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IB条带模糊/无条带的原因?

相关实验:免疫共沉淀(Co-IP)

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丁香实验

检测A和B的相互作用,A的分子量大概为200kd,B的分子量大概20kd,6cm的皿细胞长满后收集,加150ul的裂解液,裂解、离心、取上清,其中50ul做Input组,加入loading buffer。剩下100ul做IP组,按照1:100的浓度加入A抗体,4度摩天轮过夜,第二天加入20ul-25ul Protein A+G珠子,4度摩天轮3小时,然后2000转 4度,5分钟离心,用PBS洗5次 ,吸取上清弃掉,后加50ul 1X的loading buffer(含少量DTT和巯基乙醇),100度5分钟加热,而后用于WB电泳。切胶转膜, 用0.45um的PVDF膜, 10%甲醇的转膜液,300mA恒流90分钟, 5%的牛奶封闭1h,而后1:1000的A抗体和1:1000的B抗体敷育过夜,第二天 TBST洗3次,每次10分钟,而后1:5000的兔抗/鼠抗 常温敷育1小时, TBST洗3次,每次10分钟,曝光。结果是Input 和IP A都有很清楚的条带,IB B条带就非常模糊甚至没有。什么原因?

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IP:A IB:A

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IP:A IB:B

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17 个回答

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lzy必有我师

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:1.确定B的抗体是否适合做IP。 2.确定样本中B的含量是否太低。3.还有就是AB之间不存在互作。
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隔壁家的小夜猫子

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鉴于你input条带挺清楚的,你这个应该就是没互作,或者是很弱
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红格子一号

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可能时间不够,建议分泳道曝光,或者,抗体加错了
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一支肾上腺素

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如果是这样大部分情况是抗体加错了。如果中间出现了细微的条带,可能原因是蛋白上样量太少,一抗浓度过低,ECL发光液失效。另外如果转膜出现了问题,
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医往情深丁香园

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转膜时间太短导致目标蛋白没有充分转移到膜上,或者转膜时间太长导致样品转穿。
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ZZDX-YILILI

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根据你的描述实验过程基本没有问题,并且input和IP A条带看着是没问题的,B没有显示出来原因可能是以下几点:1.确定B的抗体是否适合做IP。 2.确定样本中B的含量是否太低。3.还有就是AB之间不存在互作。
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dxy_h7vcp8v3

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B蛋白没有条带,考虑B蛋白相教于A蛋白的分子量小了10倍,同一块胶上跑胶的话,检查是否B蛋白跑出蛋白胶条。因此转膜没有蛋白条带。其次,B蛋白可能未与磁珠结合,没有相互作用,因此B蛋白WB没有条带。最后,检查A B蛋白转膜过程中的差异地方,排除是因为转膜过程试剂的原因,例如检查B蛋白抗体是否正常。
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dxy_bq4uxnd

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是已经确认一定会有相互作用的蛋白吗?如果不是已经确认一定会有相互作用的蛋白质,那么IP B没有条带也是很正常的事情吧,没有相互作用怎么可能有条带。如果确认一定会有相互作用,那么把A B两个泳道剪开,分开显影,可能是蛋白丰度不同,导致所需曝光时间不同,A蛋白表达量太多,影响了B的显影。
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jey1235

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这个问题非常典型。你的实验操作基本没有问题甚至可以说比较规范。IB 抗体的问题不存在,WB问题基本不存在。 但是忽略了一个细节,我个人经验是2个分子量相差这么大的分子去检测互作,假设在有互作的情况下一般是用小蛋白去做bait,效果会明显好于大蛋白去做bait。一个主要原因是大分子通常结构复杂存在较大空间位阻,小分子就不一样了。
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dxy_pni5ki46

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我觉得可以做个IP:B,然后IB看一下AB的情况,如果只有B没有A可能没有相互作用。如果都有条带那这次的实验可能与表达量有关,也可能蛋白转过了,换0.22um膜试试或者换个转膜条件
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dxy_4uyyu09r

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实验条件没有问题,ip基本流程都是这些,,但你这个结果明显曝光过度了,还有不少杂带,建议重新优化一下实验用的曝光和抗体浓度再找原因,另外这两个蛋白确定能相互作用吗?
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飞天幻雪

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首先有可能这两个蛋白就没有相互作用,之前的结果是假阳性的,需要再仔细设计实验比如免疫荧光染色或者流式等确认一下。其次也有可能是这两个蛋白的结合位点影响了后续抗体的识别位点,所以看不到有条带,其次也有可能是表达量的问题。
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Guoood

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两个目的条带分子量相差较大,有时跑胶很难兼顾到两者,小条带比较难转成功。如果两个条带都想要,建议使用4-12%梯度胶,可以比较好的兼顾两者。
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z流沙z

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input的B怎么样?如果不行的话,抗体不太好或者蛋白表达量低。而且IP后的蛋白肯定是会比较少了,由于富集IP的A,IB的B,B的条带肯定弱,可以用10cm做,另外input取20%够了,尽量把蛋白拿去IP
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verbalkint

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说明a和b的相互作用很弱,很难在ip几次洗的过程中保存下来,解决这个问题要么提高用于ip的蛋白总量,要么不要做ip,做pla或者confocal
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vae1476

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6cm细胞有点太少了,建议加大样本量,至少两个吧,本来结合如果不是特别强的,是检测不到的
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bamboopiggy

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可能你b的抗体不合适,需要更换wb的抗体,有些抗体适合做ip,不适合wb
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