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        如何用 MEGA 构建进化树?

        小张聊科研

        97678

        今天教大家如何用 MEGA 构建进化树!

        一、序列比对

        常见算法:Muscle、ClustalW

        1、打开 MEGA 软件,这里以 7.0 版为例,依次按照箭头方向进行选择

        如何用 MEGA 构建进化树?

        2、序列比对

        经以上步骤后弹出新的对话框:M7:Alignment Explorer

        如何用 MEGA 构建进化树?

        如何用 MEGA 构建进化树?

        若没有显示我们的目标 fasta 文件,请注意修改这里的文件后缀名称

        3、打开后的 species.fasta 文件

        如何用 MEGA 构建进化树?

        注意:重点来啦!

        如何用 MEGA 构建进化树?

        4、然后呢?然后就比对好了,查看一下首位是否比对齐,没有比齐的碱基就删除掉

        如何用 MEGA 构建进化树?

        5、最后,将比对好序列文件进行保存就好了,此处保存为 mega format,文件名为 species

        如何用 MEGA 构建进化树?

        如何用 MEGA 构建进化树?

        二、构建进化树

        常见算法:Neighbor-Joining、Maximum Likelihood

        如何用 MEGA 构建进化树?

        点击 Phylogeny 构建进化树,可以看出构建进化树的方法也有好多种,此处我们选择相对常用的 NJ 方法

        如何用 MEGA 构建进化树?

        就这么简单,树就构好了,感觉幸福来得太突然!

        如何用 MEGA 构建进化树?

        通过工具栏可以对树的形状进行调整

        如何用 MEGA 构建进化树?

        记得把树的文本文件也保存了,这里保存为 Newick 格式

        如何用 MEGA 构建进化树?

        点击上一步的 export 以后,又出现下面的窗口,继续保存

        如何用 MEGA 构建进化树?


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