生物信息学技术

众所周知，科研人的每一步都是在刀尖上舞蹈，任何一个成功的 protocol 背后，或许都有无数个「爆肝」的夜晚和经验累积，尤其是针对植物单细胞领域，大家都还在「摸着石头过河」的阶段，大多数研究是先获取原生质体后再行捕获单细胞进而测序，但原生质体的制备过程较为复杂，制备方法的专一性较强，在不同物种间难以直接迁移制备过程，甚至可能存在「彼之蜜糖，汝之砒霜」的效果。因此这段时间，小编广罗各大科学网站，挖到几篇基于细胞核制备的植物单 ...

黑色素瘤是从黑色素细胞发展而来的，最具侵略性的癌症之一。尽管对黑色素瘤的基础遗传研究提供了新的治疗方法，但临床结果依然较差，大多数患者迅速获得抗药性。根除黑色素瘤的难点在于其本身具有的高度的异质性和适应性。具体来说，黑色素瘤由多个表型不同的亚群组成，这些亚群对治疗的敏感性可能都不同。然而，诱发这种异质性的机制尚未确定。在培养的黑色素瘤细胞系和活检样本中，进行的基因表达谱分析已经确定了两种主要的细胞状态，我们称 ...

随着高通量测序和质谱技术的普及，组学实验已成为每个课题组不可或缺的研究手段。然而组学实验产出的数据往往十分庞大，处理这些数据也需要专业的生物信息学和统计学知识，这令很多研究者望而却步。为了解决这一难点，吉凯基因建设了在线生信分析平台GeneMatrix（点击进入）。GeneMatrix功能强大，包含临床数据分析、组学数据分析和基础统计分析三大模块，共43个应用程序。每个小程序都配备了详尽的使用说明和示例文件，文 ...

构建细胞类型图谱是单细胞转录组数据分析的主体内容，但其仍然停留在“描述性研究”的范畴，难免让人感觉意犹未尽。想要在分子层面解释疾病发生的机制，就需要对数据进行更深入的探索。这当中，细胞通讯分析就是一个很好的方向。今天小编借助CellChat工具为大家介绍细胞通讯分析的使用方法、真实案例和注意事项。细胞通讯（cell communication）是指细胞接收、处理和传递与环境和自身的信号的能力，它是每个生物体（如细菌、 ...

在某一项研究中，我们可以通过测序或质谱获得实验组和对照组序列信息，进而获得基因表达量。但生物功能的执行往往涉及多个基因或蛋白的相互作用，实验者通常更希望在分子途径或其他功能相关的基因分组的层面上提出问题，仅对基因功能进行描述远无法满足人们的需求。在此需求的基础上，ORA、GSEA、ssGSEA应运而生，但这三者在应用范围(Table1)原理等方面有所不同，接下来，小编会对三者的原理和结果进行一个简单介绍。Tab ...

近年来，单细胞测序的快速发展极大推进了我们对生物系统的认知。这项技术的巨大潜力促使计算生物学家开发了一系列的分析工具，但大部分分析工具要求编程背景。今天，小编为大家介绍一款免费且几乎不需要编程背景，即可实现单细胞分析的工具，cellxgene。Cellxgene有两个产品，cellxgene data portal用于探索已发表的数据；cellxgene desktop用于探索个人单细胞数据。小编主要对cellxgene ...

新冠肺炎仍在肆虐，给全球的医疗和公共卫生系统带来沉重负担。新冠重症的病死率高，已累计夺走了数百万人的生命。事实上，导致病人死亡的直接因素，不是病毒本身，而是细胞因子风暴（cytokine storm）造成的多器官衰竭1。中性粒细胞被认为是细胞因子风暴的驱动因素之一，过度激活的中性粒细胞会导致高细胞因子血症（hypercytokinemia），以及肺部损伤2。临床上常常使用免疫抑制剂来控制细胞因子风暴。地塞米松（dex ...

植物单细胞测序知多少一文带你了解前人植物单细胞测序的研究思路现在距国内的首篇关于植物单细胞测序的文章的发表已经过去三年了。这期间有残酷的新冠疫情的发生，科研工作者对科研的热情依旧没有削减，依旧是勤勤恳恳的专注与科研之路，我们也紧跟着科研的脚步，不断学习着，充实着自己。通过学习已发表的单细胞测序文章，可以清晰的看到，目前大多是的植物单细胞文章还是处于以构建细胞图谱为主，主要的结果描述还是拟南芥根的细胞组成，这 ...

准备工作：干冰（粉末状），OCT（冰上预冷 30min 以上）1. 在包埋模具上好做方向标记，用于确定切片方向；2. 于包埋模具中加入 1/3 或更多的 OCT；3. 修剪组织，用吸水纸吸去组织表面血液或组织液；4. 将组织放入挤有 OCT 的包埋模具中，调整好位置；5. 往包埋模具继续加入预冷的 OCT，完全覆盖组织；6. 将包埋模具置于干冰上，盖上干冰盒盖子，或敞开放入-80℃冰箱速冻；7. 待组织块变白后，包埋完成，可连同包埋模具一同保存运输。注意事项：1. 组织大小:小于6.5 mm x6.5 mm ； ...

科研的魅力之处，在于无穷尽的探寻生命的本底，通过单细胞测序，我们对组织器官的分子基础的研究也从初级到深层，并在单细胞层面逐渐达成一致，而空间异质性是器官功能的关键特征，细胞的位置信息更能反应细胞命运调控机制和细胞谱系发生过程。因此时间和空间即像组织器官的AB面，而不可否认的是，此时空间坐标的记录，像一个还未长大的娃娃，虽未触及分子基础研究的深层，但仍在努力攀登探寻生命本底的下一个高峰，我们结合烈冰现有实战经验 ...

