我是同时摇菌摇了大约14—15个小时，marker是2000bp，为什么四个样（四个样是不同质粒的菌液）在我目的片段有深有浅？

深浅不同可能是你的样品初始含量不同，建议统一一下

上样量调整一下，考虑是上样量差异太大导致的

可能有几个原因导致这种现象：

1. 质粒浓度不同：不同质粒的菌液中质粒的浓度可能不同。质粒是圆形的DNA分子，大小可以根据其构建方式和插入物的大小而有所变化。如果某个质粒中的目的片段浓度较高，它会显示为较深的带，而浓度较低的质粒可能显示为较浅的带。

2. 质粒大小不同：不同质粒的大小也可能不同。如果某个质粒较大，其中的目的片段就会在凝胶上显示为较浅的带，而较小的质粒可能会显示为较深的带。

3. 质粒构建不完整：有时质粒构建的过程可能不完全，导致一些质粒只具有部分插入物或没有插入物。这可能导致一些样品中的目的片段显示为较浅的带或根本没有显示。

4. DNA浓度不均匀：在加载DNA样品到凝胶上时，如果样品的DNA浓度不均匀，可能导致某些区域的DNA带较浓，而其他区域的DNA带较淡。

为了更准确地确定原因，建议进行进一步的实验和分析，例如测量样品的DNA浓度，确认质粒的大小和构建完整性，并考虑质粒类型和插入物的特点。

因为摇菌摇了很长时间，那个菌液里面除了菌还有其他杂质，测序鉴定一下。