新手重组质粒单酶切多条带，求求大神们帮忙解答，感谢感谢

根据你提供的信息，可能有几种原因导致PCR扩增产物的带状图谱和酶切结果不完全匹配，具体如下：

PCR扩增产物的带状图谱中的条带可能来自多个目的基因的不同片段，或者有一些非特异性扩增产物，这可能是PCR反应条件优化不当导致的。可以尝试进行PCR条件优化，如改变退火温度、延长延伸时间、调整引物浓度等，以提高PCR产物的特异性和纯度。

酶切反应中，如果消化时间、酶的浓度和活性不足，可能导致目的基因未被完全消化或出现部分消化的产物。你可以尝试增加酶的浓度或者延长酶切时间，以确保完全消化。

双酶切可能存在酶切位点相互影响导致不同的酶切结果。在进行双酶切之前，需要仔细检查两个酶的酶切位点，以确保它们不会相互影响。如果有影响，可以考虑使用单酶切或者其他酶进行消化。

最后，如果测序结果证明PCR产物是正确的，那么PCR扩增产物的带状图谱和酶切结果不完全匹配的可能性也可以是减少PCR产物的带状图谱，提高PCR产物的纯度，或者重新进行酶切反应，以确保完全消化目的基因。

没看到你的图，但是感觉是你的酶切过度了尤其是EcoRI有星号活性的，如果测序正确，可以用的。

考虑酶切不是特异性的切割酶，或者存在重复序列。