原位杂交（ISH）实验服务

南京博恩生物技术有限公司面向高校、科研院所、医药企业与生物技术企业，提供从项目评估、技术路线设计、探针策略制定、样本前处理、杂交检测、成像分析到结果解读的一站式原位杂交实验服务。服务覆盖 RNA 原位杂交、RNA FISH、组织切片 RNA-ISH、石蜡切片 RNA-ISH、冰冻切片 RNA-ISH、DNA FISH、荧光原位杂交、染色体及基因位点定位分析、mRNA 空间表达分析、多重 RNA 原位检测以及发表级图版整理。

原位杂交是一类利用核酸探针与样本中目标核酸序列发生特异性杂交，从而在细胞或组织原位检测 RNA 或 DNA 的技术。与常规定量检测相比，该技术除可判断目标是否表达外，还可进一步揭示其在何种细胞中表达、位于组织的何处以及是否存在空间异质性。公司服务重点覆盖实验实施、前期判断、方案优化、技术匹配和结果交付支持，可为低丰度靶标、短序列、剪接变体、融合转录本、点突变、高同源序列、多重检测及复杂组织背景等项目提供系统评估与实施方案。

导读

一、服务定位与专业优势
二、适用客户与研究场景
三、服务流程
四、样本要求与送样规范
五、交付内容与售后支持
六、周期与报价方式
七、常见问题
八、博恩优势
附录A 项目评估与技术路线设计
附录B 原位杂交原理与实验步骤
附录C 原位杂交与相关实验的应用区别
附录D 技术选择逻辑

一、服务定位与专业优势

1.1 一站式项目服务能力

公司可为客户提供覆盖项目全流程的一站式服务，包括前期方案评估、探针设计与路线筛选、样本处理、杂交检测、显色或荧光成像、空间定位分析、半定量或定量统计、图版整理以及完整中文报告撰写。项目交付内容通常包括原始染色或荧光图、代表性视野图、定位分析图、统计分析结果及终版报告，可满足科研研究、论文配图、项目申报与结题汇报等多种需求。

1.2 前期评估与方案匹配能力

原位杂交项目的成功率与前期判断密切相关。公司在正式实验前会重点评估检测对象是否适合开展原位杂交、样本保存条件是否满足核酸检测要求、目标序列是否适合探针设计，以及项目更适合采用 RNA-ISH、RNA FISH、DNA FISH、RNAscope、BaseScope 或其他技术路线。同时，还会结合项目目标确认是否需要空间定量分析、多重共定位或发表级图版整理，从而提升项目实施效率和结果可解释性。

1.3 复杂项目处理能力

对于常规空间表达分析项目，可采用标准 RNA-ISH 或 RNA FISH 路线完成检测。对于融合转录本、剪接变体、点突变、短片段靶标或位点特异性检测项目，公司会根据目标特征重新设计探针区域，并优先选择适合短序列和高特异性检测的平台。对于 DNA 水平的定位分析、基因扩增缺失检测或染色体位点研究，则可采用 DNA FISH 技术路线。对于多重检测项目，还可提前规划靶标数量、信号放大方式、成像组合与分析路径，以提升结果的可读性与应用价值。

1.4 结果解读与成果交付支持

项目服务不仅覆盖实验实施，还包括结果判读与材料整理。除基础图像交付外，公司还可根据项目需求提供阳性区域描述、空间表达特征分析、阳性信号统计、半定量或定量结果、图注整理以及发表级图版支持。项目完成后，持续提供结果解释、补充材料整理、投稿支持和后续答疑服务，帮助客户将实验结果转化为可用于研究推进的成果材料。

二、适用客户与研究场景

2.1 适用客户类型

本服务主要面向高校与科研院所、医药企业以及生物技术企业。对于高校与科研院所，适用于组织空间表达研究、发育生物学研究、论文配图、项目申报和结题材料整理。对于医药企业，适用于组织标志物定位、空间转化研究、病理样本验证及候选分子原位确认。对于生物技术企业，适用于探针应用验证、组织分型支持、空间表达评估及相关产品开发验证。

2.2 适用研究方向

本服务适用于组织中 mRNA 空间表达分析、细胞内 RNA 定位研究、基因位点及染色体异常检测、融合转录本检测、剪接变体检测、点突变原位验证、肿瘤空间异质性研究、发育与分化研究、神经系统研究以及免疫微环境相关研究。

