Small RNA是一大类调控分子，几乎存在于所有的生物体中。Small RNA包括：miRNA、ncRNA、siRNA、snoRNA、piRNA、rasiRNA等等。Small RNA通过多种多样的作用途径，包括mRNA降解、翻译抑制、异染色质形成以及DNA去除，来调控生物体的生长发育和疾病发生。Small RNA转录组测序是鉴定和定量解析small RNA的新方法和有力工具。Roche GS FLXTitanium 、IlluminaHi ...
A．普通阴性对照 1.siRNA实验应该有阴性对照；2.通用阴性对照为与目的基因的序列无同源性的普通阴性对照；3．Scrambled阴性对照和选中的siRNA序列有相同的组成，但是和mRNA没有明显的同源性；4．阴性对照需要确定和目的靶细胞中其它基因同源性很低。B．荧光标记阴性对照 1. RNAi negative control与哺乳动物基因无同源性；2.通过标记荧光，可以方便地在荧光显微镜下观察转染情况；3.可用于优化转染条件和 ...
经常做RNA实验的朋友可能都会有所感触，RNA比较脆弱，容易降解。有的时候RNA可能会在不知不觉中“消失”了，而RNA的质量又关系到后续实验的成败，所以保证RNA的质量有着至关重要的作用。最为常用的检测RNA 质量的方法是电泳法，比较容易成本低，但是比较耗时，需要的样本量比较大，同时不能够反应足够的细节。有的时候，我们可能仅仅能够拿到很少量的RNA，是很难用电泳法来检测的，比如说少量的Poly A+RNA或miRNA样品 ...
华中科技大学同济医学院泌尿外科研究所的研究人员证实，在一水草酸钙刺激肾近端小管细胞后，miRNA的表达谱发生了变化，这将暗示着miRNA也许在结石形成中发挥作用。背景介绍结石形成的原因至今尚未探知，而一水草酸钙（COM）是结石中主要成分，本文通过COM刺激HK-2细胞后的miRNA表达谱的变化，初步探讨miRNA在刺激过程中的作用。文章亮点通过LDH和DAPI染色方法测定最适宜浓度，通过miRNA和mRNA芯 ...
样品中RNA的纯度及整体质量对于后续的实验有重要的影响。以下是进行PCR array前RNA质控的推荐标准：定量：NanoDrop/Spectrophotometer（用于检测样本中的核酸浓度，蛋白与核酸的比例及是否存在污染，例如有机物/盐离子等污染）。请记录样品的浓度，230，260及280的吸光值。此方法无法评估RNA的完整性。● 浓度：最佳浓度是100-150ng/uL。如果低于此浓度，可以使用PreAMP system或 ...
TRIzol是广谱型中RNA提取试剂。广泛应用于植物材料、动物组织、细胞及各种微生物等样品中提取RNA.本试剂能够提取完整的RNA。加入氯仿离心后，溶液分为三层：上层无色水相、中间层和下层红色有机相，RNA分布在上层水相中，收集上清层后，经异丙醇沉淀便可以回收得到总RNA。提取的总RNA完整性好，无蛋白和DNA污染，可用于各种分子生物学常规实验，如RT-PCR、Real-timeRT-PCR、NorthernBlo ...
sgRNA设计网站介绍sgRNA的在线设计网站有：1、http://crispr.mit.edu/；2、http://www.e‐crisp.org/E‐CRISP/；等网站。这些网站虽然一定程度上满足了部分研究者的需要，但仍然存在很多不足和缺陷。例如：1、数据分析周期长；2、无具体的脱靶数据；3、可供选择物种十分有限。极大的影响了科研工作者的工作效率。鉴于此Biomics及时推出了本地化运行sgRNA软件设计服务，2个工作日内 ...
RNA提取对于科研人员来说并不陌生，但是要得到好的结果却不是一件很容易的事情。事实上，现在市面上的丰富的RNA提取试剂基本上可以满足科研人员的需要，为什么往往提取的RNA却容易失败呢？RNA提取失败的主要现象有三个：提取的RNA降解、提取的RNA量偏低以及提取的RNA纯度低。究竟怎样才能确保RNA提取的成功率呢？首先，要确定材料的可用性。尽管现有的RNA提取试剂都用抑制RNase的成分，但提取的材料仍需谨慎处 ...
