构敲降质粒，测序结果比对，两个酶切位点和载体序列都对上了，只有合成的敲降序列后半段不对 。是单链退火有问题还是公司合成的序列不对

序列的方向需要验证，因为TA是随机插入到载体里面的。所以先用一个载体引物和你的insert引物配对检测得到正确方向插入的clones。

测序正反向都测了么，如果都是这个结果，那这个应该是公司合成的问题

大概率是公司合成的序列不对，引物做knock down的质粒，你只是把引物结合到一起，并没有进行pcr，所以如果序列出错，基本是公司合成的问题。