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科研学霸天团，48小时有问必答

问TNF-a诱导caco-2细胞炎症模型问题，求解！

土井挞克树

通过细胞活力和检测细胞炎性代谢产物来确定造模的成功与否

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问GST pulldown结果求分析

土井挞克树

可能是c蛋白与体系中的酶反应，降解了A蛋白

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问构建Gfp-kferq质粒DNA有人做过吗这个质粒能构建吗质粒酶切一直没有条带质粒浓度一直很低

sswei

质粒酶切一直没有条带了，可能酶切位点发生了突变，也可能是酶失活了。

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问急急急！！透射电镜取完材忘记放4度了，还能用吗？

sswei

温度太高镜筒里的碳氢化合物将易挥发影响真空度,同时也容易污染样品。

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问荧光免疫层析湿法和干法差异大

loveliufudan

建议考虑以下措施来降低干法的非特异性：优化洗涤步骤：在洗涤缓冲液中加入一定量的表面活性剂，如Tween-20或NP-40，可以帮助清除非特异性结合的物质，降低背景荧光信号。加入防污染剂：将一定量的防污染剂（如BSA或casein）加入干法试剂中，可以降低试剂对背景的非特异性结合。优化反应条件：对于干法试剂，可以调整反应温度和反应时间来优化试剂的特异性和灵敏性。减少样品中非特异性结合：优化样品预处理

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问关于单细胞测序数据分析

loveliufudan

对于单细胞测序数据，进行质控的步骤通常包括以下几个方面：去除低质量细胞：根据细胞的RNA质量、UMI数量等指标去除低质量细胞，以保证后续的分析质量。过滤低表达基因：根据不同数据集的表达水平和目标分析，设定表达阈值，过滤掉低表达的基因，以降低噪音的影响。校正批次效应：校正不同批次、实验或平台之间的表达量差异，以提高分析的可靠性。去除PCR扩增倍数过高的细胞：对于单细胞测序，由于PCR扩增，可能导致同

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问单细胞样品制备无法避免细胞粘连

loveliufudan

如果难以彻底将细胞吹散，可以考虑采用其他细胞分离的方法，如机械剪切或酶消化等。此外，为了获得特定类型细胞的测序结果，可以采用细胞分选技术。以下是一些常用的细胞分选方法：流式细胞术：使用细胞表面标记分选目标细胞。磁性细胞分选法：使用与目标细胞表面标记结合的磁珠进行分选。微流控芯片：通过微流控芯片中的结构和流体调控，实现目标细胞的分选。免疫磁珠分选：使用特异性抗体结合目标细胞表面标记，然后使用磁珠分选

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问【求助】希望能溶解SDS-PAGE凝胶（不需要保留蛋白）

土井挞克树

将无色透明的胶条从蒸馏水中取出，装入一准备好的1.5ml离心管中，用镊子夹碎（或在放入离心管之前用刀片切碎），我常用的是灭过菌的镊子夹碎。然后再在管里加入你所需要溶解蛋白的溶液，比如蒸馏水（生理盐水或PBS等）

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问肾组织电镜

sswei

-80℃冷冻肾组织不能做电镜标本。

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问请问想做癌症的差异蛋白分析-生信分析，现在有了数据，但怎么作图，求助

土井挞克树

1.进入网站首页http://www.cbioportal.org/，有很多不同肿瘤患者的数据集可以选择；也可以在红色方框内输入自己感兴趣的癌种，进行快速检索。2.选定数据集。点击Query By Gene，进入查找界面。3.选择1处Co-expression，获取基因FN1的共表达基因。4.筛选基因5.将符合条件的基因单独复制到子表格中，进行绘图

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问我想构建一个蛋白的截断质粒，但是查了Ncbi数据库发现有三个蛋白亚型，是不管这三个还是用其中一个构建？

sswei

相同基因编码的不同蛋白质亚型或许发挥着多样的功能，所以需选择一个与研究相关的一个蛋白亚型进行构建。

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问目的蛋白洗脱不下来或洗脱率低是什么原因导致的？

rh682

洗脱剂种类，体积选用不足，pH条件等不适当。

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问突触电镜

sswei

可以借助相关的软件进行分折，如Nano Measurer等。

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问求教：SKOV3和SKOV3/DDP形态差异在哪里？

土井挞克树

极化状态不同，一般DDP极化要强一些

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问GeoMx DSP 技术可以同时检测 Protein 和 RNA 吗？

loveliufudan

GeoMx DSP技术是一种空间转录组学技术，主要用于定量分析组织中的RNA表达。虽然该技术可以在组织切片中检测RNA和蛋白质，但是目前它的主要应用是RNA检测。该技术使用的探针是RNA探针，可以检测组织中的mRNA，不是蛋白质。如果需要同时检测蛋白质和RNA，需要使用其他技术，如蛋白质芯片、蛋白质质谱联用技术等。

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问什么样品类型适合使用 GeoMx DSP 技术进行空间信息分析？

loveliufudan

GeoMx DSP 技术可以用于多种样品类型的空间信息分析，包括但不限于：组织切片：可以从组织切片中获得空间分辨率高的信息，对研究组织结构、细胞类型和分布等方面提供有用信息。细胞悬液：可以对细胞进行分离并提取 RNA 和蛋白质，用于对细胞类型、功能和空间分布进行分析。血液样品：可以从血液中提取 RNA 和蛋白质，用于研究血液系统相关疾病以及血液成分的空间分布。需要注意的是，不同样品类型的准备方法和

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问第一次接触时空组学问题，想要问问有没有这方面的前沿综述推荐一下，觉得这方面研究很有代表性。

loveliufudan

时空组学是近年发展迅速的前沿领域之一，有很多有代表性的综述文章可以推荐：Wang, X., Allen, W. E., Wright, M. A., Sylwestrak, E. L., Samusik, N., Vesuna, S., ... & Lin, M. Z. (2018). Three-dimensional intact-tissue sequencing of single

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问请问基因流数据中间没有空格怎么办

loveliufudan

如果你的基因流数据中间没有空格，可以尝试使用文本编辑器或编程语言中的字符串处理函数来处理数据。比如，你可以使用Python中的字符串处理函数将连续的数字分隔开，然后转换为一个列表或数组，以便进行进一步的处理和分析。具体的代码可能会因数据格式的不同而有所不同，但以下是一个基本示例，仅供参考：with open('data.xml', 'r') as file: data = file.read

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问拟时序发展得到的结果可以让我们获知什么信息？

sswei

拟时间序列分析（Pseudotime分析）的字面意思是通过构建细胞间的变化轨迹来重塑细胞随着时间的变化过程。从具体的分类分析和复杂程度来说，可以分为细胞轨迹分析和细胞谱系分析。通过拟时间序列分析，可实现构建细胞变化轨迹途径，并能找到特征差异基因的轨迹变化过程，这将为深入理解不同基因在某个细胞变化过程中的重要调控作用提供依据。

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问Stereo-seq和scRNA－seq有什么区别？

sswei

时空组学技术Stereo-seq，是一项实现超高通量、超高精度的全景式时空转录组技术。Stereo-seq通过时空捕获芯片，结合原位RNA捕获，实现了500 nm的分辨率，标准捕获芯片为1 cm×1 cm，同时可满足大面积芯片定制，成为全球首个同时实现“纳米级分辨率”和“厘米级全景视场”的技术，且实现了基因与影像同时分析。与当前其他技术相比，在相同的精度下，Stereo-seq具备更灵敏和更强的m

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