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引物评分!急!!

我做的是人巨细胞病毒gB基因,序列如下ccgcggccgtctcgggtgtcttcagggagccgcaccgaccttggctgccaagtccgtatccctcctcctcgactgcgggtgtttcccggagggtccgcgcgacacgcaagagaccacgacgcgcctcatcgctgctggatttggcccgcgacgaacatggaatccaggatctggtgcctgg ...

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引物设计

我设计了一对引物,用几个不同的软件检测,评价不一,能否有谁帮我检查一下?我的序列为:gcccgtacac accgtgtgct gggacacccc acagtcagcc gcatggctcc cctgtgcccc61 agcccctggc tccctctgtt gatcccggcc cctgctccag gcctcactgt gcaactgctg121 ctgtcactgc tgcttctgat gcctgtccat ccccagaggt tgccccggat gc ...

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请教引物设计方面的问题,谢谢大家来讨论

我在ncbi的gene中找我要的基因cDNA,没有找到大鼠的基因,请问我可否用小鼠的基因或人类的基因来代替,如果代替的话,会出现什么问题?我把该基因的CDs序列放上来,能否帮我看看引物设计成什么比较好。atggaac tgaaaatctg acgacatctc tcattaataa601 cacgtgtcat gacacaattg atgaattccg aaatcaagta tactccacta tgtattctgt661 gatctctgtt ...

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半定量分析用哪个数据?

我做半定量RT-PCR分析,不知道用哪个数据?软件是Quantity One结果:Gel name : 505 2005-04-14 11hr 31min (Raw 1-D Image)IndexNameVolumeAdj. Vol.% Adj. Vol.ConcentrationDensityINundefinedmm2INundefinedmm2INT/mm21U13315.0229129164 990.4582083559 6.1992842653N/A1284.83848788572U24154. ...

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【分享】分子生物学资料全集

第一部分是PCRAbbreviations ixPreface xiChapter 1 An Introduction to PCR 11.1 Introduction: PCR, a ‘DNA photocopier’ 11.2 PCR involves DNA synthesis 11.3 PCR is controlled by heating and cooling 31.4 PCR applications and gene cloning 51.5 History of PCR 6Chapter 2 Understanding PCR 92.1 How does P ...

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请帮助分析一下引物吧

ttattttcag tgatagtttc里是从网上钓出的一个基因的全长,我的两对能否用?第一对Forward:ATG TAT TTT CAG AGT GGC ACT GInverse:CTA TCA CTG GCG GAC CCC TAA第二对:上游TATGGCCACAAAACTTCAAT下游 ctatcactggcggaccc请问这两对引物可以用吗?谢谢!

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帮忙看一下我设计的引物

我是新手,对设计引物还不太熟悉,下游CG含量高,没办法下手,麻烦大家帮我看一下部分DNA序列如下:1 actgaacttc acagggcaag gggagcccga ctccattcgc tgtgacacac gagcggagct61 gctgtcaaag ggctgcccag ctgatgacat catggaaccc aagagcctcg ctgagacccg121 ggacagccag gcgggcagtc ggaagcagct gtccccacag gaag ...

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上下游引物GC%相差近20%,行吗?

以下是primer3自动得到的引物,请高手指导,在线等。大写字母为外显子,小写的为内含子。谢谢!!!!OLIGO start len tm gc% any 3' seqLEFT PRIMER 501 20 61.99 55.00 6.00 2.00 AGCCTGGCCAACGTGTCTATRIGHT PRIMER 1026 22 59.42 36.36 2.00 0.00 tcgttgctgtttttctgttttcSEQUENCE SIZE: 1250INCLUDED REGION SIZE: 1250PRODUCT SIZE: 52 ...

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求教RT-PCR

我做大鼠肝组织TNFalpha受体的表达,用退火温度52,40个循环都做不出,为什么?它的表达量应该很丰富的呀,会不会RNA降解了,但内参跑出来了(240bp),是不是我从文献上查的引物有问题,请高手帮验证一下;TNFR1 NM_0130911 ttttctccga gttttctgaa ctctggctca tgatcgggct tactggatac gagaatcctg61 gaggaccgta ccctgatttc catctacctc tgac ...

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用叶片直接PCR,超爽!!!!

刚刚看到的文章,喜欢的话多多支持啊,请斑竹加分啊。LEAF PCR PROTOCOL(Klimyuk et al., 1993, TPJ 3: 493-494)1) Samples are harvested in 1.5 ml tubes and stored on ice.2) 40ul of 0.25N NaOH was added and the samples boiled for 30 sec.3) 40ul of 0.25N HCl then 20ul Tris mix was added and the samples boiled for another 2 min.-tissue samples can ...

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【分享】试剂使用技术

以下每一个试剂盒都有实验步骤,操作说明及结果图片等,3年反复实验的成果。因JPG, GIF, PNG 图片过大,不能上传,如有需要请发邮箱dushengbiotech@163.com,说明需求,即有回复,欢迎技术讨论及咨询。1、Nova Taq DNA Polymerase(聚合酶)2、Nova Pfu DNA Polymerase3、Nova Kod DNA Polymerase4、Nova Extra-Kod DNA Polymerase5、Nova Tth DNA Polymera ...

