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        CRRSPR/Cas9基因敲除系统之sgRNA设计

        百奥迈科生物

        61513

        sgRNA设计网站介绍

        sgRNA的在线设计网站有:

        1、http://crispr.mit.edu/

        2、http://www.e-crisp.org/E-CRISP/

        等网站。这些网站虽然一定程度上满足了部分研究 者的需要,但仍然存在很多不足和缺陷。例如:

        1、数据分析周期长;

        2、无具体的脱靶数据;

        3、可供选择物 种十分有限。

        极大的影响了科研工作者的工作效率。鉴于此Biomics及时推出了本地化运行sgRNA软件设计服务,2个工作日内可给出sgRNA设计结果,包括详细的off‐target数据,且不限物种,提高科研工作效率!

        设计要点


        一、设计选项

        1、基因信息或基因ID;

        2、种属信息;

        3、Cas9/sgRNA类型,比如spCas9 nickase需要设计一对sgRNA;

        4、CRISPR类型,例如敲入、敲除、抑制、激活;

        5、PAM类型,NGG或者NAG等。

        二、基因敲除设计思路

        1、根据相应基因及种属信息,在NCBI或ENSEMBLE中进行查找,并明确CDS的外显子部分;

        2、确定待敲除位点,对于蛋白编码基因,如果该蛋白具 重要结构功能域,可考虑将基因敲除位点设计在编码该 结构域的外显子;如果不能确定基因产物性质,可选择将 待敲除位点放在起始密码子ATG后的外显子上。如果是microRNA, 可以将待敲除位点设计在编码成熟microRNA的外显子或在 编码成熟microRNA的外显子的5’和3’侧翼序列。

        Biomics本地化设计软件

        一、潜在靶点输出

        百奥迈科sgRNA 设计软件数据输出包括sgRNA靶点序列,靶点全基因组潜在脱靶分析、外显子等信息。

        二、脱靶数据分析

        尽管现有sgRNA设计软件总结了一些规律,但仍然非常有限,因此预测sgRNA 的敲除效率仍然不尽如人意。Biomics sgRNA设计软件主要关注避免Cas9脱靶效应,以确保成功设计的sgRNA尽可能的减少脱靶效应。在此基础上通过试验筛选设计的sgRNA靶点,选择敲除效率高的sgRNA靶点用于最终的下游试验。

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