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        【求助】如何找到转录因子的上游调控因子

        丁香园论坛

        17483
        各位战友前辈,
        最近在研究一转录因子在细胞分化中的作用。
        想把课题在深化一下,想查找一下该转录因子的上游。请问应使用什么样的试验方法,有没有相关的参考文献。
        不胜感激。
        同样的问题,希望有人赐教
        我也是一个初学者,不知我的想法对不对,供参考。先通过shRNA干扰找到转录因子基因的表达调控因子,再通过CHIP来寻找表达调控因子的基因。
        你这是要往上游推,
        首先通过UCSC或NCBI找到目的基因(你那转录因子的基因)的启动子区,然后用一些预测工具(如TFSearch)初步预测一下该基因的启动子区可能会结合那些转录因子(即你那转录因子基因的上游转录因子)。选择你认为你感兴趣的上游转录因子,先去PUBMED上看看目前的研究进展。
        如果要实验验证,就先knockdown这个上游转录因子,然后检测你那个基因(就你那个转录因子的基因)的表达,如果它的表达也发生了变化,说明二者具有调控关系,但不一定是上下游基因的关系,有可能是间接调控。
        如果要证明直接的上下游基因,那么用ChIP看二者有没有直接的结合;还要通过荧光素酶实验,验证转录调控作用。
        liangxiaolei wrote:
        你这是要往上游推,
        首先通过UCSC或NCBI找到目的基因(你那转录因子的基因)的启动子区,然后用一些预测工具(如TFSearch)初步预测一下该基因的启动子区可能会结合那些转录因子(即你那转录因子基因的上游转录因子)。选择你认为你感兴趣的上游转录因子,先去PUBMED上看看目前的研究进展。
        如果要实验验证,就先knockdown这个上游转录因子,然后检测你那个基因(就你那个转录因子的基因)的表达,如果它的表达也发生了变化,说明二者具有调控关系,但不一定是上下游基因的关系,有可能是间接调控。
        如果要证明直接的上下游基因,那么用ChIP看二者有没有直接的结合;还要通过荧光素酶实验,验证转录调控作用。

        注:先knockdown这个或这些转录因子。因为你感兴趣的上游转录因子可能有好几个(广撒网嘛)
        谢谢楼上的战友,你的建议对我帮助很大。
        不错 只是自己还不太理解

        本文由丁香园论坛提供,想了解更多有用的、有意思的前沿资讯以及酷炫的实验方法的你,都可以成为师兄的好伙伴

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