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        叶绿体基因组分析流程是什么?

        相关实验:分子生物学实验

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        致远8AS8

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        2 个回答

        user-title

        土井挞克树

        有帮助

        叶绿体基因组分析流程可参考下表

        图片描述

        user-title

        huarenqiang5

        有帮助

        可以参考一下这篇文献《一种简便、高效且通用的植物叶绿体基因组测序方法与流程》。

        1、浅层基因组数据评估及过滤

        2、叶绿体基因组组装及组装后的校正

        3、 叶绿体基因组注释及上传

        4、 叶绿体基因组比较分析

        1. 各分区边界比较(IRScope)

        2. 叶绿体基因组全局比较(mVISTA)及线性区块比较(Mauve)

        3. 查找高变区(DnaSP v.5)

        4. 重复序列鉴定包括SSR及散在重复序列(Tandem Repeat Finder、REPuter)

        5、基于基因组构建系统树

        1. 叶绿体基因组CDS提取(Phylosuite)

        2. 最大似然树(Iqtree)、贝叶斯树(Mrbayes)构建

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