双酶切之后，为什么线性化质粒比环状质粒跑得快？

如果是完整质粒，应该是超螺旋的，跑的最快。但是感觉你这个lane像是开环带，就是双链dna有一条断开了，拖着尾巴，跑的慢。lane2 是线性带，跑的比开环带要快。

酶切之后，就不是线性化的质粒了，就成了线性化的片段，再加上bp小了，电泳就会快一点

因为酶切之后片段大小变了啊，变小了，就跑得快了。

可能是你提取质粒时动作过大，破坏了超螺旋状态的质粒。建议重新提取质粒（操作要温柔）试试。

1、琼脂糖凝胶电泳DNA 迁移速率与分子大小和构象相关，分子构象越大，摩擦阻力越大，第一条带是超螺旋带应该最亮，因为超螺旋结构完整紧密，跑得最快。

2、第二条带为线性质粒是双链都断开变成松弛的线性DNA，不如超螺旋紧密，跑得相对慢 。第三条带为开环质粒，DNA双链的其中一根断开，导致超螺旋能量被释放而使质粒变成松弛的环状结构，结构臃肿，跑得最慢。

3、由于摩擦阻力的问题，琼脂就像有孔海绵分子筛，细菌质粒提取中电泳会出现三条带，最快的是超螺旋带，它是完整的，因为它的构型紧密，跑得快。

4、 第二条带在中间，是线性带，即环状双链DNA 两条链均断开，其分子构象变为线性，不如超螺旋紧密，跑得就慢一点。最慢的是开环带，即环状双链DNA 有一条链断开，拖着一条尾巴，显得很臃肿，所以跑得最慢。