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        想求高手帮忙设计几对引物

        丁香园论坛

        1275
        各位园友大家好,我想从蛋鸡的腹脂中提取RNA,进行RT-PCR,以beta-actin为内参,测定蛋鸡腹脂中激素敏感脂肪酶(HSL)和脂蛋白脂酶(LPL)mRNA的丰度.
        现需要设计几对引物。扩增激素敏感脂肪酶(HSL)基因的引物,扩增脂蛋白脂酶(LPL)基因的引物以及内参beta-actin的引物。beta-actin分别在这两种酶表达中作为内参时它的引物是否也不一样,会因酶而异。我从NCBI上查到这两种酶以及内参在禽类上的序列,其中脂蛋白脂酶的有:
        NM_205282 Reports Links
        Gallus gallus lipoprotein lipase (LPL), mRNA
        gi|49258193|ref|NM_205282.1|[49258193]

        607:Chicken mRNA for adipose lipoprotein lipase (EC 3.1.1.34)
        gi|63573|emb|X14670.1|GGLPL[63573]

        608: X60547 Reports Links
        Chicken lipoprotein lipase gene
        gi|62935|emb|X60547.1|GDLIPLIP[62935]
        激素敏感脂肪酶的序列有:
        XM_427547 Reports Links
        PREDICTED: Gallus gallus similar to Hormone sensitive lipase (HSL) (LOC429991), partial mRNA
        gi|50782630|ref|XM_427547.1|[50782630]
        内参的序列有:
        31: X00182 Reports Links

        Gallus gallus cytoplasmic beta-actin gene
        gi|63017|emb|X00182.1|GGAC01[63017]
        : K02173 Reports Links

        33:Chicken embryonic cytoplasmic beta-actin mRNA
        gi|211054|gb|K02173.1|CHKACBI[211054]
        37: L08165 Reports Links

        Gallus gallus beta-actin mRNA, complete cds
        gi|211236|gb|L08165.1|CHKBACTN[211236]

        38: K02259 Reports Links
        Chicken beta-actin gene, 5' end
        gi|211086|gb|K02259.1|CHKACTB[211086]

        Genebank中激素敏感脂肪酶序列在鸡上的报道似乎不多,猪上倒是不少,怕同源性低,不太敢用。每种基因都有这麽好几个序列,不知设计引物要根据那个序列来进行。请高手指点。我是个生手,虽然下载了引物设计软件,可也不太会用。再加上时间紧迫,年前要做完。也来不及慢慢钻研。我想请精通引物设计的xdjm帮个忙,帮我设计这几对引物,不胜感激。我想把内参和目的基因放在同一个管中扩增,这样可行否。期盼你的帮助。在你也许只是举手之劳,在我却是一个莫大的帮助。
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