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吉凯基因
10x Visium空间转录组测序
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空间转录组的核心在于独特的捕获芯片,正式文库构建的芯片上有 4 个捕获区域(6.5mmX6.5mm,可 以加 4 个样本),每个捕获区域含有约 5000 个被条形码标记的点(barcoded spots),每个 spot 直 径 55μm,spot 与 spot 中心点之间的距离为 100μm,每个 spot 含有上百万个可以与 mRNA 结合的 捕获探针,每个探针上都带有独特的 spatial barcodes,用以标记捕获的 mRNA 的空间位置。


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文献和实验相关实验
结合细胞在组织中分布的位置信息和转录组基因表达信息,了解细胞在空间背景下的异质性。
Nat Methods 2020 年度技术方法:空间转录组到底是什么,怎么做,怎么用
方法。一种是可以用显微镜通过原位测序或多重荧光原位杂交技术测得;另一种方法是在测序的时候,以一种保留空间信息的方式捕获 mRNA。目前,两种方法在目标覆盖范围、空间分辨率和通量方面往往是互补的。选择哪种方法,必须依据相应的生物学问题。 在 Nature Methods 的报道中,作者汇总了目前已有的和未来会推广应用的多种空间转录组技术方法。其中,大篇幅介绍了 10x Genomics 空间转录组技术的前世今生以及未来的发展方向。早在 2018 年,10x Genomics 公司就收购了位于瑞典斯德哥尔摩
介绍Visium空间基因表达解决方案的原理、样本制备的建议、实验操作流程和测序要求。
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