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2003年，Ma等人开发了PEAKS。PEAKS是用于解析肽图谱的一种串联质谱蛋白质组学软件，可用于基于串联质谱的肽测序，蛋白质鉴定和蛋白质定量分析。他们在PEAKS方法中运用了新的从头测序模型和算法，分为四个步骤：第一步将图谱进行预处理，包括图谱噪声过滤和图谱峰聚合；第二步是在简化后的图谱中根据母离子质量列举出所有可能的候选肽段；第三步和第四步为综合打分的差异分析以及分值正则化。PEAKS蛋白质从头测序技 ...

免疫疗法的兴起为多种类型癌症的治疗开辟了新的道路，大部分免疫治疗策略在临床实践中都产生了良好的反应，肿瘤组织的生长得到有效抑制，患者也能够在较长时间内保持症状的缓解。这些免疫疗法中的一大部分依赖于阻断 T 细胞或其它免疫细胞表面的抑制性受体，从而导致细胞的活化以及对肿瘤细胞的杀伤，其中包括在临床应用中取得较大成功的 PD-1，PD-L1，CTLA-4 抗体等。然而，在临床治疗中发现仅有部分患者能够对单独的免疫阻断类药物产生积 ...

皮肤是各种微生物群落的栖息地，近年来，人们已经开始认识到微生物群在支持基本皮肤功能中的重要性。在正常情况下，皮肤损伤会触发可控的炎症和组织修复反应，从而介导病原体的去除并刺激屏障完整性的恢复。作为皮肤的「近邻」，其共生的细菌在这一过程中又会扮演一种怎样的角色呢？图片来源：Nature Immunology2020 年 9 月，Nature Immunology 以封面文章的形式刊出瑞士洛桑大学 Michel Gilliet 团队题为 The comme ...

千呼万唤终于迎来 9 月的开学季，本来以为疫情后可以大展拳脚，在科研上有所进益，有的研究生却开始为住宿问题发愁不已。近期，一连串的研究生宿舍问题冲上热搜。爆料学生提供的信息表明，湖南师范大学全日制硕士研究生新生通过线上预约申请宿舍，然而在预约系统刚开启几分钟后，宿舍就被一抢而空。该校往年研究生宿舍的床位就较紧张，去年约有 93% 的研究生能够申请到宿舍。硕士扩招后，据登记今年已有 200 多名全日制研究生未能成功申请到宿舍。无独有偶，北 ...

作为抵抗病毒感染的第一道防线，I 型干扰素（IFN-I，包括 IFN-α 和 IFN-β）通过激活数百种 IFN 刺激基因（ISG）的表达而发挥着核心作用。干扰素产生不足会导致慢性病毒感染，而过量的干扰素则会导致自身免疫炎症和 I 型干扰素病。因此，在时间和空间维度上精确调控 IFN 的产生，从而确保诱导出针对病毒感染的有效天然免疫反应，同时避免自身免疫性疾病的发生是至关重要的。探究清楚其中精细的调控机制，对于抗病毒和自身免疫病的治疗都具有重要意义。I 型干 ...

血型检验可以为血液输注提供依据，在临床起到了很大的的作用。根据孟德尔遗传定律，往往许多人把该项目当做为亲子鉴定的参考依据。 最近一对军婚夫妇，在我们医院生产，因为查血型查出了大问题！ 因新生儿黄疸，夫妻发现孩子血型不匹配 我正在上班，血库岗位的同事跑来跟我反映，一新生儿黄疸，孩子的母亲为 O 型血，临床高度怀疑为新生儿溶血病。 经新生儿溶血病检查，结果新生儿为 AB 型 RH (D）阳性，游离和释放试验均为阳性，确定胎儿新生溶血病无疑。 但是在向临床医生通报 ...

近日，南方科技大学 2019 级博士生的奖学金政策引起了网友们的热议，据网友爆料：「南方科技大学随意更改 2019 级博士生的奖学金政策，从招生宣传到最终落实，经历了数次更改，严重损害了 2019 级博士生群体利益」。图片来源：知乎相关问题一经提出，便收获了近百个回答，尽管有少部分其他高校的同学对南科大的补助水平表示了羡慕，但大多数回答都反映了南科大学生对学校政策的不满。毕竟，科研归科研，涉及到与生活质量相关的补助问题，那自然不能含糊。而 ...

