构建重组质粒，加错了抗生素但依旧长了，然后测序结果回来，与参考基因比较，蛋白同源性在99%，碱基序列同源性在99%。能用吗？

不一定，大肠杆菌的表达系统本来就和人不一样，同源性不达到100%也可以理解，但是需要转染细胞，看看是否表达了该蛋白，分子量是否一致，然后是，才能用

这个情况下，构建的重组质粒虽然加错了抗生素，但依旧能够使用。测序结果表明与参考基因比较，蛋白同源性和碱基序列同源性都在99%，说明构建的重组质粒与目标基因或蛋白具有高度相似性。因此，在实验中使用这个重组质粒，可能会得到与预期结果相似的实验结果。但是，加错抗生素可能会对后续实验结果产生一些未知的影响，因此建议在使用前对重组质粒进行进一步的验证和确认。

同源性高，但不保证编码的是同一种蛋白，应该对比一下密码子的简并性，如果是同一氨基酸就没事

同源性能达到99%的话可以进行后续实验。

相似性定义模糊一点，判断标准和方法也不一样，长得像就是相似。而一致性必须要同一个位点，两碱基或氨基酸完全相等，条件严格的话不能用。

加错抗生素可能会导致质粒在构建过程中发生不正确的筛选和选择，这可能会导致重组质粒的质量和功能受到影响。虽然您的质粒与参考基因比较时显示了高的蛋白同源性和碱基序列同源性，但是您仍然需要谨慎地评估您的质粒是否能够满足您的实验需求。

一些可能需要考虑的因素包括：

抗生素选择的错误是否对重组质粒的结构和功能造成了影响？如果影响较小，可能可以继续使用。

您的实验是否对质粒的纯度、表达水平、稳定性等方面要求较高？如果是，您需要进一步验证这些指标是否符合预期。

您的实验是否涉及重要的结论或发表？如果是，您需要谨慎评估该错误是否对您的结论和发表有影响。

综上所述，虽然您的重组质粒与参考基因具有高度同源性，但仍建议您进行更深入的评估，以确保它们可以满足您的实验需求。如果您对评估结果不确定或有疑虑，建议重新构建并验证质粒。