2.3 典型应用场景

在组织中 mRNA 空间表达研究中，原位杂交可用于观察特定基因在组织中的阳性区域及阳性细胞分布，是经典应用场景之一。在肿瘤空间异质性研究中，可用于分析肿瘤标志物 RNA 在不同区域和不同细胞群中的差异表达。在神经系统研究中，常用于检测神经递质相关 RNA 或受体 RNA 的脑区特异性和细胞类型特异性表达。在免疫微环境研究中，可用于观察细胞因子或免疫相关 RNA 在组织中的空间分布特征。此外，原位杂交也适用于融合转录本检测、剪接变体检测、点突变或短序列检测以及染色体或基因位点定位等方向。

三、服务流程

3.1 客户提交资料

客户需提交研究目的、目标 RNA 或 DNA、样本类型、物种信息、组织来源、分组设计及参考文献等基础资料，为后续项目评估提供依据。

3.2 方案评估与技术匹配

根据检测对象及研究需求，评估项目是否适合开展原位杂交，并确认采用 RNA-ISH、RNA FISH、DNA FISH、RNAscope、BaseScope 或其他更适合的技术路线，同时初步确定探针策略和成像方式。

3.3 问题反馈与方案优化

针对方案中可能存在的问题进行反馈和优化。例如，部分研究问题更适合采用 qPCR；部分样本保存条件不利于 RNA 检测；部分目标片段过短或高度同源，需要调整探针区域或改用更合适的检测平台；部分融合或剪接位点检测项目需要重新定义靶标区域。

3.4 正式报价与合作确认

根据样本数量、探针数量、单靶标或多靶标设计、是否需要组织包埋切片、是否需要荧光成像、是否需要定量分析、是否需要发表级图版整理等因素出具正式报价，并明确合作内容、项目周期及交付标准。

3.5 签订合同并支付预付款

在确认合作内容及执行计划后，完成合同签订与预付款支付，项目正式启动。

3.6 实验执行与数据获取

项目进入样本固定、切片前处理、探针杂交、信号放大、显色或荧光检测、显微成像和数据分析等流程。

3.7 提交 PDF 版结果报告

实验完成后，先提交 PDF 版结果报告供客户确认，便于及时沟通结果及必要的补充说明。

3.8 支付尾款并交付完整报告

尾款支付完成后，提交完整终版报告、原始图、代表图、定位分析图、统计图及整理后的发表素材。

四、样本要求与送样规范

4.1 总体要求

原位杂交对样本保存条件和核酸完整性要求较高。尤其对于 RNA 原位杂交，样本采集、固定、保存和运输过程均需尽可能规范。对于 FFPE 样本，虽然适用于多数临床和病理相关研究，但仍需重点关注核酸保存质量。对于剪接变体、融合位点、点突变等特殊目标，建议提前评估探针设计可行性。对于多重原位杂交项目，则应提前规划靶标数量与成像策略。

4.2 石蜡包埋组织与石蜡切片

石蜡包埋组织通常可提供蜡块或石蜡切片，运输时采用常温避潮方式，适用于大多数组织 RNA-ISH 或 DNA-ISH 项目。石蜡切片建议使用防脱载玻片并保证切片完整，同样采用常温避潮运输，更适用于空间表达分析和病理样本研究。

4.3 冰冻组织与冰冻切片

冰冻组织需尽快取材并低温保存，运输过程中建议采用干冰并避免反复冻融，更适用于对固定较敏感的 RNA 靶标。冰冻切片建议优先使用新鲜制片，并通过干冰运输，适用于部分 RNA 定位研究。

4.4 细胞爬片、固定细胞与新鲜组织

细胞爬片或固定细胞样本需提供固定条件说明，并根据实验方案采用常温或低温运输，适用于细胞 RNA FISH 及细胞内 RNA 定位研究。新鲜组织样本通常用于统一包埋、切片或前处理，建议在低温条件或 RNA 保存液条件下运输，更适用于标准化前处理项目。

4.5 送样时需同步提供的信息

为确保项目评估准确，客户通常需与样本同步提供目标序列、物种信息、样本来源、组织背景以及目标类型等信息。若研究对象属于 mRNA、lncRNA、融合转录本、剪接变体、点突变或其他特殊靶标，也应在送样前明确说明，以便提前制定探针与平台路线。

五、交付内容与售后支持

5.1 标准交付内容

项目交付内容通常包括中文版实验报告、样本信息、探针信息、实验方法说明、显色或荧光体系说明、成像参数、代表性视野图、定位分析图、半定量或定量统计图、图注、结果描述、结论总结及完整终版报告。

