本文根据自身实验经验总结，针对 PCR 实验过程出现的问题举例，提供可实施的解决方法。并根据经验列举了提高 PCR 反应特异性的方法。
问题 1：假阴性（无扩增产物）
现象：正对照有条带，样品无条带
可能原因：
· 模板：含有?Taq 酶抑制剂、杂蛋白，模板上样量低或模板降解
· 引物：引物降解，引物设计不合理
· 试剂：酶失活，buffer 不合适
· 反应条件：退火温度高，延伸时间短
解决方法：
· 纯化模板并重新提取，并检测模板是否含有抑制剂
· 重新设计引物并低温保存
· 优化 buffer，摸索镁离子浓度或适当加入 DMSO（小于 0.3%）
· 提高退火温度，增加延伸时间（反应条件参照试剂盒说明书）
问题 2：假阳性
现象：空白对照出现条带
可能原因：
· 引物设计不适，与目的序列具有同源性
· 试剂污染：水、移液枪等被核酸污染
· 样品间出现交叉污染
解决方法：
· 实验仪器高压灭菌
· 实验试剂（酶除外）高压灭菌，离心管枪头一次性使用
· 规范实验操作
· 假阳性可通过巢式 PCR 解决，或者使用特异性较高的试剂盒扩增
问题 3：拖尾、弥散
现象：电泳出现拖尾、涂抹带
可能原因：
· 酶用量过多
· 模板纯度较低
· dNTP、镁离子浓度过高
· 循环次数过多
解决方法：
· 减少用酶量或使用特异性高的热启动酶扩增
· 纯化模板
· 减少 dNTP 用量，摸索镁离子浓度
· 减少循环次数
问题 4：二聚体及非特异性产物
一般小于 100bp 的条带可基本判断为引物二聚体
主要原因：
· 引物设计不合理，引物自身具有互补性
· 引物浓度不适
· 镁离子浓度过高，退火温度过低
解决方法：
· 重新设计引物并进行 BLAST 检测
· 降低镁离子浓度，提高退火温度
· 增加模板用量
提高 PCR 反应特异性的方法
1. 引物的设计
引物最好在模板 cDNA 的保守区设计，长度 15-30bp，GC 含量小于 60%，3’端不超过连续三个 G 或 C，碱基分
布错落有致，避免引物自身形成二聚体，设计完成之后，需进行 BLAST 检测，如果与其他基因不具有互补性，则可以进行下一步实验。
2. 降落 PCR
降落 PCR 是一种简单的降低非特异性产物的 PCR，最大的优点就是可以降低实验耗时，同时又可以优化实验的步骤。引物的设计决定退火温度，退火温度过高会使 PCR 效率过低，过低则会使非特异扩增过多。这虽然可以通过反复尝试来优化，但费时费力。降落 PCR 提供了一个较为简易的优化方法。首先在较高的温度下扩增，此时虽然扩增效率低，但非特异扩增基本没有。随着退火温度的降低，非特异扩增会逐步增多。但由于此时特异的扩增产物已经达到一定的数量优势，因此会对非特异扩增产生强烈的竞争抑制，从而大幅提高 PCR 的特异性和效率。
3. 热启动扩增
采用热启动方法进行扩增，是除了设计最佳引物之外，提高 PCR 反应特异性最好的方式。在一般的 PCR 反应中，试剂的配置需在冰上进行，且要将 PCR 仪预热，这种方法就类似于热启动，能够一定程度的抑制错配。但是酶在低温下也存在活性，只要体系中有 DNA 链存在，就会扩增产生非特异性条带。采用热启动的方法就是在达到变性温度之前完全抑制酶的活性，而最有效的方法就是使用热启动 Taq 酶（或热启动高保真聚合酶）去扩增，它的原理就是采用化学修饰的方法封闭酶的活性中心，当温度上升到 95℃时恢复活性，指导扩增。
4. 巢式 PCR
采用巢式 PCR 进行扩增，在多轮扩增结果中提高扩增特异性和灵敏度。与普通 PCR 不同的是，它采用两对引物进行扩增，首先用第一对引物普通 PCR，然后将第一轮扩增的产物稀释 100 倍后用第二对引物（巢式引物）二次扩增。因此采用巢式 PCR 可以大大增加困难模板扩增的特异性和有限靶序列的灵敏度。
