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        ChIP实验研究转录因子,调控因子结合的DNA和组蛋白结合的NDA操作上最大的区别是什么?

        相关实验:染色质免疫沉淀

        user-title

        dxywode

        ChIP实验研究转录因子,调控因子结合的DNA和组蛋白结合的NDA操作上最大的区别是什么?

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        2 个回答

        user-title

        whilt-shirt

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        实际操作上就是转录因子的必须要用甲醛固定,组蛋白看情况,在组蛋白表达的多的情况下可以不使用甲醛进行固定。其余过程就是解交联的时间,组蛋白要适当的增加解交联的时间。

        将ChIP与第二代测序技术相结合的ChIP-Seq技术,能够高效地在全基因组范围内检测与组蛋白、转录因子等互作的DNA区段。ChIP-Seq的原理是:首先通过染色质免疫共沉淀技术(ChIP)特异性地富集目的蛋白结合的DNA片段,并对其进行纯化与文库构建;然后对富集得到的DNA片段进行高通量测序。研究人员通过将获得的数百万条序列标签精确定位到基因组上,从而获得全基因组范围内与组蛋白、转录因子等互作的DNA区段信息。

        user-title

        bqejjh123

        有帮助

        ChIP实验中由于组蛋白在染色质中表达相对较高,表达也较稳定,转录调控因子表达水平很低,往往是瞬时表达。所以组蛋白研究起来更为容易,一般需要105-106个细胞即可完成一个ChIP反应。研究起始样本量(细胞,组织)要是组蛋白的10倍,一般每个反应至少需要107个细胞。另外有些转录因子比较大,往往结合多个核小体,因此在染色质断裂的时候,不太适合使用酶法的处理方式,建议使用超声断裂染色质的方法。因为酶法是化学处理,消化的位点往往比较均一,多是在核小体的连接处,酶消化有可能将核小体断裂的同时打断转录因子与DNA的结合。

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