5.2 交付深度说明

除基础实验结果外，还可根据项目需求提供空间定位描述、阳性区域分析、阳性信号统计、结果说明及发表级图版整理等内容。对于论文配图、项目汇报和结题材料整理等需求，可进一步支持图版优化和材料整合。

5.3 售后支持内容

项目完成后提供持续售后支持，主要包括结果解释、定位与空间表达说明、图版整理、投稿补充材料支持、后续答疑及补充说明等内容，便于客户持续推进课题研究和成果产出。

六、周期与报价方式

6.1 周期说明

常规原位杂交项目周期通常为 30—45 个工作日。若项目涉及新探针设计、特殊靶标检测、多靶标原位杂交、融合转录本检测、突变或剪接体检测、荧光原位杂交、高级图像分析或发表级图版整理等情况，项目周期将相应延长。

6.2 报价影响因素

项目报价通常综合以下因素确定：样本数量、探针数量、单靶标或多靶标设计、所采用的技术路线、是否需要组织包埋与切片、是否需要空间定量分析，以及是否需要发表级图像整理等。

七、常见问题

7.1 原位杂交主要检测什么

原位杂交主要用于检测特定 RNA 或 DNA 在细胞和组织中的存在、定位及空间分布情况。

7.2 原位杂交和 qPCR 的区别是什么

qPCR 更适合检测总体表达量变化，原位杂交更适合观察空间定位和组织异质性。前者偏重总量定量，后者偏重原位可视化。

7.3 原位杂交和免疫组化、免疫荧光的区别是什么

原位杂交检测的是核酸，免疫组化和免疫荧光检测的是蛋白。若研究重点在 RNA 定位，可优先考虑原位杂交；若研究重点在蛋白定位，则更适合采用 IHC 或 IF。

7.4 原位杂交能检测剪接变体或点突变吗

可以，但通常需要采用适合短序列和位点特异性检测的平台，并在前期完成探针与路线评估。

7.5 结果是否可直接用于发表

项目交付通常包含原始图、代表图、统计图、图注说明及整理后的图版，可用于论文配图、结题材料和项目汇报。若客户有更高标准的投稿需求，也可在项目执行与整理阶段同步规划发表级图版输出。

八、博恩优势

8.1 综合服务优势

南京博恩生物技术有限公司提供面向科研客户与医药企业的原位杂交实验服务，覆盖 RNA 空间表达分析、RNA FISH、组织切片 RNA-ISH、DNA FISH、融合转录本检测、剪接变体与短序列检测以及发表级图版整理等内容。项目推进遵循“前期评估—技术匹配—方案优化—实验执行—结果确认—完整交付”的标准流程，兼顾技术路线匹配、结果可靠性与科研应用价值。

8.2 合作建议

如客户已具备明确的目标基因、样本类型和研究目的，可在项目启动前先行开展适用性评估，并根据检测对象推荐更合适的原位杂交技术路线，进一步明确送样要求、项目周期与交付方式，从而提高项目执行效率和结果产出质量。

附录A 项目评估与技术路线设计

A1 项目启动前的重点评估内容

在项目启动前，通常需要围绕以下几个方面进行评估：（1）目标类型属于 mRNA、lncRNA、融合转录本、剪接变体、点突变还是特定 DNA 区域；（2）目标序列长度、同源性及特异性是否满足探针设计要求；（3）目标表达丰度是否适合原位可视化；（4）样本类型、固定方式和保存质量是否适合核酸检测；（5）研究目的更偏向空间定位、组织分布、共定位分析、位点计数还是病理验证；（6）最终是否需要多重检测、荧光成像、空间定量分析或发表级图版整理。

A2 不同项目适合的技术路线

当研究重点是 RNA 或 DNA 在细胞和组织中位于何处时，可优先考虑原位杂交。当研究目标为常规 RNA 空间表达分析时，可优先采用 RNA-ISH 或 RNA FISH。当研究目标为染色体、基因位点、基因扩增或缺失时，更适合采用 DNA FISH。当研究对象涉及短片段、位点特异识别、剪接变体、融合位点或点突变时，则可优先考虑适合短序列和高特异性检测的平台，如 BaseScope 等技术路线。