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非放射性荧光TRA P 法对端粒酶活性的检测与定量

一、细胞裂解的准备(1)1×107 细胞重悬, 其来源可为新鲜样品或贮存于- 80℃ 1mo l 冰冻清洗缓冲液中的无DM SO 的样品, 冰冻缓冲液包括10mM HEPES (pH7. 5), 1. 5mM M gCl2, 10mM KCl,1mM 二硫苏糖醇(DTT ) , 然后离心(16 000rpm、4℃、1m in)。(2)重悬细胞团于100ul 冰冻裂解缓冲液, 其包含10mM T ris-HCl (pH7. 5) , 1mM MgCl2, 1mM EGTA , 0. 1mM 苯甲基磺酰氟(DMSF ) , 5mM B2巯基乙醇, 0. 5% CHA P s(Pierce) 和10% 甘油。(3)冰育30 分, 然后在超速离心机 ...

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RT-PCR的常见问题,希望大家能跟贴谈谈你的看法

RT-PCR实验有三步:抽提RNA,RT,PCR。要求:1.做RT前必需测RNA浓度,逆转录体系对RNA量还是有一些要求,常用500ng或1ug。2. RT按要求做,一般不会出太大问题。3. PCR,按常规。但如需扩长片段,则对前两步要求较高,需要有完整的cDNA存在,不是单改变Mg2+浓度、退火温度能解决的。1)RT和PCR时的引物设计是不是一定要先知道目的基因的序列?必须在RT时,引物设计有3种方法即a:Random 9mers;b ...

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【分享】差异基因表达的研究

差异基因表达的研究受到了广泛的关注,常用的技术有DD-PCR;GENE-FISHING;GENECHIP等。简单介绍如下:DDRT—PCR技术即mRNA差异显示聚合酶链式反应技术,此技术是以PCR技术和聚丙烯凝胶电泳技术为基础,结合银染或放射性自显影等显色技术,能快速有效地鉴定并克隆两个或多个平行材料之间的差异表达基因。DDRT—PCR技术的基本过程如下:①提取两组平行材料中的总RNA或mRNA;②在逆转录酶作用下 ...

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近四个月来,我关于肿瘤系列实验设计方案的演变历程

近四个月来,我关于肿瘤系列实验设计方案的演变历程2003年9月25日,我完成了第一个实验设计方案“我的实验设计”,共有5个实验,是用化学致癌物做大鼠肝癌模型,实验的核心就是做支配肝脏自主神经的电生理参数测定,看看自主神经放电强度和正常对照组相比是否出现了显著性降低;如果实验组自主神经放电强度和正常对照组相比出现了显著性降低,那么,再比较自主神经放电强度降低出现时间和大鼠产生肝癌时间的先后,以明确因果关系。此前, ...

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【原创】大肠杆菌分子克隆优化经验

大肠杆菌克隆转化作为分子生物学的基础之一,具有广泛的应用性。并且,随着新技术的发展,大肠杆菌克隆转化操作变得比以前更加简单易行。下面,我将以结合自己研究生对于这个体系操作的经验,对于现行的大肠杆菌操作体系进行一定的优化,希望能够给大家节省克隆转化的时间以及提高成功率。一般来说,克隆转化从开始到结束分为获取基因,设计引物,PCR基因,酶切,连接,转化,菌落PCR以及挑取克隆酶切验证几个步骤。下面我将根据时间顺序,对每 ...

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【分享】大家都来说说自己用的MSP引物序列吧

有关甲基化引物的帖子版内已经很多了,但是同一种基因有多种引物,各引物的反应条件又多有差别,开此帖的目的一半是为了私心,想让大家帮我看看结果,出出主意,另外也是为了增进大家的交流,减少像我这种新手在摸索过程中所走的弯路。先抛砖引玉一下,自己最近做p16.PTEN和MGMT三种基因的MSP:p16甲基化引物上游为5′- TTATTAGAGGGTGGGGCGGATCGC -3′,下游为5′- GACCCCGAACCGCGACCGT ...

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pcr 常见问题

PCR常见问题总汇 PCR产物的电泳检测时间  一般为48h以内,有些最好于当日电泳检测,大于48h后带型不规则甚致消失。假阴性,不出现扩增条带  PCR反应的关键环节有①模板核酸的制备,②引物的质量与特异性,③酶的质量及, ④PCR循环条件。寻找原因亦应针对上述环节进行分析研究。  模板:①模板中含有杂蛋白质,②模板中含有Taq酶抑制剂,③模板中蛋白质没有消 化除净,特别是染色体中的组蛋白,④在提取制备模板时丢失过多,或吸入酚。⑤模 板核酸变性不彻底。 ...

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[转贴]测序结果常见的几个问题

测序结果常见的几个问题 1 、 为什么开始一段序列的信号很杂乱,几乎难以辨别?这主要是因为残存的染料单体造成的干扰峰所致,该干扰峰和正常序列峰重叠在一起;另外,测序电泳开始阶段电压有一个稳定期,所以经常有20-50 bp 的紧接着引物的片段读不清楚,有时甚至更长。2 、 为什么在序列的末端容易产生 N 值,峰图较杂?由于测序反应的信号是逐渐减弱的,所以序列末端的信号会很弱,峰图自然就会杂乱,加上测序胶的分辨率问题,如果碱基分不开,就会产生 N 值,正常情况 ...

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【分享】PCR的常见问题分析与对策

PCR产物的电泳检测时间  一般为48h以内,有些最好于当日电泳检测,大于48h后带型不规则甚致消失。假阴性,不出现扩增条带  PCR反应的关键环节有①模板核酸的制备,②引物的质量与特异性,③酶的质量及,④PCR循环条件。寻找原因亦应针对上述环节进行分析研究。  模板:①模板中含有杂蛋白质,②模板中含有Taq 敢种 剂,③模板中蛋白质?有消化除净,特别是染色体中的组蛋白,④在提取制备模板时丢失过多,或吸入酚。⑤模板核酸变性不彻底。在酶和引物质量好时, ...

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