• 我要登录|
  • 免费注册
    |
  • 我的丁香通
    • 企业机构:
    • 成为企业机构
    • 个人用户:
    • 个人中心
  • 移动端
    移动端
丁香通 logo丁香实验_LOGO
搜实验

    大家都在搜

      大家都在搜

        0 人通过求购买到了急需的产品
        免费发布求购
        发布求购
        点赞
        收藏
        wx-share
        分享

        RT-PCR引物设计。十万火急!!!!谢谢!!

        丁香园论坛

        1338

        我最近设计引物有些困难,我要扩增EBV的BNLF1基因(编码LMP1)的cDNA,两引物各带EcoRI、BamHI 的酶切位点,但是两者的Tm值相差太大,实验时间紧迫,望各位高人替小女子改一改。无限感激!!!!!
        此致
        敬礼!!!

        EBV(B95-8序列,Genebank Acession NO.V10555,1999年)的LMP1的编码基因BNLF1的基因序列(只给出内含子、外显子的序列):
        Exon1:169207-169474nt(267bp);Exon2:169042-169128nt(86bp);Exon3:168163-168965nt(802bp):三个外显子的全长为1158bp.
        Intron1:169129-169206nt(77bp);Intron2:168966-169041nt(75bp)

        168163 gtcatagt agcttagctg
        168181 aactgggccg tgggggtcgt catcatctcc accggaacca gaagaaccca aaagcagcgt
        168241 aggaaggtgt ggatcaccgc cgccatggcc ggaatcatga ctatgaccgc cgcctccgtc
        168301 tgtcatcaaa ggcgggccct ggtcacctcc tttgttttca acctcttccg tcaattgtgg
        168361 agggcctcca tcatttccag cagagtcgct agggctatga ggcagcgggt catgtgggcc
        168421 attgtcatca gtgttgtcag ggtcctgtgg gccattgtca tcagtgttgt cagggtcctg
        168481 aggcagcggg tcatgtgggc cattgtcatc agtgttgtca gggtcctgtg ggccattgtc
        168541 atcagtgttg tcagggtcct gtgggccatt gtcaggacca cctccaggtg cgcctaggtt
        168601 ttgagagcag agtgggggtc cgtcgccggc tccactcacg agcaggtggt gtctgccctc
        168661 gttggagtta gagtcagatt catggccaga atcatcggta gcttgttgag ggtgcgggag
        168721 ggagtcatcg tggtggtgtt catcactgtg tcgttgtcca tggtaataca tccagattaa
        168781 aatcgccaga aacaggagga gccaaaggag atcaaccaat agagtccacc agttttgttg
        168841 tagatagaga gcaataatga gcaggatgag gtctaggaag aaggctagga agaaggccaa
        168901 aagctgccag atggtggcac caagtcgcca gagcatctcc aataagtaga tccagatacc
        168961 taagactgcg ttgaaaaaag agtgttaggg ttggaaaagt gggggtgtgg taaataattc
        169021 ctagggaatg ttagatctta ccaagtaagc acccgaagat gaacagcaca attccaagga
        169081 acaatgcctg tccgtgcaaa ttccagagag cgatgagcag gagggtgact ggggaaagag
        169141 gagaaagtgc gttagagaag gaagagtaag ggaaaggggg tgtggggcaa agggtgtaat
        169201 acttactcat cagtaggagt atacaaaggg ctccaagtgg acagagaagg tctcttctga
        169261 agataaagat gatcaaaatt ataattataa gcatgagagc aaaggaatag aggacaagga
        169321 gggctcctcc agtccagtca ctcataacga tgtacagcca aaacagtagc gccaagagga
        169381 ggagaaggag agcaaggcct agggaagagg agaggggggg tcctcgaggg ggccgtcgcg
        169441 ggcccggtgg gcccctctca aggtcgtgtt ccat
        引物设计如下:所用的质粒为pEGFP-C2(4.7kb),所选的两酶切位点为EcoRI和BamHI,我的设计如下:
        Primer 1(sense): 5’ gaattcatggaacacgaccttg 3’ (22nt)
        EcoRI
        Primer 2(antisense): 5’ gaatccgtcatagtagcttagc 3’ (22nt)
        BamHI
        经BLAST 检测P1和P2无同源序列。
        经Primer Premier 5.0 检测 P1: Tm:44.7℃,GC%:50%,无发夹结构、无二聚体;
        (去掉酶切位点) P2: Tm:31.5℃,GC%:43.8%,无发夹结构、有二聚体,好像不行。

        ad image
        提问
        扫一扫
        丁香实验小程序二维码
        实验小助手
        丁香实验公众号二维码
        扫码领资料
        反馈
        TOP
        打开小程序