免疫共沉淀实验可以确定蛋白之间的结合是直接还是间接的吗？

显示不了，共沉淀里不光两种蛋白，多种蛋白的共同作用，显示不出来

不可以的，GST pull down实验才能明确直接还是间接。免疫共沉淀主要是通过目的蛋白抗体共沉淀下来的是一个蛋白复合物，而不仅仅是和目的蛋白直接相互作用的蛋白。而GST-Pull down实验可以通过体外实验条件，去除其它蛋白的影响，从而确定目的蛋白和待检测蛋白是否可以发生直接相互作用。

免疫共沉淀并不能显示蛋白质之间的相互作用是直接还是间接的，因为通过目的蛋白抗体共沉淀下来的是一个蛋白复合物，而不仅仅是和目的蛋白直接相互作用的蛋白。