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        设计好的引物如何在NCBI 上比对?

        相关实验:引物设计和末端标记实验

        user-title

        window1982

        我用primer 5.0 设计好的引物,想看看它的在基因组的特异性,请问在NCBI上如何比对?
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        5 个回答

        user-title

        goleo

        有帮助
        引物比对在ncbi主页www.ncbi.nlm.nih.gov/上点blast,然后选择左上角那个版块里的search for short,nearly exact matches,输入上游引物序列,在下一行输入下游引物序列,选择你要看的种属(没有特殊要求就选择nr),点submit,在下一个窗口中点format,就可以了。 这样是看一对引物的特异性。
        user-title

        seeyou14

        有帮助
        http://primer3.ut.ee,在这里,第一个框选check primers 就可以比对
        user-title

        pacesjf

        有帮助
        NCBI主页,主页最下面选择primer-blast,里面输入自己的设计的引物(正向和反向),然后下面database选择genome(chromosomes from all organisms),roganism选择你要研究的组织,比如检测人是否有乙肝病毒,组织就选择人了。然后点后面get primers 。稍等片刻,就出来相应结果。
        user-title

        qingyan0311

        有帮助
        登陆ncbi主页,点击nucleotide,点击网页左侧blast,然后选择Nucleotide-nucleotide BLAST (blastn) 或Search for short, nearly exact matches都可以,在空白诓输入您的序列,种属限定为您所需要的,点击submit就可以了. 上下游分开比对!祝试验顺利!
        user-title

        dxy_qmzlef30

        有帮助
        在界面主下方单击primer blast,之后在primer parameter下面上下引物栏里分别输入你的上下引物,在organism栏里输入你所想要的物种,然后单击get primer
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