(CD3/CD28浓度、IL-2)、迁移时间 阅读提示:Methods - T-cell transendothelial migration assay |
| LGALS1功能实验 | 重组LGALS1浓度、中和抗体浓度、处理时间 阅读提示:Methods - T-cell transendothelial migration assay |
| 体内药物处理 | OTX008剂量、给药频率、抗PD-1剂量、给药途径 阅读提示:Methods - In vivo treatments |
| T细胞清除实验 | 抗CD3抗体剂量、给药时间点 阅读提示:Methods - In vivo treatments |
| 流式分析 | 抗体克隆号、染色步骤、刺激条件 阅读提示:Methods - Flow cytometry |