RNA试验基础

qisanni05 1)我得到的pre-miR-10a系列如下：1 gatctgtctg tcttctgtat ataccctgta gatccgaatt tgtgtaagga attttgtggt 61 cacaaattcg tatctagggg aatatgtagt tgacataaac actccgctct2)在NCBI Blast得到pre-miR-10a及其上下游各100bp序列如下：1 taaagaggaa ggagtcttcg tgtggccagt caccag ...

qisanni05 如何确定microRNA是内含子型还是外显子型路得自己走 1. 可以在miRBase上的每个miRNA具体信息中查看2. 汇总内含子编码的miRNA：http://intragenic.astridresearch.com/intragenic/另附我的拙作，欢迎交流：1. http://epub.cnki.net/grid2008/detail.aspx?QueryID=4&CurRec=12. 内含子microRNAs：基 ...

大鹏鸟 使用了sigma的mission系列的慢病毒做干扰，用non-target作为对照，但是发现除了目的基因，对照与空白细胞变化不大以外，其他检测的几个基因对照和空白相比，变化都很大，这是为什么呢？除了off target效应以外，还有什么可能性？那我处理数据的时候，实验组到底是以空白作为对照好呢，还是以non-target作为对照好呢？吴佰霖 以non-target作为对照好因为target及non-target都是往 ...

郭琼926 大家好！初次过来请多指教！现在准备做RNA干扰（应该也可以叫miRNA技术吧？），我有些许问题还不明白？1 想把实验中的目标基因沉默，可以先通过软件设计序列，会有好几个备选序列，那么如何选择？请推荐好用的设计软件!!!2 如果序列选择好了，现在要转入细胞内来沉默目标基因，如何转入？我看了一些文献，几乎都用的是Lipfectamine2000,但最后沉默的时间不会太长，大概3-4天后目标基因的表达又会恢复，感觉这种方法沉 ...

jiangningforever 最近想做miRNA功能抑制相关实验，想请教高手针对多个microRNA分子的家族，inhibitor 应当怎么选择？路得自己走 同一AMO序列target不同的miRNAs，希望对楼主有用！另外，是不是可以联合应用针对不同miRNAs的inhibitor呢！网络慢，传不上全文Nucleic Acids Res. 2009 Feb;37(3):e24. Epub 2009 Jan 9.A single anti-microRNA ant ...

jianming120 microRNA(miRNA)是一类保守、短序列、单链的非编码小分子RNA，通过与靶基因mRNA特异性的结合而导致靶mRNA降解或抑制其翻译，调控蛋白编码基因的表达，在个体发育以及细胞的分化、增殖、凋亡、应激等生物学过程中发挥重要的作用。正是microRNA(miRNA)通过RNA介导的沉默复合体（RNA induced silence complex，RISC)使靶基因mRNA降解或抑制其翻译，而通过预 ...

wzdalxl1314 请教 瞬时转染miRNA的寡聚核苷酸到血管平滑肌细胞中用什么转染试剂好？请大家帮帮忙，谢谢。wzdalxl1314 大家的miRNA序列都是哪里设计的 ？是上海吉玛公司的吗？ameng2011 我们实验室做脐动脉的平滑肌是用lipo2000 英骏公司的本文由丁香园论坛提供，想了解更多有用的、有意思的前沿资讯以及酷炫的实验方法的你，都可以成为师兄的好伙伴师兄微信号：shixiongcoming

myskite microRNA106-b~25的~25，是什么意思？myskite 自己顶顶，让更多的人看到。dnazyme 关于miRNA的命名，请参考： Victor Ambros, Bonnie Bartel, David P. Bartel, Christopher B. Burge, James C. Carrington, Xuemei Chen, Gideon Dreyfuss, Sean R. Eddy, Sam Griffiths-Jones, Mhairi Marshall, Marjori Matzke, Gary R ...

mckf111 RT有人认为完全互补导致降解 不完全互补只是抑制 真的如此吗？zhujoker 来源出自哪儿？能够说清楚点吗？LoftyMan 什么东西，中医进军miRNA研究了？miRNA跟target本来就是不完全配对，又不是siRNAmckf111 zhujoker wrote:来源出自哪儿？能够说清楚点吗？有这个印象 但是出处确实想不到了dnazyme 楼主的这个概括太一般化，但是实际情况却更复杂。请参考文献： The complexities of ...

jiangyanwen 如何根据靶基因预测microRNA? 除了现有的几个公认的网站之外，有没有更准确的方法啊？请教请教！zhujoker 如果有这么简单的话这方面的文章就不值，就如蛋白质相互作用，如果预测的60%准确，那么情况就简单多了dujiaoshou 我也想知道，谢谢。liuxinfanjian TargetScan很不错的。yjhua2110 这论坛上有个帖子专门介绍miRNA靶标数据库和软件的。连接如下：http://bi ...

