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        BATMAN-TCM、STITCH、SwissTargetPrediction 这三个工具都能预测靶蛋白及功能!

        i生信

        46484

        不少研究中药或者小分子药物的同学想从研究的分子出发预测靶蛋白和相关的功能(比如信号通路),今天我们就来介绍三个工具。

        1. BATMAN-TCM

        网站链接:http://bionet.ncpsb.org/batman-tcm/

        BATMAN-TCM、STITCH、SwissTargetPrediction 这三个工具都能预测靶蛋白及功能!

        这个网站我们以前介绍过,这里再简单说一下使用方法:

        BATMAN-TCM、STITCH、SwissTargetPrediction 这三个工具都能预测靶蛋白及功能!

        以三七为例,

        第一步输入三七的拼音:san qi,

        第二步是确定参数:

        BATMAN-TCM、STITCH、SwissTargetPrediction 这三个工具都能预测靶蛋白及功能!

        最后单击 Start 就可以了:

        BATMAN-TCM、STITCH、SwissTargetPrediction 这三个工具都能预测靶蛋白及功能!

        等一下以后就出来结果了:

        BATMAN-TCM、STITCH、SwissTargetPrediction 这三个工具都能预测靶蛋白及功能!

        BATMAN-TCM、STITCH、SwissTargetPrediction 这三个工具都能预测靶蛋白及功能!

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        BATMAN-TCM、STITCH、SwissTargetPrediction 这三个工具都能预测靶蛋白及功能!

        2. STITCH

        网站链接:http://stitch.embl.de/

        BATMAN-TCM、STITCH、SwissTargetPrediction 这三个工具都能预测靶蛋白及功能!

        STRING 大家都用过,STITCH 与 STRING 用法相似,可以预测小分子化合物与蛋白的关系网络。

        同样以三七成分人参皂苷(Ginsenoside)为例:

        BATMAN-TCM、STITCH、SwissTargetPrediction 这三个工具都能预测靶蛋白及功能!

        提交后的结果:

        BATMAN-TCM、STITCH、SwissTargetPrediction 这三个工具都能预测靶蛋白及功能!

        下面的 Settings 是设置,可以用类似 STRING 的方式设置:

        BATMAN-TCM、STITCH、SwissTargetPrediction 这三个工具都能预测靶蛋白及功能!

        Update 后的 network:

        BATMAN-TCM、STITCH、SwissTargetPrediction 这三个工具都能预测靶蛋白及功能!

        Analysis 是预测功能预测:

        BATMAN-TCM、STITCH、SwissTargetPrediction 这三个工具都能预测靶蛋白及功能!

        结果可以在 Tables/Exportes 导出:

        BATMAN-TCM、STITCH、SwissTargetPrediction 这三个工具都能预测靶蛋白及功能!

        3. SwissTargetPrediction

        网站链接:http://www.swisstargetprediction.ch/

        BATMAN-TCM、STITCH、SwissTargetPrediction 这三个工具都能预测靶蛋白及功能!

        我们可以直接根据化学结构预测,右侧可以画,

        BATMAN-TCM、STITCH、SwissTargetPrediction 这三个工具都能预测靶蛋白及功能!

        我们按照人参皂苷的化学结构画一下,对于不是很熟悉小伙伴来说要摸索一下,不过小张相信以大家的智商,很快就能画好的;另外还可以作为消遣的工具,画出各种有意思的图:

        BATMAN-TCM、STITCH、SwissTargetPrediction 这三个工具都能预测靶蛋白及功能!

        画好后可以提交了,这是预测的结果:

        BATMAN-TCM、STITCH、SwissTargetPrediction 这三个工具都能预测靶蛋白及功能!

        BATMAN-TCM、STITCH、SwissTargetPrediction 这三个工具都能预测靶蛋白及功能!

        工具就介绍到这里了,欢迎大家留言更多工具和介绍!


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