步骤包括:(一)siRNA的设计1. 在设计RNAi实验时，可以先在以下网站进行目标序列的筛选：GenesilAmbion2. RNAi目标序列的选取原则：(1)从转录本（mRNA）的AUG起始密码开始，寻找“AA”二连序列，并记下其3'端的19个碱基序列，作为潜在的siRNA靶位点。有研究结果显示GC含量在45%—55%左右的siRNA要比那些GC含量偏高的更为有效。Tuschl等建议在设计siRNA时不要针对5'和3'端的非 ...
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3'RACE PCR3' Rapid Amplification of cDNA Ends (RACE) PCR This technique is used to obtain the 3'end of a cDNA, it requires some sequence information internal to the mRNA under study. The sequence information obtained from this technique can be utilised to obtain full length cDNA clones using the 5'RA ...
The Easiest Route to Guaranteed Silencing Increasing numbers of researchers are using small interfering RNAs (siRNAs) to reduce the expression of specific mammalian genes. Applications of siRNA induced RNA interference (RNAi) include gene function analysis, pathway elucidat ...
We routinely produce dsRNA by in vitro transcription of a PCR generated DNA template containing the T7 promoter sequence on both ends (I. Primer Designed dsRNA). It is also possible to produce dsRNA using PCR generated DNA templates containing either the T7 & SP6 or the T7 & T3 promoters on either end (II. ds ...
Polymerase III in vitro TranscriptionSteve Hahnlast modified 10/15/99For the following reactions, use appropriate shielding and dispose of radioactive waste properly!A 20 microliter transcription reaction contains:4.0 ul 5X Pol III transcription buffer0.2 ul 0.1 M DTT0.2 ul a ...
Hot phenol may also be used to remove DNA. 1. Add equal volume of TE-saturated phenol to RNA solution. Mix. 2. Heat to 70 ℃ for 5 minutes. 3. Centrifuge at top speed for 10 minutes at room temperature. 4. Transfer the aqueous phase to a fresh tube. 5. Proceed to extract with cold phenol:chloroform:isoamyl alcohol. 上一篇： ...
Prepare in a sterile tube: template RNA:total RNA 0.1-5µgor poly(A)+mRNA 10ng-0.5µg,or specific RNA 0.01pg-0.5µg primer:oligo(dT)18 0.5µgor random hexamer 0.2µg,or sequence-specific 15-20pmol, deionized water (nuclease free) up to 11µl. Incubate the mix at 70°C for 5 minutes and chill on i ...
N.B: Gloves should be worn at all times during preparation of in vitro RNA. All solutions should be RNase-free i.e. made with DEPC water if home-made or bought specifically to use for RNA work.You will need: 100mM DTT (Gibco-BRL)Ribonuclease inhibitor (RNasin, Pharmacia)T7 or T3 RNA Polymerase (Gi ...
一、 Riboclone M-MLV(H- ) cDNA合成技术 Promega公司的RibocloneR M-MLV(H- ) cDNA合成系统采用M-MLV反转录酶的RNase H缺失突变株取代AMV反转录酶,使合成的cDNA更长。该系统的第一链合成使用M-MLV反转录酶,cDNA第二链合成采用置换合成法,采用RNaseH和DNA聚合酶Ⅰ进行置换合成,最后用T4 DNA聚合酶切去单链末端,方法简便易行。该系统试剂包括： 20μg 特异性引物 200μl M-MLV第 ...
To COS-M6 cells grow in 6-well plates, 2ml media totalTo CV1PD cells grow in 100mm plates.1: Aspirate off the media from the cells and was the cell monolayers with 2x5ml (To 100mm dish) or 2x1ml (to 6-well plates) ice cold TD (4oC is OK). Be very gentle when washing the cells as transfected cells tend to come off the dish e ...
Chemicals needed:GlucoseL-(+)-Arabinose Sigma Cat # A3256L-RhamnoseSigma cat # R3875Cb (carbenicillin) Sigma cat # 1389DL-p-Chlorophenylalanine Sigma cat # C6506Media Recipes:YEG recombination plates:1 liter Milli Q water5 g yeast extract10 g NaCl (5 g for any Zeocin recombin ...
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