A3 更需要前期优化的项目类型

以下类型的项目通常更需要在实验前进行重点评估与优化：低丰度靶标项目、高度同源序列项目、保存时间较长或质量不稳定的 FFPE 样本、短片段与位点特异性检测项目、多重原位检测项目、复杂组织背景项目以及对定量分析和图版质量要求较高的项目。对于此类项目，前期优化有助于提升项目整体成功率。

A4 项目风险控制思路

原位杂交项目中常见风险包括 RNA 降解、样本固定或保存不当导致核酸质量下降、探针区域选择不合理导致信号弱或背景高、组织结构破坏影响定位判断，以及多重检测过程中信号串扰或成像策略不合理等。专业项目执行的关键，在于通过前期评估、样本筛查、路线匹配和参数优化，尽量在实验前识别风险点并提前规避。

附录B 原位杂交原理与实验步骤

B1 原位杂交原理

原位杂交通过带标记的核酸探针与样本中的目标核酸序列发生特异性杂交，再通过显色或荧光信号将目标序列可视化，从而在保留组织和细胞结构背景的前提下观察核酸分布，实现空间定位分析。

B2 原位杂交实验步骤

原位杂交实验通常包括以下环节：（1）样本固定，用于保持组织或细胞结构并保护核酸完整性；（2）包埋与切片，根据实验路线进行石蜡包埋或冰冻包埋，并制备适合原位检测的切片；（3）前处理，包括脱蜡、复水、通透处理、蛋白酶消化或其他有助于探针进入样本和暴露靶标的步骤，不同平台对前处理条件要求不同；（4）探针杂交，将特异性探针与目标 RNA 或 DNA 进行杂交，探针设计直接影响特异性和灵敏度；（5）信号放大，不同平台采用不同的放大策略；（6）显色或荧光检测，通过显色体系或荧光成像方式显示杂交信号；（7）显微成像，用于获取代表性视野图和整体分布图；（8）数据分析，可根据项目需求进行阳性信号计数、半定量评分、空间定位描述、多靶标共定位分析及图版整理。

附录C 原位杂交与相关实验的应用区别

C1 原位杂交与 qPCR 的区别

qPCR 更适合检测基因总体表达量变化，强调总量定量；原位杂交更适合观察目标 RNA 或 DNA 在组织和细胞中的空间定位及异质性，强调原位可视化和组织背景信息。

C2 原位杂交与免疫组化、免疫荧光的区别

原位杂交检测的是核酸，免疫组化和免疫荧光检测的是蛋白。若研究重点是 RNA 定位或核酸空间分布，可优先考虑原位杂交；若研究重点是蛋白在组织或细胞中的定位，则更适合采用 IHC 或 IF。

C3 原位杂交与 RIP 的区别

RIP 主要研究蛋白与 RNA 的结合关系，适合回答某 RNA 结合蛋白结合了哪些 RNA，但不提供空间定位信息。原位杂交更适合回答目标 RNA 或 DNA 在组织和细胞中的位置分布问题。

C4 原位杂交与 ChIP 的区别

ChIP 主要研究蛋白是否结合到特定 DNA 区域，常用于转录因子结合和组蛋白修饰研究。该技术强调蛋白与 DNA 的结合关系，而原位杂交强调核酸本身在组织中的空间位置。

C5 原位杂交与 EMSA 的区别

EMSA 主要用于研究某蛋白是否能与某段 DNA 直接结合，更偏向体外直接结合分析。原位杂交则用于观察目标核酸在原位条件下的存在与定位。

C6 原位杂交与 RNA pull-down 的区别

RNA pull-down 主要研究 RNA 与蛋白之间的相互作用，适合筛选与特定 RNA 结合的蛋白，但无法提供组织和细胞层面的空间定位信息。原位杂交则侧重于原位可视化和空间表达模式分析。

附录D 技术选择逻辑

D1 围绕研究目标的技术选择

当研究目标是 RNA 或 DNA 在细胞和组织中位于何处时，可优先选择原位杂交。当研究目标是 RNA 总体表达量是否变化时，可优先选择 qPCR。当研究目标是蛋白在组织中的定位时，可优先选择免疫组化。当研究目标是蛋白在细胞内的精细定位时，可优先选择免疫荧光。

D2 围绕作用关系与结合机制的技术选择

当研究的是某 RNA 结合蛋白结合了哪些 RNA 时，更适合采用 RIP。当研究的是转录因子是否结合某段 DNA 时，更适合采用 ChIP。当研究的是某蛋白是否能够直接与 DNA motif 结合时，更适合采用 EMSA。