　　细胞系开发和单克隆性的保证是生产生物药物分子（例如单克隆抗体）过程的关键步骤。该过程开始于将编码目的蛋白的基因递送至靶细胞。在分离出能稳定表达目的蛋白的单个活细胞之后便可建立细胞系。该过程中的一个重要里程碑是记录克隆性证明，以确保细胞系的遗传可复制性。随后的步骤包括对克隆进行表征以提高生产力（效价），质量和稳定性（图1）。当前细胞系开发中的工作流程具有许多限制，包括细胞活力低，单细胞分离效率低和克隆性证据有限。有 ...

作为人体内最大的器官，皮肤是帮助我们抵御外界病原侵袭以及维持人体稳态的第一道屏障。与皮肤的重要功能形成巨大反差的是，它在大自然面前非常脆弱，很容易在磕磕碰碰中受伤。愈合缓慢的伤口不仅更容易留疤，在一些诸如糖尿病的慢行疾病的影响下，能导致截肢以后高达 50% 的死亡。但遗憾的是，由于伤口愈合中涉及的生理变化非常之多，我们对这个复杂的过程的理解依旧非常有限。进一步了解伤口愈合的生理病理机制，对疤痕以及慢性伤口的治疗药物的 ...

渐冻人症和冰桶挑战冰桶挑战 #Ice Bucket Challenge 曾在极短的时间内，火遍全球，使得四面八方英豪尽成落汤鸡。也让很多人第一次知道了肌萎缩性脊髓侧索硬化症 ALS。 近日纽约时报的一篇文章再次把 ALS 领域振奋人心的学术进展和 ALS 背后的故事带到了公众面前。笔者选取近期 Nature 最新研究为大家带来深度解读，揭开靶向炎症免疫途径在治疗神经退行性疾病中的潜在价值。 图源：www.nytimes.com肌萎缩性脊髓侧索硬化症 (amyot ...

一、PCR 的基本原理类似于 DNA 的体内复制。首先待扩增 DNA 模板加热变性解链，随之将反应混合物冷却至某一温度，这一温度可使引物与它的靶序列发生退火，再将温度升高使退火引物在 DNA 聚合酶作用下得以延伸。这种热变性 - 复性 - 延伸的过程就是一个 PCR 循环，PCR 就是在合适条件下的这种循环的不断重复。二、PCR 反应体系1. 缓冲液标准的缓冲液含 1pmol/ml Tris ·HCl，其 pH 为 8.3-9.0（室温），而在延伸温度（72 ℃）下，pH 值接近 7.2 。缓冲液中含有一种二价阳离子，用 ...

读论文是每一个科研狗们的必修课，但很多人都有这种感觉：明明咱也是这个领域的，明明咱英语水平也过关，但遇到一篇 SCI 论文，还是感觉读起来磕磕绊绊，很不顺畅。不要慌！因为连 Nature 都发文吐槽，现在的论文，连英语是母语的科研人员也觉得读起来费劲！图片来源：Nature究其原因，现在的论文里的缩略词实在是太多了！2020 年 7 月 23 日，来自澳大利亚昆士兰科技大学的学者就针对论文中的首字母缩略现象做了一项研究，研究最终发表在 eLife 杂志上。 ...

前几天有一条新闻上了热搜，广西东兴一货船侧翻，榴莲漂浮海面，旁边的村民还有游客不顾劝阻，一哄而上，把榴莲都抢回去吃了。到这里还是社会新闻，大家不得不感叹世风日下，人心不古。图片来源：广西新闻但是很快事情急转直下，吃了抢回去的榴莲，523 人因食用捡来榴莲出现不适就医，这件事变成了公共卫生事件。为什么呢？是榴莲出了问题，还是报应来的太快？ 当地疾控中心很快给出了答案 答案都不是！此次事件是由于一种细菌的作用。这个细菌的名字叫做副 ...

