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AMV在高反应温度时可消除mRNA的二级结构对逆转录的阻碍
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若要获取全长RNA的反转录,那么RNA二级结构的问题就不可忽略,因为反转录酶在遇到此类结构后会终止反应或从模板上脱落下来。
也许你很难判断RNA是否具有二级结构,但如果基因中GC含量较高,通常意味着RNA很难被变性且不可能是单链,此时就需要在65℃ 5min对其进行充分变性,以避免其对实验结果的影响。
另外,还有一种方法可解决此问题,即使用一种最适温度高于正常标准(37℃-42℃)的逆转录酶。比如来自Life Technologies的Themoscript酶就常用于具有复杂结构RNA的逆转录。当然也存在一些即使在常规逆转录温度(37℃-42℃)的条件下,也能跨过RNA二级结构的高效率逆转录酶,即使是针对富集GC序列的RNA也能得到很好的结果。
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在进行反转录的过程中,当引物延伸到有二级结构的地方,反应就会被迫终止,影响cDNA的合成长度。此时可建议先将模板进行65℃孵育5min然后迅速冰上冷却使二级结构变性;同时可通过在较高的温度下(如55℃)反应以降低RNA二级结构的形成。
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