测序后，核酸序列比对是载体序列，蛋白比对可以比对出来，请问测序结果合适吗？

有可能是载体比较长，测序还没有测到目的序列，可以测通或者反向测序

核酸序列比对和蛋白质序列比对是两种不同的分析方法，它们可以用于比对不同类型的生物分子。在比对载体序列时，核酸序列比对是更为常见的方法，而蛋白质序列比对则不太适用于载体序列的分析。

在进行载体序列的测序分析时，通常需要对所得到的DNA序列进行比对以确定载体的完整性和准确性。这可以通过使用核酸序列比对软件进行分析，例如BLAST、Bowtie等等。这些软件可以将测序结果与参考序列比对，从而确定测序结果的准确性并鉴定是否存在基因突变或杂交。

相反，蛋白质序列比对是用于比对蛋白质序列的分析方法，用于确定不同蛋白质之间的相似性和差异性。因此，它不太适用于载体序列的分析。

综上所述，测序结果应该使用核酸序列比对软件进行比对以确定载体的完整性和准确性。

核酸序列比对是载体序列，蛋白比对可以比对出来，测序结果是可以用的