小张师弟：你好。这几天看你心不在焉，若有所思，实验失败次数显著提升，大家一度以为你是因为封闭管理，不能见到对象而感到失落。直到看了你朋友圈，师兄才知道你是为教师节送礼而感到烦恼。说到教师节送礼，确实很伤脑筋，虽然今年苦的是你，但往年，咱们实验室的师兄师姐们可没少因为这事而感到烦恼。看到你对教师节如此的上心，师兄欣慰之余，思来想去，有几条建议，希望可以对你有所帮助。1. 分清主次，有条不紊咱们做科研的，凡事得分清主次，有条不紊 ...

采用亲和加分子筛两种层析方法就能得到大量高纯度的蛋白样品往往是别人家的实验。到自己手上总会有各种惊喜…今天的主角更加过分，在真正纯化之前就需要我们施展十八般武艺把它从细胞上「拽」下来。没错，它就是膜蛋白…人类基因组中，有大约 30% 的基因编码膜蛋白。当今已批准上市的药物中，有超过 50% 以膜蛋白为靶点，然而目前蛋白质结构数据库 (Protein Data Bank, PDB) 中膜蛋白比例不足 1%。欲了解其功能，必解析其结构。是很多结构生物学家心头的 ...

用蛋白或多肽标签融合于重组蛋白中，进而方便重组蛋白的纯化和检验。小分子标签通常免疫原性较低，且不影响目标蛋白功能而得以保留。但是大分子标签如 GST 因其对目标蛋白的结构和生物活性有所影响，通常需要去除。今天我们就来聊一聊柱上酶切那点事儿~什么是柱上酶切柱上酶切纯化路线是指在吸附了标签蛋白的层析柱上添加蛋白酶进行在位去除标签，具有更加灵活、高效、快速的特点。相比于常规的洗脱后的酶切纯化路线，柱上酶切不仅可以简化酶切后 ...

FBW7（F-box and WD repeat domain-containing 7，FBW7）是肿瘤抑制因子，在人类癌症中是 F-box 蛋白家族中最常见的突变成员。FBW7 充当 SCF 型 E3 泛素连接酶的底物识别组件，控制蛋白酶体介导的许多原癌蛋白的降解 (1)。然而，FBW7 在代谢性疾病方面却鲜有研究。图片来源：SEMINARS IN CANCER BIOLOGY 2020 年 8 月 15 日，华中科技大学同济医学院附属协和医院黄恺、王成团队在 Redox Biology 杂志上在线发表了题为 My ...

非标记定量蛋白质组学(Label Free)近年来成为重要的质谱定量方法，按照其原理进行分类，可以分为两类。Spectrum counts类的非标记定量方法，发展比较早，也形成了多种算法进行定量，但是主要的原理都是根据MS2的鉴定结果作为定量的基础，各种方法的差别在于后期算法在大规模数据上的修正。第二种非标记定量方法的原理是以MS1为基础，计算每个肽段信号在LCMS质谱上的积分，目前Label Free主要的数据分析方法 ...

采访内容编译自密歇根大学宣传稿甲硫氨酸又叫蛋氨酸，是构成人体的必需氨基酸之一。除了参与蛋白质合成外，蛋氨酸还在蛋白质、DNA 等的甲基化中起到重要作用。曾经有研究报道低蛋氨酸饮食可抑制小鼠肿瘤 (1)，而最近的这项研究发现，肿瘤还会和 T 细胞「抢」蛋氨酸，单纯靠饮食抑制蛋氨酸可能是把「双刃剑」。图片来源：站酷海洛 Plus2020 年 9 月 2 日，来自密歇根大学医学院的邹伟平团队在 Nature 上在线发表了题为 Cancer SLC43A2 alters T cell met ...

在疫情防控常态化、开学后封闭式管理的大潮下，各高校八仙过海，各显神通。古有秦始皇筑长城万余里，以防匈奴南进，今有武汉某高校砌墙封校抵挡病毒。一道长 8 米、宽 2 米的砖墙堵住校门，令人望而却步。图片来源：微博此等硬核操作引起吃瓜群众热议，有人认为砌墙封校有利于封闭管理，有人则认为砌墙之举有些过分，挡得学生的脚步，挡不住学生自由的心。眼瞅着校外的人们欢天喜地，校内的学生却闭门不出，堪称现代版「禁足」。图片来源：某校封闭管理规章阔别校园 8 个 ...