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科研学霸天团,48小时有问必答
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磷酸化和总蛋白变化趋势一致
土井挞克树
老外的文章,总蛋白和磷酸化蛋白一般都会做WB。对结果的解读,以下意见,供参考:(1)内参一致,总蛋白不变,磷酸化蛋白表达升高或者降低:说明经过某种处理(外部操作,抑制剂,上游蛋白基因敲除或者siRNA等)后,对该蛋白(及其代表的信号通路)的活性产生影响(促进或抑制);(2)内参一致,总蛋白升高或者降低:说明经过实验组的处理方法能够诱导总蛋白的表达或者降解。至于磷酸化活性的变化,和总蛋白的表达高低有
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问
WB核蛋白和胞浆蛋白可以分开跑吗还是必须在一块胶上面跑哇
土井挞克树
可以分开跑,W B实验相对来说操作自由度高。
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问
WB上样量从18-60ug内参都非常浅(中性粒细胞)?
bamboopiggy
感觉还是你中性粒细胞裂解不够的问题,你增大一下裂解液的体积看看,尽量减少沉淀,然后再做wb
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问
WB转膜结束后25kd以下的地方总出现粉红色染料印记,请问是怎么回事?另外如何提高心脏组织蛋白提取质量?
土井挞克树
有可能是抗体交叉反应,说明抗体纯化不足。
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问
请问血红蛋白是怎么合成的,它的前体是没有信号肽吗?
Dr_劉医生
血红蛋白是在人体红细胞内,由珠蛋白和血红素合成的。珠蛋白含有四条肽链,血红素是由铁元素和卟啉组成。前体蛋白是存在信号肽的。
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问
询问科研大佬
土井挞克树
那么说明调控这种蛋白的不光是单一通路。
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问
巨噬细胞提取,提出未知细胞
junyong151
看图片应该是巨噬细胞,只不过是细胞产量低而已,应该要对操作过程进行优化。胶原酶消化脂肪组织时,碎组织大小、摇动强度和孵育时间是关键参数,应对其进行优化,以最大限度地提高从脂肪提取巨噬细胞的产量。通过尽可能切碎组织、在消化过程中频繁手动摇动增加接触面积,往往可增加巨噬细胞产量。胶原酶的消化时间应根据每批胶原酶分别进行优化。增加胶原酶缓冲液中的孵育时间,尤其是超过1小时,会显著降低细胞产量并增加细胞死
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问
SDS电泳上蛋白条带可以通过扫描确定大概的表达量吗
juyue2010
细胞的总蛋白量相对固定,选择合适的内参蛋白,与它做对比,使用imageJ灰度值分析,能知道相对表达量。
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问
lasso回归求助
汤姆卜丽波
我知道线性回归是属于机械学习里面的监督学习
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问
HPA应该怎么用?
NatureBios
HPA可以作为参考,因为它的结果对应单独的抗体结果,每个抗体做出来的结果有时会有差异,他有一定的参考价值,其中17年有篇文献使用多家抗体同一个指标做敲除验证,结果只有一家抗体可以完成实验,对于实验结果的准确性,我们或可以使用多家抗体相互验证或设置敲除过表达或刺激验证,增加实验结果的可信度
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问
切胶蛋白回收
bamboopiggy
看你切胶回收的目的是什么了,如果只是拿到变性的蛋白,没问题,但是如果要有活性的,就不能切胶回收
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问
western blot转膜marker模糊
balalaLy
转膜的时候夹得太松了,可以加多一两张滤纸
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问
wb统计学分析
土井挞克树
普通统计学同样适用于wb实验,组间就t检验就可以做
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问
Western blot结果求助
balalaLy
封闭不充分或者抗体浓度高,抗体使用次数多,反复冻融等原因都可以导致这种结果
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问
求助:WB条带背景太黑 是什么原因呀
balalaLy
marker转膜成功说明前面的步骤应该都没有问题,唯一不能确定的是你的蛋白有没有提取成功。另外,抗体4度保存一个月肯定不行了吧。你的实验从配胶的试剂到抗体都是有各种不确定性,作为新手菜鸟,这么操作你可能要走完所有的坑你才能做出比较漂亮的结果哦。建议你先借别人的可以用的蛋白和抗体跑一下。
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问
WB的样品蛋白浓度过低怎么办?
bamboopiggy
只能换大孔胶,但是你可以设一个每块胶上都有的标准品,然后读值的时候,都和这个标准品进行比较
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问
基因组电泳图
灵枢天问
这个绝对不正常啊,条带拖尾严重而且界限不清,样品纯度不行
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问
narodrop测蛋白浓度?
bamboopiggy
nanodrop有测蛋白浓度的模块啊,你只要能做一个标准曲线,然后同一波试剂,你就只要测浓度,然后对应标准曲线就可以。
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问
RIP实验跑qpcr 的结果应如何分析?文献都是写%Input ,内参要如何参与计算?
土井挞克树
这个可以先换对数,后取百分比。
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问
请问采用荧光酶标仪检测ROS,DCFH-DA探针的,结果显示的是1.0e5或者2.1e6这样的结果怎么处理?
土井挞克树
你这种情况最好做个对数转换,方便后续处理。
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