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        【求助】关于miRNA的引物设计5P臂3p臂的选择

        丁香园论坛

        6820
        请教大家,如果想检测某种miRNA的表达,而miRNA本身有5p和3P两种成熟体,那我设计引物是需要针对两种成熟体都设计么?还是任意一个都可以呢?谢谢!!
        现在我也有同样的困惑,不知您最后是怎么确定的???谢谢
        自己设计有点难度,很容易就把pre-miRNA检测出来了,建议你购买一些公司里设计好的引物那样比较好操作结果可信些!他们的引物是分3p和5p的。
        但是3p和5p选择哪一个怎么决定?
        jmj_011 wrote:
        但是3p和5p选择哪一个怎么决定?

        个人觉得严谨的应该都检测下,只监测一个的话就测占主要地位的,看数据库中是否有对于两臂的标注,如果标注为3undefined,和5p,说明5p占主要,就检测5p
        一般来说 都有1个站主导地位的,在miRBase中有显示,特别是测序结果中显示 那条比较多,多的就常见的哦miRNA

        295546 wrote:
        一般来说 都有1个站主导地位的,在miRBase中有显示,特别是测序结果中显示 那条比较多,多的就常见的哦miRNA
        是的。 不过 最近这个网址http://www.sirna.cn/sitecn/technical/483.html 我一直都上不去,不知道怎么么回事
        前辈,您最后是选的哪种?我也存在同样的困惑怎么选的
        cunkaiw wrote:
        前辈,您最后是选的哪种?我也存在同样的困惑怎么选的

        参考文献结合数据库信息,一般还是挑占主体地位的吧
        请问大侠怎么知道哪个占主体地位,二者均文献中出现过
        @唐小呆
        看数据库中是否有对于两臂的标注,如果标注为3undefined,和5p,说明5p占主要,就检测5p
        @86964109 谢谢,我的miRNA 3P 5P没有标注,是不是要都做呢
        @唐小呆 可以看下这个 http://www.dxy.cn/bbs/topic/27218810?keywords=mirna%20区分

        里面提到 ‘以前的做法是:表达水平较高的miRNA(microRNA)后面不加任何符号,而表达水平较低的miRNA(microRNA)后面加上号,如rno-miR-undefined。有时带“*”的miRNA(microRNA)就根本不出现。
          而如果没有明显的表达差异,则以“-5p”和“-3p”分别命名。如hsa-miR-26b-5p和hsa-miR-26b-3p,分别表明从hsa-mir-26b前体的5’端臂和3’端臂加工而来的。’

        还是看看文献报道 哪个做的比较多吧

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