在菌落PCR时能够获得条带但是测序并没有该序列是什么原因？

可能是你的seqA有复杂结构，测不过去，你试试从你的insert seq中设计测序引物，分别往两端p，能不能把两个seq给p出来

有很多原因，1，引物设计不合适：选择的扩增序列与非目的扩增序列有同源性，因而在进行 PCR 扩增时，扩增出的 PCR 产物为非目的性的序列。靶序列太短或引物太短。2，靶序列或扩增产物的交叉污染。

有很多种原因导致假阳性。可能是你的引物设计不合适。也可能是你的靶序列或扩增产物的交叉污染：这种情况可互相拼接，与引物互补后，可扩增出 PCR 产物，而导致假阳性的产生，你可以可用巢式 PCR 方法来减轻或消除。