引物设计求助！！！
yuQZPB
要克的是外显子，利用primer5设计出的引物，再到NCBI上blast。但是，blast结果没有目的基因，而且特异性也不好。想请教一下前辈，这种情况应该怎么办呀😭😭😭
4 个回答
xijun_song
有帮助
什么基因？可以帮设计引物，欢迎交流。
土井挞克树
有帮助
重新设计引物，把外显子的部分也包含进去。
yuQZPB
外显子包括进去了，我是在ncbi上选取一个外显子及前后200bp的序列，然后设置上游引物在前200个bp，下游引物在后200个bp，为了包括住整个外显子。这样的操作有问题吗？
loveliufudan
有帮助
如果BLAST结果没有找到目标基因，可能是引物设计有问题，例如长度不够，特异性不足，或者目标基因的数据库没有完整的信息。对于这种情况，可以试着重新设计引物，或者使用更多的数据库搜索。同时，可以检查设备和实验方法是否正确，确保所用的样本符合要求。
bamboopiggy
有帮助
可以先试一下，如果你要克隆全长，primer5设计出来的可以用，你blast可能是哪个参数没有设计好，才会blast不出来
yuQZPB
之前克全长成功了，克出来了。现在克隆外显子不知道怎么回事就是不行，也是用的primer5。我是在ncbi上选取一个外显子及前后200bp的序列，然后设置上游引物在前200个bp，下游引物在后200个bp，为了包括住整个外显子。这样的操作有问题吗？
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