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- 非标(Label-free)蛋白质组定量技术是一种不依赖于同位素标记的新型蛋白质定量技术，该技术通过液质联用对蛋白质酶解肽段进行分析，无需昂贵的稳定同位素标签做内部标准，只需分析大规模鉴定蛋白质时所产生的质谱数据，比较不同样本中相应肽段的信号强度，就能对相应的蛋白质进行相对定量。4D-LFQ蛋白质组学则是在3D分离的基础之上增加了第四维度，离子淌度（mobility）的分离（图1）。离子淌度主要根据离子的形状和截面进行分离，为复杂体系样品的测定带来了更多的可能。
- 2026年07月24日
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- 详细信息
- 文献和实验
- 技术资料
- 提供商：
杭州景杰生物科技股份有限公司
- 服务名称：
蛋白质组学
DIA蛋白质组学
服务简介
蛋白质组学领域，采用数据依赖型（Data-dependent acquisition，DDA）鸟枪法（shot-gun）的质谱检测手段是目前主流的体系，并发展出非标定量（label free）以及标记定量“TMT/iTRAQ”“SILAC”等定量方法，广泛应用于蛋白质组学研究，并且积累了相当多的高水平文献发表；然而其随机性、数据重现性差等固有缺陷，也限制了其在临床等一些领域的应用。
技术原理
随着蛋白质组学技术的发展和革新，一种新的质谱数据采集模式：数据非依赖型采集模式（Data-Independent Acquisition，DIA）逐渐崭露头角。相较于DDA数据采集模式在一级质谱中在每个时间窗口采集强较高的有限肽段离子（通常是TOP20）进入二级质谱进行碎裂分析；DIA数据采集模式在一级质谱检测时，根据质荷比大小划分一些较大的采集窗口，对每个窗口内所有肽段进行合并分析，获得多个肽段混合二级质谱信号，实现数据的“无损采集”
由于DIA数据采集模式是将质谱DIA 将质谱整个全扫描范围分为若干个窗口区域，高速、循环地对每个窗口区域中的所有离子进行选择、碎裂、检测，从而无遗漏、无差异地获得样本中所有离子的全部碎片信息。
仪器设备
Thermo Scientific Q Exactive HF-X
Thermo Scientific Orbitrap Fusion Lumos
Thermo Scientific Q Exactive Plus
Thermo Scientific Orbitrap Fusion
Thermo Scientific Q Exactive
技术优势
DIA定量技术具有：
(1) 无歧视地获得所有肽段的信息，不会造成低丰度蛋白信息的丢失，
(2) 循环时间固定，扫描点数均匀，定量准确度高，
(3) 肽段的选择没有随机性，数据可以回溯，对于复杂蛋白样本，特别是低丰度蛋白具有更优异的重现性等优势。
应用领域
在2017年苏黎世联邦理工学院Ruedi Aebersold教授发表于nature communications的文章中，研究者在全球不同地点的11家质谱实验室，采用相同的实验和分析流程，对SWATH技术（DIA技术的一种）进行综合评估（图2）：发现在全球不同实验室的质谱检测中，DIA定量蛋白质组学数据都有非常好的重现性和可靠性
参考文献
Collins, Ben C., et al. (2017) Multi-laboratory assessment of reproducibility, qualitative and quantitative performance of SWATH-mass spectrometry. Nature Communications.
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文献和实验Collins, Ben C., et al. (2017) Multi-laboratory assessment of reproducibility, qualitative and quantitative performance of SWATH-mass spectrometry. Nature Communications.
1. 前目 叶绿体是绿色植物组织中一种重要的器官，其主要功能是执行光合作用。除此之外 ，许多重要的化合物也在叶绿体内合成，如植物激素、脂肪酸和油脂、氨基酸、维生素、嘌呤、嘧啶核酸、四吡咯类化合物及类异戊二烯等。叶绿体也是植物细胞内同化氮和硫的场所 [1] 。其内包含有大量的蛋白质结合伴侣、定位元件、辅因子伴侣、组装元件、肽酶及蛋白酶等，对于蛋白质生物合成和胞内平衡具有重要作用。叶绿体内的蛋白质种类多样，包括与质体 DNA 及 mRNA 结合的蛋白质，这些蛋白质对叶绿体内基因的表达具有重要
Bradford 的dye-binding method 是利用Coomassie brilliant blue G-250 （CBG） 可与蛋白质结合而变色的特性来定量 （Bradford, 1976）；若试样中的蛋白质量较多，则结合到蛋白质而变色的CBG 也多，因而呈色较深。下例是以一组标准蛋白质为对象，制作一条蛋白质量与吸光度的标准校正线。仪器用具：ELISA光度计 （Dynatech） 可在一分钟内测完一片滴定盘微量滴定盘 （microtiter plate, Nunc F96
本节课程介绍了label-free定量蛋白质组学技术的原理及应用。主要包括：（1）以MS数据为例，系统介绍label-free技术进行蛋白质定量的技术流程和原理。（2）介绍免费的label-free分析套件—Maxquant和Perseus。（3）以免疫沉淀（IP）数据为例，展示label-free进行蛋白质互作定量的应用。（4）以数据为例，展示label-free在外泌体蛋白定量分析中的应用。