肝细胞癌（HCC）是全球癌症相关死亡的第三大原因。多种病理因素，如HBV和HCV感染、饮酒、致癌基因DNA损伤和肥胖，均能够诱导炎性肿瘤微环境，进而促进肝癌的发生发展。国际免疫学顶级期刊Immunity于北京时间2021年5月25日晚23时在线发表应用单细胞测序探究肝癌转化调控机制的最新成果——“The zinc finger protein Miz1 suppresses liver tumorigenesis by restricting he ...

免疫组库是哪位？能够称为“组库”，首先是功能相似的N多细胞的集合。而“免疫”是指免疫细胞，特指T/B淋巴细胞。“So~免疫组库”（Immune Repertoire，IR），指某个体，特定时间点下，所有功能多样性T/B淋巴细胞的总和。T/B细胞利用细胞表面受体（TCR/BCR）识别和结合抗原，介导机体产生针对性的免疫应答，发挥免疫功能并做好记录备案，如果该抗原再次入侵可迅速作出反应，作为健康卫士守护肌体城池。“组库”从哪来？除了n多T ...

2020年夏天，空间转录组技术（Visium）横空出世，空间转录组技术将组织学影像与RNA测序的高通量和发现能力相结合，对样本进行全转录组（WTA）分析，获得基因在空间位置上的表达信息，但初代Visium技术实验只能用冰冻组织样本，时隔一年该技术已经适用于石蜡包埋组织样本，今天咱就来唠唠，看着风很大的Visium FFPE 空间转录组到底是什么，和之前的Visium冰冻组织样本(以下称visium）区别在哪？什么是FFP ...

scATAC-seq作为ATAC-seq的进阶版，能够区分实验样本的细胞类型，细胞分化过程开放性染色质有什么差异，调控了哪些信号通路等等。总的来说，scATAC-seq能在基因组水平上帮助我们了解细胞的转录调控过程，揭示不同调控因子位点，从表观遗传学的角度来解析基因信息。scATAC-seq在开放染色质图谱绘制，细胞分化发育，疾病的致病机制，肿瘤微环境、生物标志物等方面具有极大的应用前景。要了解scATAC-seq ...

今天教大家如何用 MEGA 构建进化树！一、序列比对常见算法:Muscle、ClustalW1、打开 MEGA 软件，这里以 7.0 版为例，依次按照箭头方向进行选择2、序列比对经以上步骤后弹出新的对话框：M7:Alignment Explorer若没有显示我们的目标 fasta 文件，请注意修改这里的文件后缀名称3、打开后的 species.fasta 文件注意：重点来啦！4、然后呢？然后就比对好了，查看一下首位是否比对齐，没有比齐的碱基就删除掉5、最后，将比 ...

周六的时候我们介绍了UALCAN这个网站（TCGA数据库挖掘分析，这个网站好用到爆！），群里面有小伙伴问是否有网站可以查miRNA和患者预后的关系，其实我们前面介绍过两个：KM plotter（生存分析，这个网站还不错！）和Oncolnc（懒人怎么做肿瘤病人的生存分析？），不过两个网站的功能不够强大（KM plotter只能分析乳腺癌miRNA的数据，收录的结果是TCGA和部分GEO的数据，Oncolnc则不仅有miRNA ...

基因定点突变：为了研究某一基因的功能，我们通常不仅需要研究其野生型基因的功能，也需要进一步去挖掘它发挥作用时是哪一个结构域，甚至是哪一个氨基酸发挥了作用。而这里面就涉及到了如何设计定点突变引物的问题，今天为大家介绍一个在线网址--quickchange primer design，可以非常方便快捷为我们设计出合适的引物。你可以直接百度搜索quickchange或者输入https://www.agilent.com/sto ...

基因集富集分析（Gene Set Enrichment Analysis, GSEA），根据名称我们就可以知道这是一种对基因进行富集的工具和方法。其基本思想是使用预设定的基因集（通常是基因组注释信息或者来自前人、牛人的实验结果），即将基因富集，把功能相似或者相同的基因进行组合，并最终以基因集的形式进行封装；然后将 case 和 control 组中差异表达的基因进行排序，之后检验两组中差异表达的基因是否在预先设定的基因集合的顶端或者尾端富集。 ...

肿瘤研究中往往需要评价候选肿瘤相关分子（编码或非编码基因表达变化或突变）的生物学功能，以往研究中主要侧重于增殖、凋亡、侵袭、迁移等功能评价，而对目标分子与抗肿瘤药物疗效之间的关系不太关注。事实上，许多分子的表达或突变直接影响着抗肿瘤药物的抑癌效果。随着精准医学时代的到来，肿瘤相关分子的变化与抗肿瘤药物之间疗效的关系越来越受到基础和临床肿瘤研究者的关注。药物的研究和开发已经进入到基因信息时代，药物基因组学是国际 ...

借助Affymetrix Axiom平台使用GWAS研究鸡攻击行为相关基因研究背景 攻击行为是很多物种共有的进化属性，它可以帮助雄性物种快速建立生存空间或社会主导地位。然而可想而知，这种属性在禽类的饲养中是十分不利的。之前已有一些研究表明鸡的攻击行为可由遗传因素导致，并估计了遗传力大小约为0.57，说明群体中一半以上的攻击行为是由遗传导致的。研究人员试图使用GWAS方法来探究攻击行为背后的遗传因素，以期改善养殖效 ...