NadPrep® 快速 DNA 酶切文库构建试剂盒 v2 是基于 A-T 连接原理,针对 Illumina & MGI 高通量测序平台开发的双链 DNA 文库构建试剂盒。本试剂盒操作流程简单,在单个步骤内完成对样本的片段化、末端修复和加 A,适用于投入 5‒500 ng DNA 的全基因组测序,同时兼容液相杂交靶向捕获测序。
产品特色
● 适用于多类型样本,包括:gDNA、FFPE B+/B/C/D 级 DNA 样本 ● DNA 片段化长度灵活可控 ● 片段化、末端修复和加 A 一步完成,体系灵活、操作简便 ● 文库产出稳定高效,覆盖均一,低 GC 偏好性 ● 低背景噪音(酶切副产物引入的异常序列) ● 兼容自动化工作站平台
图 3. 不同类型样本在不同酶切条件下的文库片段分布。A. 250 ng gDNA 样本为起始量,利用 NadPrep® EZ DNA Library Preparation Module v2 搭配 NadPrep® UDI Adapter Module (for Illumina®) 构建文库,参照说明书,酶切不同时间,以获得不同长度 DNA 片段;B. 50 ng 不同等级的 FFPE DNA 样本为起始量构建文库,参照说明书,酶切不同时间,以获得 250 bp DNA 片段。
低 GC 偏好性
图 4. NadPrep® 快速 DNA 酶切文库构建试剂盒 v2 对宏基因组样本的建库表现。微生物群组 DNA 标准品 (Zymo Research, D6306)经不同文库制备方案比较微生物的检测情况,NadPrep® 快速 DNA 酶切文库构建试剂盒 v2 的 GC 偏好性跟超声片段化文库构建试剂盒相比无明显差异。 注:NadPrep® Sonication: NadPrep® DNA 通用型文库构建模块 (for Illumina®); NadPrep® Enfrag v2: NadPrep® 快速 DNA 酶切文库构建模块 v2 ,均搭配 NadPrep® UDI Adapter Module (for Illumina®)。
引入背景噪音较低
图 5. 不同类型样本经不同文库构建试剂盒建库时文库产出中异常 reads 的占比。gDNA 及不同等级的 FFPE DNA 样本以 50 ng 为起始量,分别采用 NadPrep® Sonication: NadPrep® DNA 通用型文库构建模块 (for Illumina®) 、NadPrep® Enfrag v2: NadPrep® 快速 DNA 酶切文库构建模块 v2、Vendor Q *、 Vendor K* 和 Vendor V* 酶切片段化文库构建试剂盒建库,500 ng 同一建库方案的文库杂交,并通过 NanOnco Plus Panel v2.0 完成捕获,按照 total reads 计算。A. gDNA 样本经不同文库构建方案建库的文库产出及文库中异常 reads 占比 (Illumina 平台);B. 不同等级 FFPE DNA 样本经酶切片段化文库构建试剂盒建库时文库产出中异常 reads 占比 (MGI 平台)。 注:Artifact rate: 酶切副产物引入的异常序列占比。
优异的靶向捕获表现
图 6. 酶切和超声片段化构建文库的捕获表现。50 ng 不同等级的 FFPE DNA 样本分别进行酶切和超声片段化建库,500 ng 同一建库方案的文库杂交,并以 NanOnco Plus Panel v2.0 (2.6 M) 搭配 NadPrep® Hybrid Capture Reagents 和 NadPrep® NanoBlockers (for Illumina®) 组成完整的杂交捕获方案,测序数据取 2 M reads pair 分析,不同建库方案的文库捕获数据在 A. 比对率和中靶率方面的表现基本保持一致,但在 B. Fold 80 penalty,C. Duplication rate (重复率) 和 D. Mate on differ chr (自连率) 方面的表现均优于竞品。