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问
请问在大队列蛋白质组学实验中,上样顺序是否影响样本搜库结果?在前处理,数据搜库,分析过程中如何控制批次差异?
huarenqiang5
前处理建议使用全自动蛋白组学样本前处理平台进行。此平台可兼容多种蛋白酶解方法,如溶液内酶解,基于过滤板的FASP(Filter aided sample preparation)方式,柱上酶切,基于磁珠的样本前处理等。 Resolvex A200正压模块可实现基于Filter Plate的FASP酶切流程可实现基于SPE(Solid phase extraction)96孔板的高通量肽段脱
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问
HPLC检测样品中含量少的成分使用什么方法?
huarenqiang5
在采用HPLC法进行含量测定时,可以采用内加法或外加法进行定量。内加法是指在样品中添加一定量的定量物质(称为内标物),然后通过测定样品和内标物的相对含量来确定样品中待测物质的含量。外加法是指在样品外添加一定量的定量物质(称为外标物),然后通过测定样品和外标物的相对含量来确定样品中待测物质的含量。
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问
重组的plenti载体可以在大肠杆菌内表达吗?
huarenqiang5
可以。重组的plenti载体可以在大肠杆菌内表达。
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问
小鼠血浆炎症因子组内平行性不好
huarenqiang5
建议取样时尽量先取到一个容器,混匀再均分到平行样,这样避免上下层SS不同带来的误差。分光光度要求消解后的样品要均匀透明不含杂质,你可以将消解样稀释后,取上清液比色测定。
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问
小鼠被根神经节(DRG)取材后提取蛋白做WB,大概个数和质量,以及RIPA裂解比例多少比较合适呢?
huarenqiang5
做wb一般需要1个小鼠被根神经节。加入RIPA裂解液12孔板100ul/孔,6孔板200ul/孔。
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问
表面等离子共振技术估价是多少?
huarenqiang5
这个价格不一,每个品牌不一样价格也不一样,有几万的有更贵的,建议联系相关公司咨询。
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问
现在大多数期刊要求整膜,但跑整膜效率太低,有什么方法可以提高效率吗?
土井挞克树
浸泡PVDF膜5-10分钟,或者增加转膜时间,一定要注意散热,这很关键,冰融化了要及时更换。
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问
如果多个蛋白分子量很接近,切胶做质谱鉴定,可以鉴定出多个蛋白吗?
高山云初
这个要根据蛋白上样量以及胶的浓度而定吧。你可以把上样量调低一些,使这几种种蛋白不出现聚团的情况。
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问
跑第一向时,为什么刚开始的电压比较低,而后逐渐增高?为什么电压总达不到预定值?为什么在两个电极丝附近有气泡产生?
huarenqiang5
电极丝有气泡考虑以下几点原因:1、电极材料质量问题:电极材料的质量不好、杂质较多或者未经过充分处理等情况,会导致电极表面不光洁或存在微小裂纹,从而影响电极的性能。2、电极制作工艺不当:电极的制作过程中,若操作不当、温度控制不准确等,也会导致电极表面出现气泡、开裂等问题。3、电极使用环境问题:电极在使用过程中若受到一些外力作用,例如振动、冲击等,也会导致电极表面的开裂和损坏。
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问
不同的数据处理软件对于不同质谱仪器产生的数据是否有偏好性?哪些搭配比较好?如果选择更合适的数据库进行搜库?
huarenqiang5
是的,不同的数据处理软件对于不同质谱仪器产生的数据存在一定的差异。
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问
经 WB 检测,未检测到的蛋白,质谱可以检测到吗?
晓雨知春来
WB未检测到的蛋白有些是由于蛋白本身表达量低,抗体难以识别到,也有些是于抗体本身效价低等原因。对于质谱而言,其识别目标蛋白的原理与抗体不同,其可以检测到低丰度的蛋白,但是低丰度的蛋白信号容易被高丰度蛋白掩盖掉,可能需要通过富集或者分流分等前处理方法提高目标蛋白的相对丰度,再进行质谱检测。另外,WB未检测到的蛋白不一定是因为丰度低的原因,也可能是因为抗体效价低、样本中蛋白提取不充分或存在杂带掩盖等原
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问
Wb转膜电压最佳是多少?
晓雨知春来
恒压最佳电压是90V-110V,控制电流不要超过300ma。
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问
做质谱时如何避免样品污染?
晓雨知春来
1. 液质系统使用洁净度和无颗粒物杂质的LC-MS级试剂。试剂应当是在生产是采用0.2 μm进行预过滤的,但是不要在使用前再次过滤,这样会引入新的污染。2. 使用超纯水纯水系统的输出管路如果超过24小时没有水流动,需要打开冲洗20min,以排除微生物增殖。3. 注意添加试剂的使用量• 为了降低背景,使用最少量的、高质量流动相添加试剂(例如,添加0.1
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问
质谱鉴定打出的蛋白非常多是什么原因?
高山云初
蛋白有很大可能性是做实验时不小心混入的污染蛋白,一般搜库之后都会将这些污染蛋白去除的。
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问
组织脱水包埋80%脱水时间长了会对实验有很大影响吗
huarenqiang5
组织脱水包埋80%脱水时间长了会导致组织弹性明显降低而对实验结果有很大影响,建议重新做比较好。
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问
纯肽与钙螯合时,加了9倍的无水乙醇但是没有螯合物沉淀下来是什么原因呢
huarenqiang5
建议将100mg肽超滤组分溶解于5ml去离子水中,在50℃、ph8.0的条件下,置于恒温加热磁力搅拌器中,然后加入100mg的无水氯化钙并用保鲜膜封口,在恒温震荡条件下搅拌1h;反应完成后加入9倍体积的无水乙醇静止3h。
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问
请问在做qPCR探针法加样的时候,为了防止探针的分解,是不是加样不能太久?
huarenqiang5
是的,防止探针的分解,建议加样时间不能太久。
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问
细胞数2万离心后看不到细胞,有什么办法?需要离心后加入其他液体…
晓雨知春来
有可能是转速太高,细胞破碎死亡了。
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问
反转录体系中加入几微升pbs会有什么影响?
晓雨知春来
在反转录体系中加入几微升pbs一般不会有太大的影响。?
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问
组学关于组学lasso降维,以及预处理方法如何选择
晓雨知春来
组学lasso降维对于高维数据,特别是组学数据,非常有用,它可以帮助我们筛选出与目标变量最相关的特征,并去除噪声。常用的预处理方法有有数据标准化、缺失值处理、数据变换、批次效应校正、数据平滑等。可以根据不同的需要进行选择。
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