蛋白表达

前辈们好，我是一名普通本科学生。前不久导师颁发了一个任务，希望我能够在NCBI中找到防御素的目的基因。我找遍了防御素的目的基因，发现均为mRNA。我以为应该可以利用RT-PCR得到cDNA，但我的师姐说NCBI中提供了cDNA。（也就是说我的导师应该是希望能够直接找到cDNA，然后送去公司合成）

后来，我发现这些mRNA里边的U均为T，这是不是意味着其实NCBI种给出的mRNA就是我所寻找的cDNA（相同的那条链）?是不是就可以直接用这个mRNA了?于是我对比了部分文献中的序列和NCBI中序列的异同。我发现NCBI中的序列都比文献中长（即便是只用CDS序列）。后来我发现文献中提到密码子的优化，但是从某些文献上我得知优化实际上只改变其中几个碱基，整体并无大变化。所以我不知道为什么文献中的序列短于NCBI中的序列。但因为文献发布时间过早，在文献发布后的这几年NCBI上的数据有了一些变化。导致在对比文献上的序列和NCBI上的序列时，总是不同。

所以，为了让前辈们能够更明白我的疑惑。我将问题单独列出:

①NCBI中的mRNA是否就是cDNA的其中一条链?

②为什么文献中的基因序列比NCBI的基因序列短那么多?

③设计引物的时候是利用NCBI中mRNA内的CDS序列吗？

以上便是我的疑惑，再次感谢各位前辈不吝赐教了