ishemy1you 请教一下为什么28s和18s的比值能够代表RNA的质量呢？RIN值为什么比28s和18s的比值更好呢？biolinkphilic Because mammalian 28S and 18S rRNAs are approximately 5 kb and 2 kb in size, the theoretical 28S:18S ratio is approximately 2.7:1; but a 2:1 ratio has long been considered the benchmark for intact RNA. ...

yuandong “ Strikingly, about 80% of the cell’s DNA showed signs of being transcribed into RNA.”请问谁知道这句话中约80%细胞DNA有迹象显示能转录成RNA的文献出处吗？我在这篇文章附的参考文献中未找到：P. Kapranov, P et al., "Genome-wide transcription and the implications for genomic organization," Nature Rev. Genet. 8, 413 (2 ...

huangaiyou 请问miRbase里的miRNA前体的图是用什么软件画出来的？感觉简单明了，很好。有些文章里的图也很好，见附件。但不知道怎么画的LoftyMan 哥，这好像不能称为图片吧，这个东西用Word或者Powerpoint就可以做出来吧huangaiyou 不是吧？难道手动画的？本文由丁香园论坛提供，想了解更多有用的、有意思的前沿资讯以及酷炫的实验方法的你，都可以成为师兄的好伙伴师兄微信号：shixiong ...

langtu 最近在找一个micrRNA的靶基因，种子序列并不完全互补，但是mRNA水平是有变化的，百思不得其解，偶然发现一篇综述写道“ 最近的一些发现表明，miRNAs 与它们的靶基因只有部分互补的情形也会导致mRNA 的降解，但是目前还不清楚，翻译抑制是否发生在mRNA 的降解之前”，大家有碰到这样的情况吗？有相关的文献可否分享一下holywater 互补导致翻译受阻也会造成翻译水平下降互补导致降解也会下降不完全配对也会可能互 ...

苏小燕 18S rRNA是组成核糖体的一部分，想请教一下，在细胞核里有没有转录合成18S rRNA的DNA存在？slytjiaofei 这位战友，这种基础问题有空可以好好看看教科书，答案是当然有，而且是多个拷贝的！！！苏小燕 呵呵，让您见笑了，以前学临床，对这个不是很清楚，望多多指教！一维阿布 18S rRNA是真核生物的核糖体RNA，由DNA转录而来，真核生物的DNA除了线粒体DNA外都存在于细胞核，所以18S rRNA苏小燕 线粒体DNA指导合 ...

悬崖上的牛仔 请教各位，这个microRNA 在该细胞内本身就有，只是表达不稳定，有什么方法可以让这个microRNA 持续表达呢？holywater 表达不稳定也是一种机制，我觉得去研究为啥不稳定更好一些，只是个人意见俄！yz2003can 将microRNA克隆到慢病毒载体，包装病毒，构建稳转microRNA细胞系。本文由丁香园论坛提供，想了解更多有用的、有意思的前沿资讯以及酷炫的实验方法的你，都可以成为师兄的好伙伴师兄微信号 ...

taijiwu 最近比较关注miRNA Sponge（海绵体），不知哪位高手做过啊，能否介绍一下使用方法，比如是否需要转染试剂或载体，那种较好，海绵体的用量多少等等，在CNKI理搜了一下，没发现这方面的文献，国内是不是用的少啊。zhujoker 其实我自己也做了不少这方面的工作，但是后来发现还是买比较省时省事。因为最重要的是我们耗不起这个时间。到现在我已经摸索了1年多了，还是没有找到一个合适的能够有效地载体。taijiwu 这个 ...

大漠判官 循环microRNA是潜在的疾病标志物已经是共识了。现在已经有研究发现细胞间通过microRNA传递信息，即A细胞通过“旁分泌”的方式释放microRNA影响B细胞的功能。我突发奇想，循环microRNA会不会参与疾病的发病，从而具有治疗价值呢？比如，将microRNA mimics或者inhibitor直接注射到动物体内，能否发挥治疗作用呢？换句话说，就是降低或者增高循环中某种microRNA的水平，能否 ...

曾经在水一方 请教各位大侠，如何查找融合基因的mRNA序列？比如说PML/RARA，可以利用Map viewer 分别查出PML和RARA的mRNA序列，然后在融合位点拼接吗？有什么可用的方法，请大家帮我推荐一下。谢谢了bingbing6612 这是问题吗？学过分子生物学的都知道曾经在水一方 让您见笑了。还请您不吝赐教。本文由丁香园论坛提供，想了解更多有用的、有意思的前沿资讯以及酷炫的实验方法的你，都可以成为师兄的好伙伴师兄微信号 ...

64249087 菜鸟求助：已知靶基因，怎样筛选相关的miRNA?lide658 可以通过一些生物信息学数据库先找到与之可能作用的miRNA，然后根据种子序列结合的程度以及其他参数进行选择，比较常用的是targetScan.当然还有很多，最好是选择在多个预测软件都能预测到的miRNA，在或者就是针对靶基因进行处理后，做miRNA芯片，这样针对性更强，但费用较高。64249087 谢谢了！elvayal 理论上,是所有的已知基因 ...