【求助】microRNA生物信息学预测的问题

我现在在做microRNA的生物信息学预测，有一个问题想请教，通过blast比对，得到了候选的EST序列之后，做二级结构预测时是用整个EST序列进行折叠，做二级结构预测，还是截取EST序列中，含有比对上的成熟micRNA序列的部分序列进行结构预测呢，因为我发现截取一部分和用整条序列进行折叠，得到的发卡结构不一致，谢谢！！！

当然是用成熟microRNA序列部分做预测啊！

谢谢，请问你也是做小RNA的么