【求助】如何利用文献的引物明确扩增序列的位置
丁香园论坛
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请问如何利用文献所提供的引物，来明确PCR扩增序列的位置，我利用Pubmed上的Blast，好像只能看到比对的结果是在哪一个染色体上，却不能知道扩增的序列是在哪一个外显子上，因此不能确定目标基因的SNP是否在扩增的序列上。
期待高手们的指点，非常感谢！！！:)
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我认为不应该与整个核酸库进行比对，你应该先找到你的目的基因序列，然后再用文献的引物去比对，确定扩增片段在那个区域。一点愚见，仅供参考。
你首先要通过Pubmed搜到目的基因的mRNA序列，此序列上会清楚地标识外显子的起始位置，然后利用Blast找到以引物对应的mRNA的位置即可。
zhuliangfang wrote:
你首先要通过Pubmed搜到目的基因的mRNA序列，此序列上会清楚地标识外显子的起始位置，然后利用Blast找到以引物对应的mRNA的位置即可。
弱问一下，楼主好像是要做的SNP，而SNP主要是指在基因组水平上由单个核苷酸的变异所引起的DNA序列多态性。既然是检测的DNA序列多态性，好像不一定其PCR产物是来源于RNA经过RT后得来的吧？所以我认为楼上的说法不妥。并且如果是基因已知的话，这个就比较简单了，把mRNA放到primer5上，将引物匹配上去就清楚了。
个人观点，仅供参考！
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